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2018 年度 実績報告書

微生物のシステイングリコシダーゼの構造機能解析と反応機構解明

研究課題

研究課題/領域番号 15H02443
研究機関東京大学

研究代表者

伏信 進矢  東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 教授 (00302589)

研究分担者 藤田 清貴  鹿児島大学, 農水産獣医学域農学系, 准教授 (20381189)
石渡 明弘  国立研究開発法人理化学研究所, 開拓研究本部, 専任研究員 (70342748)
研究期間 (年度) 2015-04-01 – 2019-03-31
キーワード酵素 / タンパク質 / 有機化学 / 応用微生物 / 糖鎖 / 糖質関連酵素 / 植物病原菌 / 選択的化学合成
研究実績の概要

我々はGH127およびGH146に分類されるβ-L-アラビノフラノシダーゼ(β-L-Araf-ase)の結晶構造解析に成功し、その求核触媒が亜鉛に結合したCysであることを示した。これは糖質加水分解酵素では前例のない発見であったために、その反応機構についてはさらなる検証が必要であった。本研究ではβ-L-アラビノフラノシド結合に作用する酵素の反応機構の詳細を明らかにするため、類似酵素の探索、新規に開発する自殺基質や特異的阻害剤、反応中間体を模した擬似基質などを利用して構造機能解析を行った。
ビフィズス菌の持つβ-L-Araf-aseホモログとして2種類の新規なGH146酵素(BLL3とBLL4)の機能解析を行い、両者の基質特異性を明らかにした。特にBLL3はAraf-β1,3-Araf結合を特異的に切断する新規性の高い酵素であった。
同ホモログとしてBLL3と植物病原菌キサントモナス属由来新規酵素XCCの構造解析に成功した。これらはいずれもGH146に属し、特に後者では新規な糖質結合ドメインの存在が明らかとなった。
β-L-Araf-aseの阻害剤開発を行い、システイン残基と化学選択的に反応可能な1位ハロアセトアミド体の立体選択的合成法を確立した。このようなデザインの阻害剤は糖質加水分解酵素としては初めてである。どちらもβ-L-Araf-aseを強く阻害し、両者で複合体の結晶構造解析にも成功した。特にβ-体ではアミド基がα-側に回り込んで触媒システイン残基に共有結合しており、非常に珍しい阻害機構であった。
我々はこれまでβ-L-Araf-aseの反応前の基質-酵素(ミカエリス)複合体、反応産物との複合体との構造決定に成功しており、今回反応中間体のアナログの構造決定にも成功したことから、β-L-Araf-aseの反応機構をステップごとの立体構造とともに解明することに成功した。

現在までの達成度 (段落)

平成30年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

平成30年度が最終年度であるため、記入しない。

  • 研究成果

    (30件)

すべて 2020 2019 2018 その他

すべて 雑誌論文 (14件) (うち査読あり 14件、 オープンアクセス 4件) 学会発表 (13件) (うち国際学会 4件、 招待講演 4件) 備考 (3件)

  • [雑誌論文] Structural analysis of β‐L‐arabinobiose‐binding protein in the metabolic pathway of hydroxyproline‐rich glycoproteins in Bifidobacterium longum2020

    • 著者名/発表者名
      Miyake Masayuki、Terada Tohru、Shimokawa Michiko、Sugimoto Naohisa、Arakawa Takatoshi、Shimizu Kentaro、Igarashi Kiyohiko、Fujita Kiyotaka、Fushinobu Shinya
    • 雑誌名

      The FEBS Journal

      巻: in press ページ: in press

    • DOI

      10.1111/febs.15315

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Crystal structure of β-L-arabinobiosidase belonging to glycoside hydrolase family 1212020

    • 著者名/発表者名
      Keita Saito, Alexander Holm Viborg, Shiho Sakamoto, Takatoshi Arakawa, Chihaya Yamada, Kiyotaka Fujita, Shinya Fushinobu
    • 雑誌名

      PLOS ONE

      巻: 15 ページ: e0231513

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0231513

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Structural basis for broad substrate specificity of UDP-glucose 4-epimerase in the human milk oligosaccharide catabolic pathway of Bifidobacterium longum2019

    • 著者名/発表者名
      Nam Young-Woo、Nishimoto Mamoru、Arakawa Takatoshi、Kitaoka Motomitsu、Fushinobu Shinya
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 9 ページ: 11081

    • DOI

      10.1038/s41598-019-47591-w

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Understanding the Molecular Mechanism Underlying the High Catalytic Activity of p-Hydroxybenzoate Hydroxylase Mutants for Producing Gallic Acid2019

