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2005 年度 実績報告書

海洋動物におけるミトコンドリアゲノミクスの展開

研究課題

研究課題/領域番号 15380131
研究機関東京大学

研究代表者

西田 睦  東京大学, 海洋研究所, 教授 (90136896)

研究分担者 宮 正樹  千葉県立中央博物館, 動物学研究科, 上席研究員 (30250137)
キーワード海洋動物 / 魚類 / 甲殻類 / ミトコンドリアDNA / ミトコンドリアゲノミクス
研究概要

生物多様性を維持しつつ水産生物資源の持続的利用を図ることの必要性はますます高くなっている。水圏資源生物の集団構造の把握は困難なことが多く、また卵や幼生の種識別はきわめて困難で、これらのことが合理的な資源管理方策を策定する上での妨げとなっている。こうした状況の改善のために、集団や種の信頼性の高いDNA標識が強く求められている。本研究は、DNA標識源として重要なミトコンドリア(mt)DNAを取り上げ、これまで実施して来た魚類mtDNA全塩基配列分析研究をさらに推し進めるとともに、研究対象を甲殻類にまで広げ、海洋動物のミトコンドリアゲノミクスの新たな展開を目指すものである。
3年目の今年度は、引き続き魚類および甲殻類の標本収集に努め、新たに約50種の貴重な標本試料を得た。魚類標本の種査定は主としてわれわれ自身でおこない、甲殻類標本の種査定は甲殻類分類学の専門家である千葉中央博物館の駒井智幸氏の協力を得ておこなった。これまでやや手薄だったニシン系魚類を中心に、新たにmtDNA全塩基配列を決定を進め、魚類および甲殻類約30種について新たに全塩基配列を得ることができた。得られたミトコンドリアゲノムデータは、すでに集積したデータと照らし合わせながら、その特徴や変異性について検討した。さらに、整備を進めたデータ解析のための計算環境を活用し、いくつかの分類群に重点を置いて分子系統解析をおこなった。得られた解析結果に総合的な考察を加え、論文化を進めた。加えて魚類ミトコンドリアゲノム・データベースMitoFishの拡充をさらに進めた。

  • 研究成果

    (24件)

すべて 2006 2005

すべて 雑誌論文 (22件) 図書 (2件)

  • [雑誌論文] Complete mitochondrial DNA sequence of the Lake Biwa wild strain of common carp (Cyprinus carpio L.) : Further evidence for an ancient origin.2006

    • 著者名/発表者名
      Mabuchi, Kohji
    • 雑誌名

      Aquaculture (印刷中)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] Hidden ancient diversification in the circumtropical lancelet Asymmetron lucayanum complex.2006

    • 著者名/発表者名
      Kon, Takeshi
    • 雑誌名

      Marine Biology (印刷中)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] Complete mitochondrial genome of the sessile barnacle Tetraclita japonica.2006

    • 著者名/発表者名
      Begum, Rowshan Ara
    • 雑誌名

      Marine Biotechnology (印刷中)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] PCR法を用いた琵琶湖産野生型コイのミトコンドリアDNAの簡易識別法.2006

    • 著者名/発表者名
      馬渕, 浩司
    • 雑誌名

      水産育種 35

      ページ: 19-23

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] Molecular phylogeny and stripe pattern evolution in the cardinalfish genus Apogon.2006

    • 著者名/発表者名
      Mabuchi, Kohji
    • 雑誌名

      Molecular Phylogenetics and Evolution 39

      ページ: 90-99

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [雑誌論文] New primers for amplifying and sequencing the mitochondrial ND4/ND5 gene region of the Cypriniformes (Actinopterygii : Ostariophysi).2006

    • 著者名/発表者名
      Miya, Masaki
    • 雑誌名

      Ichthyological Research 53

      ページ: 75-81

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [雑誌論文] Round and pointed-head grenadier fishes (Actinopterygii : Gadiformes) represent a single sister-group : Evidence from the complete mitochondrial genome sequences.2006

    • 著者名/発表者名
      Satoh, Takashi P.
    • 雑誌名

      Molecular Phylogenetics and Evolution (印刷中)

  • [雑誌論文] Molecular phylogeny and evolution of the pelagic copepod genus Neocalanus (Crustacea : Copepoda).2006

    • 著者名/発表者名
      Machida, Ryuji J.
    • 雑誌名

      Marine Biology (印刷中)

  • [雑誌論文] The mitochondrial genome of spotted green pufferfish Tetraodon nigroviridis (Teleostei : Tetraodontiformes) and divergence time estimation among model organisms in fishes.2006

