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イネの種子形成メカニズムの全体像を分子レベルで把握するため、種子形成期に発現する遺伝子を網羅的に解析した。アンチセンスSPK形質転換体(ASPK系統)は胚乳形成に異常を起こし、水モミを生じる変異体である。胚乳形成の初期に働く遣伝子を明らかにするため、この組換え体および野生型イネ(日本晴)の登熟初期の未熟種子よりRNAを抽出し、マイクロアレイ解析により遺伝子発現を比較した。この結果、この形質転換体では125種類の遺伝子の発現量に顕著な変化が認められた。これらの遺伝子の機能を推測し、機能別に7つのグループに分類した。次に、胚乳形成に関与するflo2変異系統を用いて、種子登熟の中期における遣伝子発現を網羅的に解析した。変異体と野生型(金南風)それぞれの登熟中期の未熟種子からRNAを抽出し、マイクロアレイ解析を行なった。この結果、両者の間で66種類の遺伝子の発現量に顕著な差が認められた。これらの遺伝子について遺伝子の機能による分類を行なった。また、顕著な発現量の変化が認められた遣伝子についてRT-PCRを行ない、これらの遺伝子の発現量の変動を確認した。さらに、野生型植物におけるこれらの遺伝子の発現を穂ばらみ期、登熟初期、登熟中期の各段階で調べ、変異体イネの発現量の変化との比較により、これらの遺伝子群を発現量の変化のパターンから8種類に分類した。さらに、これらの遺伝子群についてのクラスター解析を行なった。この結果、同じクラスターに分類された既知の遣伝子から同じグループにある未知遺伝子の機能を推測した。
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