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2008 年度 実績報告書

H^+-ATP合成酵素等の機能制御におけるソフトな分子間相互作用

研究課題

研究課題/領域番号 15083203
研究機関大阪大学

研究代表者

阿久津 秀雄  大阪大学, 蛋白質研究所, 招聘教授 (60029965)

研究分担者 藤原 敏道  大阪大学, 蛋白質研究所, 教授 (20242381)
キーワードH^+-ATP合成酵素 / βサブユニット / 溶液NMR / 区分標識法 / 固体高分解能NMR / 構造解析 / 安定同位体標識 / ソフトな相互作用
研究概要

最終年度を迎えて、本研究では好熱菌のH^+-ATP合成酵素F_1(TF_1)βサブユニットを中心に、NMRを用いてソフトな分子間相互作用がF_1の回転を駆動することを明らかにすることができた。ミトコンドリアF_1の結晶構造の触媒部位における水素結合ネットワークを開構造と閉構造で比較すると特徴的な相違がある。PループのLys164の側鎖アミノ基は開構造ではAsp252の側鎖カルボキシル基と水素結合しているが、閉構造ではリン酸基およびGly158のカルボニルと水素結合している。閉構造でAsp252はThr165と水素結合する。そこで、これらのアミノ酸をアラニン置換すると、ATPやADPは結合するがグローバルな構造変化は全く起こさなくなる。さらにこれらの変異βを含むα_3β_3γ複合体も全くATP分解活性を示さなかった。構造変化と活性に必須なLys164, Thr165, Asp252は上述のように水素結合変化で相互に深く関わっている。Asp252がキーとなり、開構造と、閉構造では水素結合のスイッチングが起こっている。ここで、LysとThrで側鎖の長さが異なるため、大きな構造変化となる。このスイッチングを引き起こすのはヌクレオチド結合によるリジン側鎖(Lys164)とリン酸基の水素結合形成である。この構造変化メカニズムはヌクレオチド結合に始まるダイナミックなソフト相互作用といえる。さらに、ADP結合とATP結合では最終段の構造に違いがあり、後者のγ-リン酸はTyr307, Arg256などにより構成されるポケットと相互作用していることが示唆された。この違いは化学シフトの異方性、RDCでも見出された。さらに、RDCで決定された単量体のN末端ドメイン、C末端ドメインの配向角は結晶構造で見出される閉構造の配向角よりも小さく、よりclosedとなっていた。このことは単量体のATP結合構造がF_1における触媒反応活性化構造に近いことを示している。

  • 研究成果

    (11件)

すべて 2009 2008

すべて 雑誌論文 (5件) (うち査読あり 5件) 学会発表 (5件) 図書 (1件)

  • [雑誌論文] Stepwise propagation of the ATP-induced conformational change F_1-ATpase B subunit revealed by NMR2009

    • 著者名/発表者名
      H. Yagi
    • 雑誌名

      J. Biol. Chem 284

      ページ: 2307-2319

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Dynamic inter-subunit interactions in thermophilic F_1-ATPase subcomplexes studied by cross-correlated relaxation-enhanced polarization transfer NMR2008

    • 著者名/発表者名
      M. Kobayashi
    • 雑誌名

      J. Biomol. NMR 40

      ページ: 165-174

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Fluid Mechanical Matching of H^+-ATPsynthase Subunit cRing with Lipid Membranes Revealed by ^2H Solid-State NMR2008

    • 著者名/発表者名
      M. Kobayashi
    • 雑誌名

      Biophys. J 94

      ページ: 4339-4347

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Strategic role of axial histidines in structure formation and redox regulation of tetraheme cytochrome c32008

    • 著者名/発表者名
      Y. Takayama
    • 雑誌名

      Biochemistry 47

      ページ: 9405-9415

    • 査読あり
  • [雑誌論文] A magic-angle-spinning NMR method for ^1H-^1H distance measurement using coherent polarization transfer in ^<13>C-labeled organic solids2008

    • 著者名/発表者名
      H. Takahashi
    • 雑誌名

      J. Chem.Phys 129

      ページ: 154504,1-12

    • 査読あり
  • [学会発表] Dynamic soft interactions drive H^+-ATP synthase2009

    • 著者名/発表者名
      H. Akutsu
    • 学会等名
      Symposium on the MESO CONTROL of the cells,by the cells, for the cells
    • 発表場所
      Kyoto, Japan
    • 年月日
      20090127-28
  • [学会発表] Solid-state NMR Measurement of H^+-ATP Synthase Subunit c-Ring Reconstituted into Lipid Bilayers2008

    • 著者名/発表者名
      Y. Todokoro
    • 学会等名
      International Conference on Magnetic Resonance in Biolodical Systems(ICMRB2008)
    • 発表場所
      San Diego, USA
    • 年月日
      20080824-29
  • [学会発表] Structural analysis of transmembrane halobacterial tranceducer pHtrll by. multi-dimensional high-resolution soild-state NMR2008

    • 著者名/発表者名
      A. Egawa
    • 学会等名
      The Joint 2^<nd> Pacific Rim "International Conference on Protein Science"
    • 発表場所
      Cairns, Australia
    • 年月日
      20080622-26
  • [学会発表] Molecular Mechanism of the Energy Transduction by H^+-ATP Synthase2008

    • 著者名/発表者名
      H. Akutsu
    • 学会等名
      Second International Conference on "Theoretical and Applied Biophysics"
    • 発表場所
      Ulaanbaatar, Mongolia
    • 年月日
      2008-06-19
  • [学会発表] Roles of axial ligands in structure formation and redox regulation of tetraheme cytochrome c3 from Desulfovibrio vulgaris Miyazaki F2008

    • 著者名/発表者名
      H. Akutsu
    • 学会等名
      Korea-Japan Bilateral Symposium on Biological NMR
    • 発表場所
      Seoul, Korea
    • 年月日
      2008-04-25
  • [図書] Structural analysis of membrane systems by solid-state NMR. "Chemistry. Physics, and Biology in Macromolecular Science" ed. T. Sato2008

    • 著者名/発表者名
      Y. Todokoro
    • 総ページ数
      173-182
    • 出版者
      Osaka University Press

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公開日: 2010-06-11   更新日: 2016-04-21  

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