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2005 年度 実績報告書

拡張アンサンブル法による蛋白質折り畳み機構の研究

研究課題

研究課題/領域番号 15076213
研究機関名古屋大学

研究代表者

岡本 祐幸  名古屋大学, 大学院・理学研究科, 教授 (70185487)

研究分担者 奥村 久士  自然科学研究機構, 分子科学研究所, 助手 (80360337)
キーワードタンパク質の折り畳み / 計算機シミュレーション / モンテカルロ法 / 分子動力学法 / 拡張アンサンブル法 / マルチカノニカル法 / レプリカ交換法 / マルチバーリック法
研究概要

本年度は、レプリカ交換分子動力学法(REMD)を様々な系に適用した。まず、水中とエタノール中の小ペプチドの2次構造形成傾向性を比較し、アルコールがペプチド内の静電相互作用を強め、2次構造形成を促進することを示した。また、アミロイド病を引き起こすβ2ミクログロブリンのペプチドフラグメントのREMDシミュレーションでは、βヘアピンの形成がアミロイド形成と深く関わっていることを示唆する結果を得た。更には、X線1分子測定の実験の系を鑑み、末端を固定することがタンパク質の立体構造の安定性に与える影響を調べた。次に、REMD以外では、マルチオーバーラップ法とマルチカノニカル法を合体させた新しい拡張アンサンブル法を開発した(S.G.Itoh and Y.Okamoto, in preparation)。これによって、2つの状態間の遷移状態の情報を温度の関数として調べることができるようになった。また、一昨年に開発したマルチバーリック・マルチサーマル法をアラニンジペプチドの高圧実験の系に適用し、部分モルエンタルピーと部分モル体積が実験とよく一致することを示した(H.Okumura and Y.Okamoto, in preparation)。最後に、広く使われているAMBER、CHARMM、OPLS、GROMOSなどの標準的なエネルギー関数(力場)が蛋白質の立体構造予測が可能な程の精度を持つか否かを調べてきたが、我々の結論は既存のどの力場も完璧なものはないというものであった。特に、主鎖のねじれエネルギー項を少し変化させると、αヘリックスやβシートなどの2次構造の形成傾向が大幅に変化することを昨年示した。よって、本年度は新しい主鎖のねじれエネルギー項を提唱した(Y.Sakae and Y.Okamoto, submitted)。

  • 研究成果

    (13件)

すべて 2006 2005

すべて 雑誌論文 (12件) 図書 (1件)

  • [雑誌論文] Multibaric-multithermal ensemble molecular dynamics simulations2006

    • 著者名/発表者名
      H.Okumura, Y.Okamoto
    • 雑誌名

      Journal of Computational Chemistry 27

      ページ: 379-395

  • [雑誌論文] Molecular mechanism for stabilizing a short helical peptide studied by generalized-ensemble simulations with explicit solvent2005

    • 著者名/発表者名
      Y.Sugita, Y.Okamoto
    • 雑誌名

      Biophysical Journal 88

      ページ: 3180-3190

  • [雑誌論文] Molecular dynamics simulations of DNA dimers based on replica-exchange umbrella sampling. I. Test of sampling efficiency2005

    • 著者名/発表者名
      K.Murata, Y.Sugita, Y.Okamoto
    • 雑誌名

      Journal of Theoretical & Computational Chemistry 4

      ページ: 411-432

  • [雑誌論文] Molecular dynamics simulations of DNA dimers based on replica-exchange umbrella sampling. II. Free energy analysis2005

    • 著者名/発表者名
      Murata, Y.Sugita, Y.Okamoto
    • 雑誌名

      Journal of Theoretical & Computational Chemistry 4

      ページ: 433-448

  • [雑誌論文] Replica-exchange molecular dynamics simulation of small peptide in water and in ethanol2005

    • 著者名/発表者名
      K.Yoshida, T.Yamaguchi, Y.Okamoto
    • 雑誌名

      Chemical Physics Letters 412

      ページ: 280-284

  • [雑誌論文] Structures of a peptide fragment of β2-microglobulin studied by replica-exchange molecular dynamics simulations - towards the understanding of the mechanism of amyloid formation2005

    • 著者名/発表者名
      M.Nishino, Y.Sugita, T.Yoda, Y.Okamoto
    • 雑誌名

      FEBS Letters 579

      ページ: 5425-5429

  • [雑誌論文] Effects of the fixed end in single-molecule imaging techniques : A replica-exchange molecular dynamics study2005

    • 著者名/発表者名
      Y.Kawashima, Y.Sugita, T.Yoda, Y.Okamoto
    • 雑誌名

      Chemical Physics Letters 414

      ページ: 449-455

  • [雑誌論文] Multibaric-multithermal ensemble simulations for fluid systems2005

    • 著者名/発表者名
      H.Okumura, Y.Okamoto
    • 雑誌名

      Physica A 350

      ページ: 150-158

  • [雑誌論文] Molecular simulations in the multibaric-multithermal ensembles2005

    • 著者名/発表者名
      H.Okurnura, Y.Okamoto
    • 雑誌名

      Computer Physics Communications 169

      ページ: 317-321

  • [雑誌論文] PDBデータベースを用いたタンパク質力場パラメータの最適化2005

    • 著者名/発表者名
      榮慶丈, 岡本祐幸
    • 雑誌名

      生物物理 45

      ページ: 145-148

  • [雑誌論文] タンパク質のフォールディングシミュレーションから立体構造予測問題に迫る2005

    • 著者名/発表者名
      岡本祐幸, 高田彰二
    • 雑誌名

      現代化学 408

      ページ: 47-53

  • [雑誌論文] マルチバーリック・マルチサーマルアンサンブルにおけるレナード・ジョーンズ流体のシミュレーション2005

    • 著者名/発表者名
      奥村久士, 岡本祐幸
    • 雑誌名

      物性研究 85

      ページ: 341-346

  • [図書] 分子科学者がいどむ12の謎2005

    • 著者名/発表者名
      岡本祐幸(分担執筆)
    • 総ページ数
      235
    • 出版者
      化学同人

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公開日: 2007-04-02   更新日: 2016-04-21  

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