    • 著者名/発表者名
      Moriwaki Yoshitaka、Yato Mirai、Terada Tohru、Saito Seiji、Nukui Noriyuki、Iwasaki Takumi、Nishi Tatsunari、Kawaguchi Yuko、Okamoto Ken、Arakawa Takatoshi、Yamada Chihaya、Fushinobu Shinya、Shimizu Kentaro
    • 雑誌名

      Biochemistry

      巻: 58 ページ: 4543~4558

    • DOI

      10.1021/acs.biochem.9b00443

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Two Novel α-L-Arabinofuranosidases from Bifidobacterium longum subsp. longum Belonging to Glycoside Hydrolase Family 43 Cooperatively Degrade Arabinan2019

    • 著者名/発表者名
      Komeno Masahiro、Hayamizu Honoka、Fujita Kiyotaka、Ashida Hisashi
    • 雑誌名

      Applied and Environmental Microbiology

      巻: 85 ページ: e02582-18

    • DOI

      10.1128/AEM.02582-18

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Degradation of plant arabinogalactan proteins by intestinal bacteria: characteristics and functions of the enzymes involved2019

    • 著者名/発表者名
      Fujita Kiyotaka、Sasaki Yuki、Kitahara Kanefumi
    • 雑誌名

      Applied Microbiology and Biotechnology

      巻: 103 ページ: 7451~7457

    • DOI

      10.1007/s00253-019-10049-0

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Dissecting the Stereocontrolled Conversion of Short-Lived Sulfenic Acid by Lachrymatory Factor Synthase2019

    • 著者名/発表者名
      Arakawa Takatoshi、Sato Yuta、Yamada Masayuki、Takabe Jumpei、Moriwaki Yoshitaka、Masamura Noriya、Kato Masahiro、Aoyagi Morihiro、Kamoi Takahiro、Terada Tohru、Shimizu Kentaro、Tsuge Nobuaki、Imai Shinsuke、Fushinobu Shinya
    • 雑誌名

      ACS Catalysis

      巻: 10 ページ: 9~19

    • DOI

      10.1021/acscatal.9b03720

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Identification, functional characterization, and crystal structure determination of bacterial levoglucosan dehydrogenase2018

    • 著者名/発表者名
      Sugiura Masayuki、Nakahara Moe、Yamada Chihaya、Arakawa Takatoshi、Kitaoka Motomitsu、Fushinobu Shinya
    • 雑誌名

      Journal of Biological Chemistry

      巻: 293 ページ: 17375~17386

    • DOI

      10.1074/jbc.RA118.004963

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Bimodal Glycosyl Donors Protected by 2-O-(ortho-Tosylamido)benzyl Group2018

    • 著者名/発表者名
      Ding Feiqing、Ishiwata Akihiro、Ito Yukishige
    • 雑誌名

      Organic Letters

      巻: 20 ページ: 4384~4388

    • DOI

      10.1021/acs.orglett.8b01922

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Stereodivergent Mannosylation Using 2-O-(ortho-Tosylamido)benzyl Group2018

    • 著者名/発表者名
      Ding Feiqing、Ishiwata Akihiro、Ito Yukishige
    • 雑誌名

      Organic Letters

      巻: 20 ページ: 4833~4837

    • DOI

      10.1021/acs.orglett.8b01979

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Characterization of a GH36 β-L-Arabinopyranosidase in <i>Bifidobacterium adolescentis</i>2018

    • 著者名/発表者名
      Sasaki Yuki、Togo Nami、Kitahara Kanefumi、Fujita Kiyotaka
    • 雑誌名

      Journal of Applied Glycoscience

      巻: 65 ページ: 23~30

    • DOI

      10.5458/jag.jag.JAG-2018_001

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Functional characterization of unique enzymes in Xanthomonas euvesicatoria related to degradation of arabinofurano-oligosaccharides on hydroxyproline-rich glycoproteins2018

    • 著者名/発表者名
      Nakamura Masayuki、Yasukawa Yuino、Furusawa Akira、Fuchiwaki Tamao、Honda Takashi、Okamura Yuta、Fujita Kiyotaka、Iwai Hisashi
    • 雑誌名

      PLOS ONE

      巻: 13 ページ: e0201982

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0201982

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Structural and thermodynamic insights into β-1,2-glucooligosaccharide capture by a solute-binding protein inListeria innocua2018

    • 著者名/発表者名
      Abe Koichi、Sunagawa Naoki、Terada Tohru、Takahashi Yuta、Arakawa Takatoshi、Igarashi Kiyohiko、Samejima Masahiro、Nakai Hiroyuki、Taguchi Hayao、Nakajima Masahiro、Fushinobu Shinya
    • 雑誌名

