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細胞の初期化や分化はどうやって起こるのか？この問いに答えるためには、5-ヒドロキシメチルシトシンなどのDNAのエピジェネティックな修飾やそれを折りたたむためのヒストンの構造に注目しなければならない。5-ヒドロキシメチルシトシンは、細胞内で遺伝子発現の調節に関わる重要なDNAの修飾の一つであり、その存在箇所を精密かつ簡便に調べる手法の開発が望まれている。過酸化タングステン酸を用いた5-ヒドロキシメチルシトシンの酸化をDNAシーケンス解析と組み合わせることによって、効率的なヒドロキシメチルシトシン検出を可能にした。また、銅イオンとニトロキシラジカルの併用もヒドロキシメチルシトシン特異的酸化反応の再現性が高く、その検出に有効な方法であることを見いだした。この方法によって、ゲノム中のヒドロキシメチルシトシンを1塩基レベルで検出することが可能になったとともに、CpGアイランドよりもその周縁部のほうがヒドロキシメチルシトシンを生じやすいことを見いだした。また、ゲノム中に散在する繰り返し配列LINE1とAluをメチル化レベルに応じて可視化する方法を確立した。超解像蛍光顕微鏡による1細胞観察により、それらの配列がメチル化されてゲノム内に散在していることが蛍光観察された。また、ヒストンについてもその化学合成法（ネイティブケミカルライゲーションと脱硫反応を含む）を確立した。人工ヒストンとDNAを用いて複合体をつくる方法も確立し、望むヌクレオソームを自在に合成することができるようになった。
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