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2005 年度 研究成果報告書概要

網羅的DNA-蛋白相互作用データに基づく染色体のモデル表現

研究課題

研究課題/領域番号 15310136
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 基礎ゲノム科学
研究機関東京工業大学 (2004-2005)
独立行政法人理化学研究所 (2003)

研究代表者

白髭 克彦  東京工業大学, バイオ研究基盤支援総合センター, 助教授 (90273854)

研究期間 (年度) 2003 – 2005
キーワードChIP-chip / DNAアレイ / コヒーシン / Smc5 / 6 / 細胞周期 / 染色体 / DNAチップ / 染色体免疫沈降
研究概要

本申請ではDNA結合タンパクについて出芽酵母の六番染色体(280kb)についてDNAチップを用い、結合プロファイル情報を得、因子間の相互作用情報を結合プロファイルに基づき抽出、分類、比較可能なソフトの構築を行えるシステム作りを目指した。
データのプレゼンテーションソフトについては開発を終了し公開した。さらにこれを原型として発展させ出芽酵母、分裂酵母、ヒトの全ゲノムについても解析可能なソフトを構築しつつある。公開したものについては、同じプラットホームを有する研究者との間で共有できるシステムとなっており、また、システムを利用した論文(共同研究であるかないかにかかわらず)の発表も開始された。このことは我々が構築した解析プロトコルが世界的スタンダードになりつつあることを意味している(Methods in Enzymology,2006)。比較、分類ソフトについてはプロトタイプ版が完成し、プロファイルの類似性から、1)コヒーシンの制御因子の同定(Nature,2006)、3)コヒーシンローダーを新規修復因子として同定、4)コヒーシンの染色体への接着が複製に伴うこと、5)SMCファミリーに属する修復因子が染色体の長さに依存した局在パターンを示すこと、等コヒーシン蛋白を中心とした染色体諸機能の連携、そのダイナミクス、について次々と新たな発見を行うことができた。これらの中の発表済みの結果は、前年度までの分を含め、最終的に生データまで参照可能な形式でデータベースとして公開する準備を現在進めている所である。

  • 研究成果

    (4件)

すべて 2005

すべて 雑誌論文 (4件)

  • [雑誌論文] Identification and characterization of rns4/vps32 mutation in the RNase T1 expression-sensitive strain of Saccharomyces cerevisiae : Evidence for altered ambient response resulting in transportation of the secretory protein to vacuoles.2005

    • 著者名/発表者名
      K.Unno, P.R.Juvvadi, H.Nakajima, K.Shirahige, K.Kitamoto
    • 雑誌名

      FEMS Yeast Res 5

      ページ: 801-812

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] Glucose-dependent cell size is regulated by a G protein-coupled receptor system in yeast Saccharomyces cerevisiae2005

    • 著者名/発表者名
      H.Tamaki, C.W.Yun, T.Mizutani, T.Tsuzuki, Y.Takagi, M.Shinozaki, Y.Kodama, K.Shirahige, H.Kumagai.
    • 雑誌名

      Genes Cells. 10

      ページ: 193-206

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] Identification and characterization of rns4/vps32 mutation in the RNase T1 expression-sensitive strain of Saccharomyces cerevisiae : Evidence for altered ambient response resulting in transportation of the secretory protein to vacuoles.2005

    • 著者名/発表者名
      K.Unno, P.R.Juvvadi, H.Nakajima, K.Shirahige, K.Kitamoto.
    • 雑誌名

      FEMS Yeast Res 5

      ページ: 801-812

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [雑誌論文] Glucose-dependent cell size is regulated by a G protein-coupled receptor system in yeast Saccharomyces cerevisiae2005

    • 著者名/発表者名
      H.Tamaki, C.W.Yun, T.Mizutani, T.Tsuzuki, Y.Takagi, M.Shinozaki, Y.Kodama, K.Shirahige, H.Kumagai
    • 雑誌名

      Genes Cells. 10

      ページ: 193-206

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より

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公開日: 2007-12-13  

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