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2005 年度 研究成果報告書概要

化学反応および生体分子系における反応選択性・記憶の動的発現原理

研究課題

研究課題/領域番号 15540394
研究種目

基盤研究(C)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 生物物理・化学物理
研究機関神戸大学

研究代表者

小松崎 民樹  神戸大学, 理学部, 助教授 (30270549)

研究期間 (年度) 2003 – 2005
キーワード化学反応ダイナミックス / 法双曲的不変多様体 / カオス力学系 / 相空間幾何学 / 標準形理論 / 遷移状態
研究概要

高次元相空間構造における法双曲的不変多様体(NHIM)などから構成される不変集合の性質に立脚して化学反応ダイナミックスにおける統計性と選択性の起源を明らかにし、局所平衡に依拠しない化学反応動力学理論を確立することに成功した。具体的には以下のことを実施した。(1)HCNの異性化反応、O(^1D)+N_2O→NO+NOを取り上げて、多谷ポテンシャルエネルギー地形上を複数のサドルを遷移する多遷移ダイナミックスにおける相空間反応経路や短寿命反応経路における2つのNO分子間の高速エネルギー交換メカニズムを解明した。(2)活性化障壁よりも高いエネルギー領域においてNHIMの熱浴自由度間の共鳴がNHIMの構造安定性に与える影響を解析し、反応選択性が消失する力学原理を解明した。(3)非共線型H_2+H→H+H_2異性化反応を取り上げ、多自由度系における遷移状態の分岐、遷移状態の同定可能性を考察した。
1分子計測の時系列情報から、背後に潜む生体分子系の動態構造、多次元エネルギー地形を抽出するための時系列解析理論の開発を行った。(1)局所平衡仮定に依拠しない計算力学(Computational Mechanics)およびWavelet多重分割に基づく時系列解析理論を開発し、時系列情報のみから背後に存在する状態遷移ネットワーク構造を抽出し、そのトポロジー的性質ならびに分子記憶を考察するための包括的なダイナミックス基盤を構築した。(2)局所平衡を仮定し、時系列情報のみから準安定状態を規定し、その状態間距離を定義し、多次元配位空間における自由エネルギー地形を推定する方法論を考案した。その結果、状態を観測時間の関数として定義し、1分子時系列情報から階層的なエネルギー地形を抽出することなどが新規に可能になることが判明した。

  • 研究成果

    (33件)

すべて 2006 2005 2004 その他

すべて 雑誌論文 (32件) 図書 (1件)

  • [雑誌論文] 複雑な多谷ポテンシャルエネルギー面上で生起する動力学諸問題III-タンパク質とその周辺-(研究会報告)2006

    • 著者名/発表者名
      渕上壮太郎編
    • 雑誌名

      物性研究 86

      ページ: 37-154

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] Geometrical Structure buried in the phase space of Stochastic Structural Transition2006

    • 著者名/発表者名
      Chun Biu Li
    • 雑誌名

      物性研究 86

      ページ: 77-81

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] タンパク質エネルギー地形における構造多様性と多次元エネルギー地形の新しい可視化手法2006

    • 著者名/発表者名
      星野恭子
    • 雑誌名

      物性研究 86

      ページ: 117-122

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] 水の場としての集団運動と生体分子の構造転移ダイナミックス2006

    • 著者名/発表者名
      納多哲史
    • 雑誌名

      物性研究 86

      ページ: 123-129

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] Dynamical Hierarchy in Transition States of Reactions2006

    • 著者名/発表者名
      Chun Biu Li
    • 雑誌名

      Few-Body Systems (印刷中)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] Wavelet Analysis and Arnold Web Picture for Detecting Energy Transfer in Hamiltonian Dynamical System2006

    • 著者名/発表者名
      Akira Shojiguchi
    • 雑誌名

      Laser Physics (印刷中)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] Dynamical Foundation and Limitations of Statistical Reaction Theory2006

    • 著者名/発表者名
      Akira Shojiguchi
    • 雑誌名

      Communications in Nonlinear Science and Numerical Simulation (印刷中)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] Proceeding Reports on Dynamical Problems on Lugged Energy Landscapes I-Proteins and the surroundings2006

