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2004 年度 研究成果報告書概要

改変PEPC遺伝子導入植物の作出を目指したC4光合成酵素の構造生物学

研究課題

研究課題/領域番号 15370045
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 構造生物化学
研究機関大阪大学

研究代表者

甲斐 泰  大阪大学, 大学院・工学研究科, 教授 (40029236)

研究分担者 井上 豪  大阪大学, 大学院・工学研究科, 助教授 (20263204)
金久 展子  大阪大学, 大学院・工学研究科, 講師 (20177538)
松村 浩由  大阪大学, 大学院・工学研究科, 助手 (30324809)
研究期間 (年度) 2003 – 2004
キーワードC4植物 / ホスホエノールピルビン酸カルボキシラーゼ / 活性調節メカニズム / 構造-機能相関 / NADP依存型リンゴ酸酵素 / PEPC-PK / PEPC変異体K620S
研究概要

本研究では、C4植物に特徴的な酵素であるホスホスノールピルビン酸カルボキシラーゼ(PEPC)のin vitro活性調節機構を解明することを目的として、PEPCに元来備わっている活性調節の分子機構解明に加えて、PEPCの活性調節に関与する同じ代謝系の酵素群の機能を構造科学的に解明することを目的とした。
まず、アロステリック阻害剤であるリンゴ酸に阻害を受けない大腸菌由来酵素変異体K620Sの立体構造解明を目的として、酵素を大量発現し結晶化を行った。その後、放射光施設Spring-8にて回析強度データ収集を行い、3.0Å分解能までのデータを収集した。続いて、分子置換法により構造解析を行い、アロステリック阻害剤脱感作の分子機構を明らかにした。現在、研究成果のとりまとめを行っている。
次に、PEPCの活性調節に重要な役割を担っているPEPCに特異的なリン酸化酵素(PEPC-PK)の立体構造解明を目的とし、本酵素の大量発現・精製・結晶化を行った。微結晶は得られたものの残念ながらX線構造解析に適した単結晶は得られておらず、引き続き精製・結晶化を行っている。
続いて、PEPCの阻害剤であるリンゴ酸を基質とするNADP依存型リンゴ酸酵素(NADP-ME)の構造-機能相関解明を目的とし、本酵素の大量発現・精製・結晶化を行った。単結晶を得ることが非常に困難であったが、SPring-8にて3.0Å分解能の回析強度データを収集することに成功した。現在、立体構造解析に取り組んでいる。
更に、本研究では、立体構造情報を元に生化学者と共同でPEPC変異体を作成し、詳細なPEPC活性調節メカニズムにおける構造-機能相関を解明した。これらの成果に加えて、本研究では数種類のタンパク質を扱い結晶化を行う過程で、溶液状態制御による新しい結晶化手段を考案し、これら新規手法が良質のタンパク質結晶成長に有効であることを明らかにした。

  • 研究成果

    (50件)

すべて 2005 2004 2003 その他

すべて 雑誌論文 (49件) 図書 (1件)

  • [雑誌論文] Maize phosphoenolpyruvate carboxylase : Mutations at the putative binding site for glucose 6-phosphate caused desensitization and abolished responsiveness to regulatory phosphorylation2005

    • 著者名/発表者名
      Akiko Takahashi-Terada et al.
    • 雑誌名

      J.Biol.Chem. (In press)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] Identification of single Mn^<2+> binding sites required for activation of the mutant proteins of E.coli RNase HI at Glu48 and/or Asp134 by X-ray crystallography2005

    • 著者名/発表者名
      Yasuo Tsunaka et al.
    • 雑誌名

      J.Mol.Biol. 345

      ページ: 1171-1183

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] Crystallization and preliminary X-ray diffraction study of thermostable RNase HIII from Bacillus2005

    • 著者名/発表者名
      Hyongi Chon et al.
    • 雑誌名

      Acta Crystallogr F61

      ページ: 293-295

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] Overproduction and preliminary crystallographic study of a human kynurenine aminotransferase II homologue from Pyrococcus horikoshii OT32005

