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2004 年度 実績報告書

海洋動物におけるミトコンドリアゲノミクスの展開

研究課題

研究課題/領域番号 15380131
研究機関東京大学

研究代表者

西田 睦  東京大学, 海洋研究所, 教授 (90136896)

研究分担者 宮 正樹  千葉県立中央博物館, 動物学研究科, 上席研究員 (30250137)
キーワード海洋動物 / 魚類 / 甲殻類 / ミトコンドリアDNA / mtDNA / ミトコンドリアゲノミクス / 分子系統 / 種査定
研究概要

生物多様性を維持しつつ水産生物資源の持続的利用を図ることの必要性はますます高くなっている。水圏資源生物の集団構造の把握は困難なことが多く、また卵や幼生の種識別はきわめて困難で、これらのことが合理的な資源管理方策を策定する上での妨げとなっている。こうした状況の改善のために、集団や種の信頼性の高いDNA標識が強く求められている。本研究は、DNA標識源として重要なミトコンドリア(mt)DNAを取り上げ、これまで実施して来た魚類mtDNA全塩基配列分析研究をさらに推し進めるとともに、研究対象を甲殻類にまで広げ、海洋動物のミトコンドリアゲノミクスの新たな展開を目指すものである。
2年目の今年度は、引き続き魚類および甲殻類の標本収集に努め、新たに約100種の貴重な標本試料を得た。前年度同様,魚類標本の種査定はわれわれ自身でおこない、甲殻類標本の種査定は甲殻類分類学の専門家である千葉中央博物館の駒井智幸氏の協力を得ておこなった。とくにユニークな遺伝子配置を有する徴候が認められた魚種を中心に、新たにmtDNA全塩基配列を決定を進めた。こうした魚種の塩基配列決定には種々の困難があるが、魚類約30種について新たに全塩基配列を得ることができた。得られたミトコンドリアゲノムデータは、すでに集積したデータと照らし合わせながら、その特徴や変異性について検討した。さらに、昨年度整備したデータ解析のための計算環境を活用して、いくつかの分類群に焦点を絞って分子系統解析をおこなった。得られた解析結果に総合的な考察を加え、論文化を進めた。加えて魚類ミトコンドリアゲノム・データベースMitoFishの拡充を進めた。

  • 研究成果

    (25件)

すべて 2005 2004

すべて 雑誌論文 (24件) 図書 (1件)

  • [雑誌論文] Molecular phylogeny and evolution of the freshwater eels genus Anguilla based on the whole mitochondrial genome sequences.2005

    • 著者名/発表者名
      Minegishi, Yuki
    • 雑誌名

      Molecular Phylogenetics and Evolution 34

      ページ: 134-146

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] Unexpected ceiling of genetic differentiation in the control region of the mitochondrial DNA between different subspecies of the ayu Plecoglossus altivelis.2005

    • 著者名/発表者名
      Takeshima, Hirohiko
    • 雑誌名

      Zoological Science (印刷中)

  • [雑誌論文] The mitochondrial genome of Indonesian coelacanth Latimeria menadoensis (Sarcopterygii : Coelacanthiformes) and di-vergence time estimation between the two coelacanths.2005

    • 著者名/発表者名
      Inoue, Jun G., Byrappa Venkatesh, Mutsumi Nishida.
    • 雑誌名

      Gene (印刷中)

  • [雑誌論文] Discovery of an ancient lineage of Cyprinus calpio from Lake Biwa, central Japan, based on mtDNA sequence data, with reference to possible multiple origins of koi.2005

    • 著者名/発表者名
      Mabuchi, Kohji
    • 雑誌名

      Journal of Fish Biology (印刷中)

  • [雑誌論文] Evolution of the mitochondrial genome in Cephalochordata as inferred from complete nucleotide sequences from two Epigonichthys species.2005

    • 著者名/発表者名
      Nohara, Masahiro
    • 雑誌名

      Journal of Molecular Evolution (印刷中)

  • [雑誌論文] The phylogenetic position of toadfishes (order Batrachoidiformes) in the higher ray-finned fish as inferred from partitioned Bayesian analysis of 102 whole mitochondrial genomic sequences.2005

    • 著者名/発表者名
      Miya, Masaki
    • 雑誌名

      Biological Journal of Linnean Society, London (印刷中)

  • [雑誌論文] Complete mitochondrial genome of the sessile barnacle Tetraclita japonica.2005

    • 著者名/発表者名
      Begum, Rowshan Ara
    • 雑誌名

      Marine Biotechnology (印刷中)

  • [雑誌論文] A PCR-based approach for sequencing the mitochondrial genomes of decapod crustaceans, with a practical example from the kuruma prawn Marsupenaeus japonicus.2005

    • 著者名/発表者名
      Yamauchi, Mitsugu M.
    • 雑誌名

      Marine Biotechnology (印刷中)