    • 著者名/発表者名
      Yamanoue, Yusuke
    • 雑誌名

      Genes and Genetic Systems (印刷中)

  • [雑誌論文] Polymorphism in the nucleotide sequence of a mitochondrial intergenic region in the scleractinian coral Galaxea fascicularis.2005

    • 著者名/発表者名
      Watanabe, Toshiki
    • 雑誌名

      Marine Biotechnology 7

      ページ: 33-39

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] Discovery of an ancient lineage of Cyprinus carpio from Lake Biwa, central Japan, based on mtDNA sequence data, with reference to possible multiple origins of koi.2005

    • 著者名/発表者名
      Mabuchi, Kohji
    • 雑誌名

      Journal of Fish Biology 66

      ページ: 1516-1528

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] Evolution of the mitochondrial genome in Cephalochordata as inferred from complete nucleotide sequences from two Epigonichthys species.2005

    • 著者名/発表者名
      Nohara, Masahiro
    • 雑誌名

      Journal of Molecular Evolution 60

      ページ: 526-537

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] Evaluation of the population structure of Anguilla bicolor bicolor using total number of vertebrae and the mtDNA control region.2005

    • 著者名/発表者名
      Watanabe, Shun
    • 雑誌名

      Coastal Marine Science 29

      ページ: 165-169

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] Unexpected ceiling of genetic differentiation in the control region of the mitochondrial DNA between different subspecies of the ayu Plecoglossus altivelis.2005

    • 著者名/発表者名
      Takeshima, Hirohiko
    • 雑誌名

      Zoological Science 22

      ページ: 401-410

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] The mitochondrial genome of Indonesian coelacanth Latimeria menadoensis (Sarcopterygii : Coelacanthiformes) and divergence time estimation between the two coelacanths.2005

    • 著者名/発表者名
      Inoue, Jun G.
    • 雑誌名

      Gene 349

      ページ: 227-235

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] Mitochondrial DNA divergence in yoshinobori gobies (Rhynogobius species complex) betwen the Bonin Islands and the Japan-Ryukyu Archipelago.2005

    • 著者名/発表者名
      Mukai, Takahiko
    • 雑誌名

      Ichthyological Research 52

      ページ: 410-413

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [雑誌論文] Molecular systematics of the gonorynchiform fishes (Teleostei) based on whole mitogenome sequences : Implications for higher-level relationships within the Otocephala.2005

    • 著者名/発表者名
      Lavoue, Sebastien
    • 雑誌名

      Molecular Phylogenetics and Evolution 37

      ページ: 165-177

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [雑誌論文] The phylogenetic position of toadfishes (order Batrachoidiformes) in the higher ray-finned fish as inferred from partitioned Bayesian analysis of 102 whole mitochondrial genomic sequences.2005

    • 著者名/発表者名
      Miya, Masaki
    • 雑誌名

      Biological Journal of Linnean Society, London 85

      ページ: 289-306

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [雑誌論文] New complete mitochondrial DNA sequence of a lancelet Branchiostoma lanceolatum (Cephalochordata) and the identity of this species' sequences.2005

    • 著者名/発表者名
      Nohara, Masahiro
    • 雑誌名

      Zoological Science 22

      ページ: 671-674

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [雑誌論文] A Molecular genetic evaluation of the taxonomy of eels of the the genus Anguilla (Pisces : Anguilliformes).2005

    • 著者名/発表者名
      Watanabe, Shun
    • 雑誌名

      Bulletin of Marine Science 76

      ページ: 675-690

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [雑誌論文] ヌマチチブ非在来個体群におけるミトコンドリアDNAの地理的変異.2005

    • 著者名/発表者名
      向井, 貴彦
    • 雑誌名

      Japanese Journal of Ichthyology 52

      ページ: 133-140

  • [雑誌論文] Suncdasalanx (Sundasalangidae) is a progenetic clupeiform, not a closely-related group of salangids (Osmeriformes) : Mitogenomic evidence.2005

    • 著者名/発表者名
      Ishiguro, Naoya
    • 雑誌名

      Journal of Fish Biology 67

      ページ: 561-569

  • [図書] 海洋の生命史2006

    • 著者名/発表者名
      西田 睦
    • 出版者
      東海大学出版会(印刷中)
  • [図書] 生態系へのまなざし2005

    • 著者名/発表者名
      鷲谷 いづみ
    • 総ページ数
      312
    • 出版者
      東京大学出版会
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より

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公開日: 2007-04-02   更新日: 2016-04-21  

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