    • 著者名/発表者名
      Hyongi Chon et al.
    • 雑誌名

      Acta Crystallogr F61

      ページ: 319-322

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] Structural Evidence of pH-induced Change Potential of Mavicyanin form Cucurbita pepo medullosa (Zucchini)2005

    • 著者名/発表者名
      Y.Xie, T.Inoue, et al.
    • 雑誌名

      J.Biochem. (In press)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] Maize phosphoenolpyuvate carboxylase : mutations at the putative binding site for glucose 6-phosphate caused desensitization and aboilished responsiveness2005

    • 著者名/発表者名
      Akiko Takahashi-Terada, et al.
    • 雑誌名

      J.Biol.Chem. (in press)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [雑誌論文] Identification of single Mn2+ binding sites required for activation of the mutant proteins of E. coli RNase HI at Glu48 and/or Asp134 by X-ray Crystallography2005

    • 著者名/発表者名
      Yasuo Tsunaka et al.
    • 雑誌名

      J.Mol Biol. 345

      ページ: 1171-1183

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [雑誌論文] Structual Evidence of pH-induced Change Potential of Mavicyanin form Cucurbita pepo medullosa (Zucchini)2005

    • 著者名/発表者名
      Y.Xie, T.Inoue, et al.
    • 雑誌名

      J.Biochem. (in press)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [雑誌論文] Phosphoenolpyruvate carboxylase : A New Era of Structural Biology2004

    • 著者名/発表者名
      Katsura Izui, et al.
    • 雑誌名

      Annu.Rev.Plant Biol 55

      ページ: 69-84

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] Crystallization and preliminary X-ray crystallographic studies of dissimilatory nitrite reductase isolated from Hyphomicrobium denitrificans A3151.2004

    • 著者名/発表者名
      Y.Xie, T.Inoue, et al.
    • 雑誌名

      Acta Cryst. D60

      ページ: 2383-2386

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] Two-liquid hanging-drop vapor-diffusion technique of protein crystallization2004

    • 著者名/発表者名
      H.Adachi, et al.
    • 雑誌名

      Jpn.J.Appl.Phys. 43

      ページ: L79-L81

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] First Determination of the Inhibitor Complex Structure of Human Hematopoietic Prostaglandin D Synthase2004

    • 著者名/発表者名
      T.Inoue, et al.
    • 雑誌名

      J.Biochem. 135

      ページ: 279-283

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] Protein Crystal Growth with a Two-Liquid System and Stirring Solution2004

    • 著者名/発表者名
      H.Adachi, et al.
    • 雑誌名

      J.Synchrotron Rad. 11

      ページ: 121-124

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] A Semiautomatic Protein Crystallization System with Preventing Evaporation of Drops and Surface Sensor of Solution2004

    • 著者名/発表者名
      H.Adachi, et al.
    • 雑誌名

      Jpn.J.Appl.Phys. 43

      ページ: L76-L78

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] Protein Crystal Processing Using a Deep-UV Laser2004

    • 著者名/発表者名
      H.Adachi, et al.
    • 雑誌名

      Jpn.J.Appl.Phys. 43

      ページ: L73-L75

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] Pre-Stirring Promotes Nucleation of Protein Crystals2004

    • 著者名/発表者名
      H.Adachi, et al.
    • 雑誌名

      Jpn.J.Appl.Phys. 43

      ページ: L243-L246

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] New Approach to Improve X-ray Diffraction Pattern of Protein Crystal Using UV-Laser Ablative Processing2004

    • 著者名/発表者名
      H.Kitano, et al.
    • 雑誌名

      Jpn.J.Appl.Phys. 43

      ページ: L297-L299

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] The effects of Solution Stirring on Protein Crystal Growth2004

    • 著者名/発表者名
      Mari Yaoi, et al.
    • 雑誌名

      Jpn.J.Appl.Phys. 43

      ページ: L686-L688

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] Improving the Quality of Protein Crystals Using Stirring Crystallization2004

