第3世代密度汎関数法の展開とタンパク質ボルン-オッペンハイマー分子動力学法の研究

2017 年度 研究成果報告書

• 研究課題/領域番号: 15H02046
• 研究種目: 基盤研究(A)
• 配分区分: 補助金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 計算科学
• 研究機関: 東京大学
• 研究代表者: 佐藤 文俊 東京大学, 生産技術研究所, 教授 (00235392)
• 連携研究者: 平野 敏行 東京大学, 生産技術研究所, 助教 (60451887)
• 研究期間 (年度): 2015-04-01 – 2018-03-31
• キーワード: ハイパフォーマンス・コンピューティング / タンパク質 / 物性理論

研究成果の概要

超並列計算環境に適したタンパク質の正準(標準)分子軌道計算・分子動力学シミュレーションに関する基盤技術の研究開発を行った。第３世代密度汎関数法に基づく正準分子軌道計算ソフトウェアProteinDFの改良と力計算機能の追加・並列化を行った。ProteinDFと分子動力学計算ソフトウェアGromacsとの連成システムを開発し、本システムが小規模タンパク質において動作することを確認した。また、分子動力学シミュレーションの有効性を高めるため、正準分子軌道計算に基づく新規原子電荷の開発を行った。

自由記述の分野

理論化学