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2004 年度 実績報告書

酵母全基準株のrRNA情報データベース構築と多次元情報解析による分類体系再構築

研究課題

研究課題/領域番号 15380062
研究機関大阪大学

研究代表者

関 達治  大阪大学, 生物工学国際交流センター, 教授 (50029245)

研究分担者 藤山 和仁  大阪大学, 生物工学国際交流センター, 助教授 (70209112)
宮崎 智  東京理科大学, 薬学部, 助教授 (30290894)
杉田 隆  明治薬科大学, 微生物学教室, 講師 (10312076)
浜本 牧子  明治大学, 農学部, 助教授 (30333305)
中川 浩子 (川崎 浩子)  大阪大学, 生物工学国際交流センター, 助手 (30251482)
キーワード18S rRNA / 系統分類 / 多相分類学 / リボソームRNA / データベース
研究概要

担子菌酵母については、Urediniomycetes綱に分類されるRhodosporidium属について、rDNA塩基配列並びにその介在配列であるITS領域の解析を行った。続いて本属の多相分類学を基盤とする分類体系構築のために重要な生物学的情報のひとつとして交配型に着目し、Rhodosporidium属の基準種であるRhodosporidium toruloidesの保存菌株について交配試験を行った。
子嚢菌酵母については、Metscknikowia属について、多次元情報解析のために、生物学的情報の一種である発酵性、炭素源資化性試験について近縁種との比較情報に乏しかった性質の解析を行った。Pichia属、Candida属について、それぞれの新種を見出し、それらのrDNA塩基配列、ならびにITS領域の塩基配列も決定した。Saccharomyces属について、その一種と思われる分離株について18S rDNAを決定したところ、近年報告されたSaccharomyces kudriavzeviiとほぼ一致するにもかかわらず、表現形質が極めてSacchromyces cerevisiaeに類似していることを見出した。本株について、染色体の核型解析、全ゲノムのアレイ解析、ミトコンドリア遺伝子の解析を進め、その結果、本分離株のrDNA導伝子のみがS.cerevisiae型ではないことを見出した。18S rDNAを始めとするrRNA遺伝子は、生物の系統進化を反映しているとされている。しかし、本属において、その疑問が持たれた。現在、ゲノム構成について検討している。
臨床材料および環境中から積極的に新種の分離を行った(24新種)。また、Trichosporon属については全基準株のrRNA情報と表現形質等からその分類の再評価を行った。rRNA遺伝子中のIntergenic spacer(IGS)領域のcomparative sequencingからその分類学的意義についても併せて考察した。
多相的解析の目的のために、国立遺伝研が開発したInfoBioに加え、BioNumericsを用いて、系統解析、表現系との比較解析、主成分解析を行った。

  • 研究成果

    (10件)

すべて 2005 2004 2003

すべて 雑誌論文 (10件)

  • [雑誌論文] Pichia myamarensis sp.nov., a novel cation-tolerant yeast isolated from palm sugar in Myanmar.2005

    • 著者名/発表者名
      Nagatsuka, Y., Kawasaki, H., Seki, T.
    • 雑誌名

      Int.J.Syst.Evol.Microbiol. (In press)

  • [雑誌論文] DNA sequence diversity of intergenic spacer 1 region in the non-lipid-dependent species Malassezia pachydermatis isolated from animals.2005

    • 著者名/発表者名
      Sugita, T., Takeo, K., et al.
    • 雑誌名

      Med.Mycol. 43

      ページ: 21-26

  • [雑誌論文] A new yeast, Malassezia yamatoensis, isolated from a patient with seborrheic dermatitis, and its distribution in patients and healthy subjects.2004

    • 著者名/発表者名
      Sugita, T., Tagima, M., et al.
    • 雑誌名

      Microbiol.Immunol. 48

      ページ: 579-583

  • [雑誌論文] Fluconazole-resistant pathogens Candida inconspicua and C.norvegensis : DNA sequence diversity of the rRNA intergenic spacer region, antifungal drug susceptibility, and extracellular enzyme production.2004

    • 著者名/発表者名
      Sugita, T., Takeo, K., et al.
    • 雑誌名

      Microbiol.Immunol. 48

      ページ: 761-766

  • [雑誌論文] Genotype analysis of Malassezia restricta as the major cutaneous flora in patients with atopic dermatitis and healthy subjects.2004

    • 著者名/発表者名
      Sugita, T., Tagima, M., et al.
    • 雑誌名

      Microbiol.Immunol. 48

      ページ: 755-759

  • [雑誌論文] Description of a new yeast species, Malassezia japonica, and its detection in patients with atopic dermatitis and healthy subjects.2003

    • 著者名/発表者名
      Sugita, T., Takashima, M., et al.
    • 雑誌名

      J.Clin.Microbiol. 41

      ページ: 4695-4699

  • [雑誌論文] The first isolation of ustilaginomycetous anamorphic yeasts, pseudozyma species, from patients blood and a description of two new species : P.parantarctica and P.thailandica.2003

    • 著者名/発表者名
      Sugita, T., Takashima, M., et al.
    • 雑誌名

      Microbiol.Immunol. 47

      ページ: 183-190

  • [雑誌論文] Three new combinations from the Cryptococcus laurentii complex : Cryptococcus aureus, Cryptococcus carnescens and Cryptococcus peneaus.2003

    • 著者名/発表者名
      Takashima, M., Sugita, T., et al.
    • 雑誌名

      Int.J.Syst.Evol.Microbiol. 53

      ページ: 1187-1194

  • [雑誌論文] Sporobolomyces magnisporus sp.nov., a new yeast species in the Erythrobasidium cluster isolated from plants in Taiwan.2003

    • 著者名/発表者名
      Nakase t, Tsuzuki S., et al.
    • 雑誌名

      J.Gen.Appl.Microbiol. 49

      ページ: 337-344

  • [雑誌論文] Sequence diversity of the intergenic spacer region of the rRNA gene of Malassezia globosa colonizing the skin of patients with atopic dermatitis and healthy individuals.2003

    • 著者名/発表者名
      Sugita, T., Kodama, M., et al.
    • 雑誌名

      J.Clin.Microbiol. 41

      ページ: 3022-3027

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公開日: 2006-07-12   更新日: 2016-04-21  

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