    • 著者名/発表者名
      H.Adachi, et al.
    • 雑誌名

      Jpn.J.Appl.Phys. 43

      ページ: L522-L525

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] Generation of protein crystals using a solution-stirring technique.2004

    • 著者名/発表者名
      H.Adachi, et al.
    • 雑誌名

      Jpn.J.Appl.Phys. 43

      ページ: L762-L764

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] Universal processing technique for protein crystals using a pulsed UV laser.2004

    • 著者名/発表者名
      A.Murakami, et al.
    • 雑誌名

      Jpn.J.Appl.Phys. 43

      ページ: L873-L876

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] Novel and simple screening methods for protein crystallization by vapor diffusion rate control2004

    • 著者名/発表者名
      H.Adachi, et al.
    • 雑誌名

      Jpn.J.Appl.Phys. 43

      ページ: 6264-6267

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] レーザー照射による蛋白質結晶成長制御2004

    • 著者名/発表者名
      安達宏昭, et al.
    • 雑誌名

      日本結晶学会誌 46

      ページ: 238-242

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] Application of UV-laser Ablation to Detaching Protein Crystal from Growth Vessel2004

    • 著者名/発表者名
      H.Kitano, et al.
    • 雑誌名

      Jpn.J.Appl.Phys. 43

      ページ: L1271-L1274

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] Effect of Stirring Method on Protein Crystallization2004

    • 著者名/発表者名
      M.Yaoi, et al.
    • 雑誌名

      Jpn.J.Appl.Phys. 43

      ページ: L1318-L1319

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] Membrane Protein Crystallization Using Laser Irradiation2004

    • 著者名/発表者名
      H.Adachi, et al.
    • 雑誌名

      Jpn.J.Appl.Phys. 43

      ページ: L1376-L1378

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] Control of Protein Crystal Nucleation and Growth Using Stirring Solution2004

    • 著者名/発表者名
      A.Niino, et al.
    • 雑誌名

      Jpn.J.Appl.Phys. 11

      ページ: L1442-L1444

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] 紫外レーザーを用いた蛋白質結晶の加工2004

    • 著者名/発表者名
      北野博史, et al.
    • 雑誌名

      日本結晶学会誌 46

      ページ: 292-296

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] Phosphoenolpyruvate carboxylase : A New Era of Structural Biology2004

    • 著者名/発表者名
      Katsura Izui, et al.
    • 雑誌名

      Annu Rev.Plant Biol. 55

      ページ: 68-84

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [雑誌論文] Crystallization and preliminary X-ray crystallographic studies of dissmilatory nitrite reductase isolated from Hyphomicrobium denitrificans A31512004

    • 著者名/発表者名
      Y.Xie, T.Inoue, et al.
    • 雑誌名

      Acta Cryst.D 60

      ページ: 2383-2386

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [雑誌論文] Two-liquid hanging-drop vapor-diffusion technique of Protein crystallization2004

    • 著者名/発表者名
      H.Adachi, et al.
    • 雑誌名

      Jpn.J.Appl.Phys. 43

      ページ: L79-l81

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [雑誌論文] Protein crystal Growth with a Two-Liquid Systems And Stirring Solution2004

    • 著者名/発表者名
      H.Adachi, et al.
    • 雑誌名

      J.Synchrotron Rad. 11

      ページ: 121-124

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [雑誌論文] A Semiautomatic Protein Crystallization Systems With Preventing Evaporation of Drops and Surfase Sensor of Solution2004

    • 著者名/発表者名
      H.Adachi, et al.
    • 雑誌名

      Jpn.J.Appl.Phys. 43

      ページ: L76-L78

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [雑誌論文] Protein crystal Processing Using a Deep-UV Laser2004

    • 著者名/発表者名
      H.Adachi, et al.
    • 雑誌名

      Jpn.J.Appl.Phys. 43

      ページ: L73-L75

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [雑誌論文] Pre-Stirring Promotes Nucleaction of Protein Crystals2004