    • 著者名/発表者名
      Sotaro Fuchigami, Tamiki Komatsuzaki, Mikito Toda
    • 雑誌名

      Bussei Kenkyu (Kyoto) 86(1)

      ページ: 37-154

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [雑誌論文] Geometrical Structure buried in the phase space of Stochastic Structural Transition2006

    • 著者名/発表者名
      Chun Biu Li, Yasuhiro Matsunaga, Mikito Toda, Tamiki Komatsuzaki
    • 雑誌名

      Bussei Kenkyu (Kyoto) 86(1)

      ページ: 77-81

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [雑誌論文] Structural Diversity of Protein Enertgy Landscape and New Visualization2006

    • 著者名/発表者名
      K.Hoshino, Y.Matsunaga, Gareth J.Rylance, Roy L.Johnston, D.J.Wales, Tamiki Komatsuzaki
    • 雑誌名

      Bussei Kenkyu (Kyoto) 86(1)

      ページ: 117-122

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [雑誌論文] Collective Motion of Water Field and Structural Transition of Biomolecule2006

    • 著者名/発表者名
      Satoshi Noda, Akinori Baba, Tamiki Komatsuzaki
    • 雑誌名

      Bussei Kenkyu (Kyoto) 86(1)

      ページ: 123-129

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [雑誌論文] Regularity in Chaotic Transitions on Two-Basin Lands2005

    • 著者名/発表者名
      Tamiki Komatsuzaki
    • 雑誌名

      Advances in Chemical Physics 130 A

      ページ: 143-170

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] Regularity in Chaotic Transitions on Multi-Basin Lands capes2005

    • 著者名/発表者名
      Tamiki Komatsuzaki
    • 雑誌名

      Advances in Chemical Physics 130 B

      ページ: 257-313

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] How Many Dimension is Required to Approximate Potential Energy Landscape of A Model Protein?2005

    • 著者名/発表者名
      Tamiki Komatsuzaki
    • 雑誌名

      Journal of Chemical Physics 122

      ページ: 084714-1-084714-9

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] Phase Space Reaction Network on a Multisaddle Energy Landscape : HCN isomerization2005

    • 著者名/発表者名
      Chun Biu Li
    • 雑誌名

      Journal of Chemical Physics 123

      ページ: 184301(1)-184301(13)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] Chaotic Reaction Dynamics and the Phase Space Geometry of Multidimensional Chemical Reaction2005

    • 著者名/発表者名
      Chun Biu Li
    • 雑誌名

      Bussei Kenkyu (Kyoto) 84(3)

      ページ: 481-482

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] Regularity in Chaotic Transitions on Two-Basin Landscapes2005

    • 著者名/発表者名
      Tamiki Komatsuzaki, R.Stephen Berry
    • 雑誌名

      Advances in Chemical Physics 130A

      ページ: 143-170

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [雑誌論文] Regularity in Chaotic Transitions on Multi-Basin Landscapes2005

    • 著者名/発表者名
      Tamiki Komatsuzaki, Kyoko Hoshino, Y.Matsunaga
    • 雑誌名

      Advances in Chemical Physics 130B

      ページ: 257-313

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [雑誌論文] How Many Dimension is Required to Approximate Potential Energy Landscape of A Model Protein?2005

    • 著者名/発表者名
      Tamiki Komatsuzaki, Kyoko Hoshino, Yasuhiro Matsunaga, Gareth J.Rylance, Roy L.Johnston, David J.Wales
    • 雑誌名

      Journal of Chemical Physics 122

      ページ: 084714-1-084714-9

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [雑誌論文] Phase Space Reaction Network on a Multisaddle Energy Landscape : HCN isomerization2005

    • 著者名/発表者名
      Chun Biu Li, Yasuhiro Matsunaga, Mikito Toda, Tamiki Komatsuzaki
    • 雑誌名

      Journal of Chemical Physics 123

      ページ: 184301(1)-184301(13)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [雑誌論文] Chaotic Reaction Dynamics and the Phase Space Geometry of Multidimensional Chemical Reaction2005

