| 研究課題/領域番号 |
15H02524
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| 研究機関 | 名古屋大学 |
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研究代表者 |
若井 建志 名古屋大学, 医学(系)研究科(研究院), 教授 (50270989)
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| 研究分担者 |
田中 英夫 愛知県がんセンター(研究所), 疫学・予防部, 部長 (60470168)
田中 恵太郎 佐賀大学, 医学部, 教授 (50217022)
嶽崎 俊郎 鹿児島大学, 医学部, 教授 (50227013)
栗木 清典 静岡県立大学, 食品栄養科学部, 准教授 (20543705)
清水 厚志 岩手医科大学, いわて東北メディカル・メガバンク機構, 教授 (30327655)
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| 研究期間 (年度) |
2015-04-01 – 2019-03-31
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| キーワード | 生活習慣 / ゲノムワイド関連分析 / 一塩基多型 / 日本多施設共同コーホート研究 |
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| 研究実績の概要 |
本年度はゲノムワイド関連分析（GWAS）により、生活習慣（喫煙、飲酒、食事、飲料摂取、運動、睡眠など）と関連する遺伝要因とくに一塩基多型（SNP）との関連の検討を開始した。そのためにまず、解析対象となる日本多施設共同コーホート研究（J-MICC研究）のデータより、生活習慣を表現型としたGWASに用いるデータセットの作成を試みた。
GWAS用のタイピング（14,536名分）はすでに終了しており、本年度はタイピング用DNAチップにないSNPの推定（imputation）を実施した。一方、生活習慣データについてはJ-MICC研究のベースライン調査票データを用いたが、データセット作成の過程で、データにかなりの数の不備・矛盾が見いだされ、ベースライン調査を担当した調査機関への確認依頼、条件非該当者の除外、データクリーニングに相当の時間を要した。本年度末までに、GWAS用にDNA試料を提供した13調査地区のうち、1地区を除いてデータクリーニングが終了したが、生活習慣と関連する遺伝要因のGWAS本体を行うことができなかった。一方、GWAS解析で見出された生活習慣と遺伝要因との関連を検証するための試料として、冷凍保存されているバフィーコートから、DNAの抽出、整理を行った。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
3: やや遅れている
理由
解析用データセット作成の過程で、生活習慣データにかなりの数の不備・矛盾が見いだされ、データ確認、条件非該当者の除外、データクリーニングに相当の時間を要した。そのため、生活習慣と関連する遺伝要因のゲノムワイド関連分析本体を行うことができなかった。
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| 今後の研究の推進方策 |
来年度は遅くとも5月までに、残っている生活習慣データの不備・矛盾を確認して、生活習慣を表現型としたGWASに用いるデータセットを完成させる。その後、GWAS本体の解析を実施し、さらに別集団での妥当性検証を試みる。
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