    • 著者名/発表者名
      H.Adachi, et al.
    • 雑誌名

      Jpn.J.Appl.Phys. 43

      ページ: L243-L246

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [雑誌論文] New Approach to Improve X-ray diffraction Pattern Of Protein Crystal Using UV-Laser Ablative Processing2004

    • 著者名/発表者名
      H.Kitano, et al.
    • 雑誌名

      Jpn.J.Appl.Phys. 43

      ページ: L297-L299

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [雑誌論文] The effects of solution Stirring on Protein Crystal Growth2004

    • 著者名/発表者名
      Mari Yaoi, et al.
    • 雑誌名

      Jpn.J.Appl.Phys. 43

      ページ: L686-L688

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [雑誌論文] Improving the Quality of Protein crystals Using Stirring Crystallization2004

    • 著者名/発表者名
      H.Adachi, et al.
    • 雑誌名

      Jpn.J.Appl.Phys. 43

      ページ: L522-L525

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [雑誌論文] Generation of protein crystals using a solution-Stirring technique2004

    • 著者名/発表者名
      H.Adachi, et al.
    • 雑誌名

      Jpn.J.Appl.Phys. 43

      ページ: L762-L764

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [雑誌論文] Universal processing technique for protein crystals Using a pulsed UV laser2004

    • 著者名/発表者名
      A.Murakami, et al.
    • 雑誌名

      Jpn.J.Appl.Phys. 43

      ページ: L873-L876

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [雑誌論文] Novel and simple screening methods for protein Crystallization by vapor diffusion rate control2004

    • 著者名/発表者名
      H.Adachi, et al.
    • 雑誌名

      Jpn.J.Appl.Phys. 43

      ページ: 6264-6267

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [雑誌論文] Application of UV-Laser Ablation to Detaching Protein Crystal from Growth Vessel2004

    • 著者名/発表者名
      H.Kitano, et al.
    • 雑誌名

      Jpn.J.Appl.Phys. 43

      ページ: L1271-L1274

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [雑誌論文] Effect of stirring Method on Protein Crystallization2004

    • 著者名/発表者名
      M.Yaoi, et al.
    • 雑誌名

      Jpn.J.Appl.Phys. 43

      ページ: L1318-L1319

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [雑誌論文] Membrane Protein crystallization Using Laser Irradiation2004

    • 著者名/発表者名
      H.Adachi, et al.
    • 雑誌名

      Jpn.J.Appl.Phys. 43

      ページ: L1365-L1378

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [雑誌論文] Control of Protein Crystal nucleation and Growth Using Stirring Solution2004

    • 著者名/発表者名
      A.Niino, et al.
    • 雑誌名

      Jpn.J.Appl.Phys. 11

      ページ: L1442-L1444

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [雑誌論文] Phosphoenolpyruvate carboxylase : Three-dimensional structure and molecular mechanisms2003

    • 著者名/発表者名
      Yasushi Kai, et al.
    • 雑誌名

      Arch.Biochem.Biophys. 414

      ページ: 170-179

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] Phosphoenolpyruvate carboxylase : Three-Dimensional structure and molecular mechanisms2003

    • 著者名/発表者名
      Yasushi, Kai, et al.
    • 雑誌名

      Arch.Biochem.Biophys 414

      ページ: 170-179

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [雑誌論文] Crystallization and preliminary X-ray diffraction Study of thermostable RNase HIII from Bacilus

    • 著者名/発表者名
      Hyongi Chon, et al.
    • 雑誌名

      Acta Crystallogr F 61

      ページ: 293-295

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [雑誌論文] Overproduction and preliminary crystallographic Study of a human kynurenine aminotransferase II Homologue from Pyrococcus horikoshi OT3

    • 著者名/発表者名
      Hyongi Chon, et al.
    • 雑誌名

      Acta Crystallogr F 61

      ページ: 319-322

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [図書] 生体高分子化合物の結晶成長(第5版 実験化学講座5、化学実験のための基礎技術)2005

    • 著者名/発表者名
      井上豪, 松村浩由, 甲斐泰
    • 総ページ数
      278-288
    • 出版者
      丸善(株)
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より

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公開日: 2006-07-11  

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