    • 著者名/発表者名
      Chun Biu Li, M.Toda, T.Komatsuzaki
    • 雑誌名

      Bussei Kenkyu (Kyoto) 84(3)

      ページ: 481-482

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [雑誌論文] Hierarchical Regularity in Multi-Basin Dynamics on Protein Landscapes2004

    • 著者名/発表者名
      Yasuhiro Matsunaga
    • 雑誌名

      AIP conference series for Slow Dynamics in Complex Systems 708

      ページ: 302-305

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] Protein Folding Dynamics : Ergodic Behavior in Principal Component Space2004

    • 著者名/発表者名
      Yasuhiro Matsunaga
    • 雑誌名

      AIP conference series for Slow Dynamics in Complex Systems 708

      ページ: 342-343

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] A Coarse-Graining of Energy Landscapes of Proteins -Structural Stability of the Most Stable States-2004

    • 著者名/発表者名
      Kyoko Hoshino
    • 雑誌名

      AIP conference series for Slow Dynamics in Complex Systems 708

      ページ: 344-345

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] Geometrical Structures of Phase Space in Multi-Dimen sional Chaos (研究会報告)2004

    • 著者名/発表者名
      戸田幹人
    • 雑誌名

      物性研究 83

      ページ: 176-188

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] Hierarchical Regularity in Multi-Basin Dynamics on Protein Landscapes2004

    • 著者名/発表者名
      Y.Matsunaga, K.S.Kostov, Tamiki Komatsuzaki
    • 雑誌名

      AIP conference series for Slow Dynamics in Complex Systems 708

      ページ: 302-305

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [雑誌論文] Protein Folding Dynamics : Ergodic Behavior in Principal Component Space2004

    • 著者名/発表者名
      Y.Matsunaga, Tamiki Komatsuzaki
    • 雑誌名

      AIP conference series for Slow Dynamics in Complex Systems 708

      ページ: 342-343

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [雑誌論文] A Coarse-Graining of Energy Landscapes of Proteins-Structural Stability of the Most Stable States-2004

    • 著者名/発表者名
      K.Hoshino, Y.Matsunaga, M.Miller, D.J.Wales, Tamiki Komatsuzaki
    • 雑誌名

      AIP conference series for Slow Dynamics in Complex Systems 708

      ページ: 344-345

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [雑誌論文] Geometrical Structures of Phase Space in Multi-Dimensional Chaos : Applications to Chemical Reaction Dynamics in Complex Systems2004

    • 著者名/発表者名
      Mikito Toda, Tamiki Komatsuzaki, Tetsuro Konishi, R.Stephen Berry, Stuart A.Rice eds.
    • 雑誌名

      Bussei Kenkyu (Kyoto) 83

      ページ: 176-188

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [雑誌論文] Dynamical Hierarchy in Transition States of Reactions

    • 著者名/発表者名
      Chun Biu Li, Akira Shojiguchi, Mikito Toda, Tamiki Komatsuzaki
    • 雑誌名

      Few-Body Systems (in press)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [雑誌論文] Wavelet Analysis and Arnold Web Picture for Detecting Energy Transfer in Hamiltonian Dvnamical System

    • 著者名/発表者名
      Akira Shojiguchi, Akinori Baba, Chun Biu Li, Tamiki Komatsuzaki, Mikito Toda
    • 雑誌名

      Laser Physics (in press)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [雑誌論文] Dynamical Foundation and Limitations of Statistical Reaction Theory

    • 著者名/発表者名
      Akira Shojiguchi, Chun Biu Li, Tamiki Komatsuzaki, Mikito Toda
    • 雑誌名

      Communications in Nonlinear Science and Numerical Simulation (in press)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [図書] Special Volume "Geometric Structures of Phase Space in Multi-Dimensional Chaos" in Advances in Chemical Physics2005

    • 著者名/発表者名
      M.Toda(共編)
    • 総ページ数
      1224
    • 出版者
      John Wiley & Sons. Inc.
    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より

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公開日: 2007-12-13  

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