  • [雑誌論文] Genetic and geographical differentiation of Pandaka gobies in Japan.2004

    • 著者名/発表者名
      Mukai, Takahiko
    • 雑誌名

      Ichthyological Research 51

      ページ: 222-227

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] Mitochondrial genomes and phylogeny of the ocean sunfishes (Tetraodontiformes : Molidae).2004

    • 著者名/発表者名
      Yamanoue, Yusuke
    • 雑誌名

      Ichthyological Research 51

      ページ: 269-273

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] Use of a PCR-based approach for sequencing whole mitochondrial genomes of insects : Two examples (cockroach and dragonfly) based on the method developed for decapod crustaceans.2004

    • 著者名/発表者名
      Yamauchi, Mitsugu M.
    • 雑誌名

      Insect Molecular Biology 13

      ページ: 435-442

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] Molecular phylogeny of the antitropical genus Pseudolabrus (Perciformes : Labridae) : evidence for a Southern Hemisphere origin.2004

    • 著者名/発表者名
      Mabuchi, Kohji
    • 雑誌名

      Molecular Phylogenetics and Evolution 32

      ページ: 375-382

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] Mitogenomic evidence for the monophyly of elopomorph fishes (Teleostei) and the evolutionary origin of the leptocephalus larva.2004

    • 著者名/発表者名
      Inoue, Jun G.
    • 雑誌名

      Molecular Phylogenetics and Evolution 32

      ページ: 274-286

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] Molecular phylogeny and possible scenario of ponyfish (Perciformes : Leiognathidae) evolution.2004

    • 著者名/発表者名
      Ikejima, Kou
    • 雑誌名

      Molecular Phylogenetics and Evolution 31

      ページ: 904-909

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] Ancient phylogenetic separation between Pacific and Atlantic Cephalochordates as revealed by mitochondrial genome analysis.2004

    • 著者名/発表者名
      Nohara, Masahiro
    • 雑誌名

      Zoological Science 21

      ページ: 203-210

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] Genetic evidence for multiple geographic populations of the giant mottled eel, Anguilla marmorata, in the Pacific and Indian Oceans.2004

    • 著者名/発表者名
      Ishikawa, Satoshi
    • 雑誌名

      Ichthyological Research 51

      ページ: 343-353

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [雑誌論文] Gene rearrangements and evolution of tRNA pseudogenes in the mitochondrial DNA of the parrotfish (Teleostei : Perciformes : Scaridae).2004

    • 著者名/発表者名
      Mabuchi, Kohji
    • 雑誌名

      Journal of Molecular Evolution 59

      ページ: 287-297

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [雑誌論文] Phylogeographic relationships within the Mediterranean turbot inferred by mitochondrial DNA haplotype variation.2004

    • 著者名/発表者名
      Suzuki, Nobuaki
    • 雑誌名

      Journal of Fish Biology 65

      ページ: 580-585

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [雑誌論文] Organization of the mitochondrial genome of Antarctic krill, Euphausia superba (Crustacea : Malacostraca).2004

    • 著者名/発表者名
      Machida, Ryuji J.
    • 雑誌名

      Marine Biotechnology 6

      ページ: 238-250

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [雑誌論文] 日本産ミミズハゼにおけるミトコンドリアDNAの系統と地理的分化2004

    • 著者名/発表者名
      向井貴彦
    • 雑誌名

      魚類学雑誌 51巻2号

      ページ: 157-161

  • [雑誌論文] Tempo of mitochondrial gene evolution : Can mitochondrial DNA be used to date old divergence?2004

    • 著者名/発表者名
      Kumazawa, Yoshinori
    • 雑誌名

      Endocytobiosis and Cell Research 15

      ページ: 136-142

  • [雑誌論文] Genetic differentiations between two color-morphs of Apogontaeniophorus from Southern Japan.2004

    • 著者名/発表者名
      Mabuchi, Kohji
    • 雑誌名

      Ichthyological Research 51

      ページ: 180-183

  • [雑誌論文] Large-scale gene rearrangements in the mitochondrial genomes of twocalanoid copepods Eucalanus bungii and Neocalanus cristatus (Crustacea), with notes on new versatile primers for the srRNA and COI genes.2004

    • 著者名/発表者名
      Machida, Ryuji J.
    • 雑誌名

      Gene 332

      ページ: 71-78

  • [雑誌論文] Evolution of the deep-sea gulper eel mitochondrial genomes : large-scale gene rearrangements originated within the eels.2004

    • 著者名/発表者名
      Inoue, Jun G.
    • 雑誌名

      Molecular Biology and Evolution 20

      ページ: 1917-1924

  • [図書] サケ・マスの生態と進化2004

    • 著者名/発表者名
      前川光司(編著)
    • 総ページ数
      335
    • 出版者
      文一総合出版、東京

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公開日: 2006-07-12   更新日: 2016-04-21  

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