      Journal of Biological Chemistry

      巻: 293 ページ: 8812~8828

    • DOI

      10.1074/jbc.RA117.001536

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Degradative enzymes for type II arabinogalactan side chains in Bifidobacterium longum subsp. longum2018

    • 著者名/発表者名
      Fujita Kiyotaka、Sakamoto Ayami、Kaneko Satoshi、Kotake Toshihisa、Tsumuraya Yoichi、Kitahara Kanefumi
    • 雑誌名

      Applied Microbiology and Biotechnology

      巻: 103 ページ: 1299~1310

    • DOI

      10.1007/s00253-018-9566-4

    • 査読あり
  • [学会発表] Structural analysis of β-L-arabinofuranosidases in GH127 and GH1462019

    • 著者名/発表者名
      Shinya Fushinobu
    • 学会等名
      13th Carbohydrate Bioengineering Meeting
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Structural analysis for studying the reaction mechanism of β-L-arabinofuranosidases2019

    • 著者名/発表者名
      Shinya Fushinobu
    • 学会等名
      ACS Fall 2019 National Meeting
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] GH127 beta-L-アラビノフラノシダーゼ阻害剤の合成検討2019

    • 著者名/発表者名
      石渡 明弘、伊藤 幸成
    • 学会等名
      日本農芸化学会2019年度大会
  • [学会発表] N-(L-アラビノフラノシル) ハロアセトアミド両異性体の立体選択的合成2018

    • 著者名/発表者名
      成田 覚、石渡 明弘、伊藤 幸成
    • 学会等名
      日本農芸化学会2018年度大会
  • [学会発表] 結核菌アラビナン分解酵素の機能解析に向けたオリゴアラビノフラノシド誘導体の合成研究2018

    • 著者名/発表者名
      石渡 明弘、伊藤 幸成
    • 学会等名
      日本農芸化学会2018年度大会
  • [学会発表] 渦鞭毛藻由来 beta-1,5 結合した-L-アラビノフラノシド三糖構造の構築と構造解析2018

    • 著者名/発表者名
      石渡 明弘、伊藤 幸成
    • 学会等名
      日本化学会第98春季年会
  • [学会発表] Synthetic studies on L-arabinofuranosylated probes for bifidobacterial beta-L-arabinofuranosidase2018

    • 著者名/発表者名
      Ishiwata, A.; Narita, S.; Kimura, K.; Fushinobu S.; Fujita K.; Ito, Y.
    • 学会等名
      International Symposium on ER stress, glycosylation, homeostasis and diseases
    • 国際学会
  • [学会発表] Bifidobacterium longum由来の beta-L-アラビノフラノシダーゼの機構解析に向けたアラビノフラノース構造を有するプローブの合成検討2018

    • 著者名/発表者名
      石渡 明弘、成田 覚、藤田 清貴、伏信 進矢、伊藤 幸成
    • 学会等名
      第37回日本糖質学会年会
  • [学会発表] Strategy toward the synthesis of glycoconjugate from plant and bacteria2018

    • 著者名/発表者名
      Ishiwata, A.
    • 学会等名
      ACS On Campus in AIST
    • 招待講演
  • [学会発表] beta-L-アラビノフラノシダーゼの機能解析に向けたアラビノフラノース構造を有する阻害剤の合成検討2018

    • 著者名/発表者名
      石渡 明弘、成田 覚、藤田 清貴、伏信 進矢、伊藤 幸成
    • 学会等名
      日本応用糖質科学会平成30年度大会
  • [学会発表] Synthesis of the arabinan fragments of mycobacterial cell wall2018

    • 著者名/発表者名
      Ishiwata, A.
    • 学会等名
      9th Asian Community of Glycoscience and Glycotechology Conference
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Strategy toward the synthesis of glycoconjugate from plant and bacteria2018

    • 著者名/発表者名
      Ishiwata, A.
    • 学会等名
      Academia Sinica
  • [学会発表] ビフィズス菌由来 beta-アラビノフラノシダーゼの基質及び阻害剤の立体選択的合成研究2018

    • 著者名/発表者名
      石渡 明弘、成田 覚、伊藤 幸成
    • 学会等名
      GlycoTokyo 2018
  • [備考] Bibliography of Shinya Fushinobu

    • URL

      http://enzyme13.bt.a.u-tokyo.ac.jp/fushi/pub.html

  • [備考] 石渡 明弘 Akihiro Ishiwata (Researchmap)

    • URL

      https://researchmap.jp/a-ishiwata

  • [備考] 藤田 清貴 (Kiyotaka Fujita) (Researchmap)

    • URL

      https://researchmap.jp/read0201683

URL: 

公開日: 2021-01-27  

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