| 研究概要 |
本年度は,タンパク質ネットワークの同定についての予備実験を行うと共に,マイクロアレイデータとタンパク質相互作用データを用いて遺伝子ネットワークの推定を行う方式について研究及びパスウェイのモデル化とシミュレーションの方式についての研究を行った.
タンパク質内のアミノ酸相互作用情報を抽出するため架橋剤を用いてその構造情報を抽出する方法を開発し,その有効性を確かめるための予備実験を行った.
まず,タンパク質相互作用データをベイジアンネットワークのプライアとして用いることにより,マイクロアレイデータからノンパラメトリック回帰を用いたベイジアンネットワーク推定技法を開発した.また,主成分解析の方法を応用しマイクロアレイデータから,タンパク質コンプレックスを推定する方法を同時に開発した.これにより,マイクロアレイデータだけ,もしくはタンパク質相互作用データだけからでは推定が困難であった遺伝子間及びタンパク質問の相互関糸をより正確に推定することが可能となった.
次に,パスウェイのモデリングとシミュレーションの方式については,これまで開発してきたソフトウェアに対して新たにHybrid Functional Petri Net with extensionという基本アーキテクチャを開発し,それによってタンパク質の細胞内局在情報やタンパク質の修飾などの情報をモデル化にとりこむことができるようにし,タンパク質ネットワークのモデル化を行えるように準備をした.本年度は,これを用いていくつかのパスウェイのモデリングが行えることを確認した.
さらに,タンパク質とDNAのインタラクションをニューラルネットワークを用いて推定する方法の開発を行った.推定の精度はまだ不十分であり来年度さらに改良を重ねる予定である.
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