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2015 年度 実績報告書

生命科学の計測・観察データ相互利用のための情報技術の高度化

研究課題

研究課題/領域番号 15H02755
研究機関国立研究開発法人理化学研究所

研究代表者

桝屋 啓志  国立研究開発法人理化学研究所, バイオリソースセンター, ユニットリーダー (40321814)

研究分担者 古崎 晃司  大阪大学, 産業科学研究所, 准教授 (00362624)
溝口 理一郎  北陸先端科学技術大学院大学, 学内共同利用施設等, 教授 (20116106)
研究期間 (年度) 2015-04-01 – 2018-03-31
キーワードオントロジー / 科学データ / 知識抽出
研究実績の概要

本研究は,生命科学で日々生産される様々な計測・観察データを,生物種,実験観察の方法論や視点,コントロール値の違いなどの壁を超えて,普遍的に取り扱うための相互利用技術の創出を目指している。先行研究で開発した,哺乳類表現型を対象とした表現型データの共有システムをさらに汎用化し,生命科学データ全般への対応を目指して,生物種や時系列データなど,さらに多様な生命計測データへの対応を可能にするためのデータの構築支援方法を確立する。
H27年度は、大規模な暗黙知識および視点管理用データの構築支援方法の確立を行うために、方法論および、テストアプリケーションの開発を行った。本アプリケーションは、既に記述された分類体系をテンプレートとした同型(相似形)のグラフ構造の自動作成を行うものである。その具体的な方法は、オントロジー記述言語である法造形式のデータを読み込み、その概念定義を参照しながら、下位概念およびインスタンスの作成を、大規模データの扱いに適した表型のインターフェースを持つエディタによって行うものである。表型にすることで、MSエクセル等のソフトウェアで作成したスプレッドシート形式のデータを取り込むことが可能になり、概念/インスタンスの一括入力が可能になるとともに、一般に公開されている科学データの取り込みを可能にする狙いがある。方法論開発にあたっては、視点(コンテキスト)に応じた科学データの概念の構造をいかに表形式に落とし込むかを検討し、表形式でのデータインポートを可能にするソフトウェア開発を、業務委託によって行った。関連して、本アプリケーションのための準備データの作成を、パートタイマー1名によって行った。
また、本研究で用いているデータ形式を、国際的なマウス表現型データ連携との調整を一部行った。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

3: やや遅れている

理由

大規模な暗黙知識および視点管理用データの構築支援方法の確立に予想外のエフォートがかかり、当初予定していた、グラフ型データからの知識抽出/提示技術の洗練化の検討がやや遅れている。ただし、視点管理データの検討において、表を視点と考えてコンテキスト変換を行うという基本的な検討を行うことができた。

今後の研究の推進方策

平成28年度に可視化アルゴリズムの確立と、大規模な暗黙知識および視点管理用データの構築支援方法を同時に行う。

  • 研究成果

    (13件)

すべて 2016 2015 その他

すべて 国際共同研究 (4件) 雑誌論文 (2件) (うち国際共著 2件、 査読あり 2件、 オープンアクセス 2件) 学会発表 (6件) (うち国際学会 2件) 備考 (1件)

  • [国際共同研究] European Bioinformatics Institute/Medical Research Council/Wellcome Trust Sanger Institute(英国)

    • 国名
      英国
    • 外国機関名
      European Bioinformatics Institute/Medical Research Council/Wellcome Trust Sanger Institute
  • [国際共同研究] Jackson Laboratory/University of California/Baylor College of Medicine(米国)

    • 国名
      米国
    • 外国機関名
      Jackson Laboratory/University of California/Baylor College of Medicine
  • [国際共同研究] Helmholtz Zentrum München(ドイツ)

    • 国名
      ドイツ
    • 外国機関名
      Helmholtz Zentrum München
  • [国際共同研究] Institut Clinique de la Souris(フランス)

    • 国名
      フランス
    • 外国機関名
      Institut Clinique de la Souris
  • [雑誌論文] Principles and application of LIMS in mouse clinics2015

    • 著者名/発表者名
      Maier H 他29名
    • 雑誌名

      Mammalian Genome

      巻: 26 ページ: 467-481

    • DOI

      doi: 10.1007/s00335-015-9586-7

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Applying the ARRIVE Guidelines to an In Vivo Database.2015

    • 著者名/発表者名
      Karp NA 他29名
    • 雑誌名

      PLoS Biology

      巻: 13 ページ: e1002151

    • DOI

      doi: 10.1371/journal.pbio.1002151

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [学会発表] 生物表現型ビッグデータの形成に向けて:セマンティックWeb技術を用いた表現型データの統合2016

    • 著者名/発表者名
      桝屋啓志、小林紀郎
    • 学会等名
      第2回理化学研究所・産業技術総合研究所 共同シンポジウム
    • 発表場所
      産業技術総合研究所(茨城県つくば市)
    • 年月日
      2016-02-02 – 2016-02-02
  • [学会発表] RDF-based data sharing of bio-resource related information2015

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Masuya, Terue Takatsuki, Mikako Saito, Eiki Takayama, Kazuya Ohshima, Nozomu Ohshiro, Kai Lenz, Nobuhiko Tanaka, Hiroshi Mori, Shuichi Kawashima and Norio Kobayashi
    • 学会等名
      SWAT4LS International Conference
    • 発表場所
      Cambridge, United Kingdom
    • 年月日
      2015-12-08 – 2015-12-08
    • 国際学会
  • [学会発表] 表現型情報統合データベースのためのデータ作成2015

    • 著者名/発表者名
      高月 照江、齋藤 実香子、大島 和也、高山 英紀、金子 裕代、成瀬 清、若菜 茂晴、田中 信彦、桝屋 啓志
    • 学会等名
      第38回分子生物学会年会・第88回生化学会大会合同大会(BMB2015: Biochemistry and Molecular Biology 2015)
    • 発表場所
      神戸ポートアイランド(兵庫県神戸市)
    • 年月日
      2015-12-03 – 2015-12-03
    • 国際学会
  • [学会発表] セマンティックWeb技術を用いたバイオリソースデータの標準化と整備2015

    • 著者名/発表者名
      桝屋啓志
    • 学会等名
      第1回理化学研究所・産業技術総合研究所 共同シンポジウム
    • 発表場所
      産業技術総合研究所(東京都江東区)
    • 年月日
      2015-06-29 – 2015-06-29
  • [学会発表] 生物種を超えた表現型情報統合のためのデータ作成2015

    • 著者名/発表者名
      高月照江、矢田有加里、斎藤実香子、高田豊行、真下知士、成瀬清、若菜茂晴、田中信彦、桝屋啓志
    • 学会等名
      第62回日本実験動物学会総会
    • 発表場所
      京都テルサ(京都府京都市)
    • 年月日
      2015-06-08 – 2015-06-08
  • [学会発表] 生物表現型情報と、疾患情報をつなげるデータベース2015

    • 著者名/発表者名
      桝屋 啓志、高山 英起、古崎 晃司、今井 健、大江 和彦、溝口 理一郎
    • 学会等名
      2015年度人工知能学会全国大会(第29回)
    • 発表場所
      公立はこだて未来大学(北海道函館市)
    • 年月日
      2015-05-30 – 2015-05-30
  • [備考] マウス・ラット表現型・疾患関連データベース

    • URL

      http://phenomodel.riken.jp

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公開日: 2017-01-06   更新日: 2022-08-26  

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