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2015 年度 実績報告書

小胞体とゴルジ体間のpH勾配に依存した新たなタンパク質品質管理機構の分子基盤

研究課題

研究課題/領域番号 15H04335
研究機関東北大学

研究代表者

稲葉 謙次  東北大学, 多元物質科学研究所, 教授 (10423039)

研究期間 (年度) 2015-04-01 – 2018-03-31
キーワードタンパク質品質管理 / X線結晶構造解析 / 小胞体 / レドックス
研究実績の概要

PDIファミリーメンバーの一つであるERp44はゴルジ体において、小胞体局在性酵素や構造異常タンパク質を捕まえ、小胞体に逆輸送する機能を有するタンパク質である。この機能発現において、ERp44は小胞体とゴルジ体間に存在するpH勾配を利用し、構造変化を誘起することで基質の結合解離を行っていると考えられる。平成27年度は当初の予定どおり、小胞体の生理的条件に近いpH7.5と、ゴルジ体の生理的条件に近いpH6.5の二つの条件で、ERp44のX線結晶構造解析を遂行し、共に2.1オングストローム分解能で構造決定することに成功した。その結果、ERp44によるpHセンシング機構に関する重要な知見を得た。これに加え、ERp44がpHのみならず、亜鉛イオンの結合解離によっても、その機能を制御することを新たに発見し、亜鉛イオン結合状態の結晶構造も解くことに成功した。以上の構造情報をもとに、変異体解析や培養細胞を用いた実験も系統的かつ網羅的に遂行しており、現在一つの論文についてはEMBO Journalに投稿中であり、もう一つの論文については原稿作成中である。さらにERp44の基質であることが知られているEro1との複合体の結晶構造解析について、安定な1対1複合体の形成条件をすでに詰めており、幅広い結晶化スクリーニングをすでに開始している。この研究課題についても、結晶化条件を見つけ次第、主として分子置換法により位相決定し、早急に構造モデリング、精密化を進める予定である。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

当初の予定どおり、pH7.5とpH6.5の二つの条件においてERp44の高分解能結晶構造解析に成功し、ERp44によるpHセンシング機構に関する重要な知見を得た。さらにERp44の構造機能制御において重要な役割を担うもう一つの因子であるZnとの結合状態についても、高分解能結晶構造解析にすでに成功し、ZnによるERp44の構造変化を解明するに至った。これら構造情報をもとに、変異体解析ならびに細胞を用いた系統的機能解析も進めており、当初の予定よりも早いペースで進行している。さらに、安定なERp44-Ero1複合体の調整方法を確立し、すでに結晶化スクリーニングを予定どおり開始している。以上のことから、平成27年度に予定した研究計画は十分順調に進んでいると言える。

今後の研究の推進方策

ERp44によるpHセンシング機構の構造基盤の仕事とZnによるERp44の構造機能制御機構の二つの仕事について、それぞれ論文としてまとめ、一流国際雑誌に発表することを最優先とする。さらにERp44とその基質であるEro1, SUMF1, IgM subunitとの複合体の構造解析についても達成できるよう全力を注ぐ。すでにこれら複合体の調整条件は目途が立っているため、あとは幅広い結晶化スクリーニングを行うのみである。それでも結晶がでない場合は、これら複合体と特異的に結合するナノボディやバインダータンパク質を作製し、それらとの共結晶化を試行する。さらにX線小角散乱法による溶液中での構造解析にも取り組む予定である。ERp44, Ero1の単体についてはすでに我々のグループにより高分解能結晶構造解析を達成しており、これら構造情報がX線小角散乱法による複合体構造決定においてアドバンテージになると期待される。

  • 研究成果

    (15件)

すべて 2016 2015 その他

すべて 国際共同研究 (1件) 雑誌論文 (7件) (うち国際共著 3件、 査読あり 7件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (6件) (うち国際学会 5件、 招待講演 5件) 備考 (1件)

  • [国際共同研究] San Raffaele Scientific Institute(Italy)

    • 国名
      イタリア
    • 外国機関名
      San Raffaele Scientific Institute
  • [雑誌論文] The membrane topology of Vitamin K Epoxide Reductase is conserved between human isoforms and the bacterial enzyme2016

    • 著者名/発表者名
      Cao, Z, van Lith, M., Mitchell, L. J., Pringle, M. A., Inaba, K. and Bulleid, N. J.
    • 雑誌名

      Biochem. J

      巻: 473 ページ: 851-858

    • DOI

      10.1042/BJ20151223.

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Cysteines 208 and 241 in Ero1α are required for maximal catalytic turnover2016

    • 著者名/発表者名
      Ramming, T., Kanemura, S., Okumura, M., Inaba, K.* and Appenzeller-Herzog, C.*
    • 雑誌名

      Redox Biology

      巻: 7 ページ: 14-20

    • DOI

      10.1016/j.redox.2015.11.004.

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] One-dimensional sliding of p53 along DNA is accelerated in the presence of Ca2+ or Mg2+ at millimolar concentrations.2015

    • 著者名/発表者名
      Murata, A., Ito, Y., Kashima, R., Kanbayashi, S., Nanatani, K., Igarashi, C., Okumura, M., Inaba, K., Tokino, T., Takahashi, S. and Kamagata, K.
    • 雑誌名

      J. Mol. Biol.

      巻: 427 ページ: 2663-2678

    • DOI

      10.1016/j.jmb.2015.06.016.

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Structural basis of a Ni acquisition cycle for [NiFe]-hydrogenase by HypA and its enhancer.2015

    • 著者名/発表者名
      Watanabe, S., Kawashima, T., Nishitani, Y., Kanai, T., Wada, T., Inaba, K., Atomi, H., Imanaka, T. and Miki, K.
    • 雑誌名

      Proc. Natl. Acad. Sci. USA

      巻: 112 ページ: 7701-7706

    • DOI

      10.1073/pnas.1503102112.

    • 査読あり
  • [雑誌論文] A PDI-catalyzed thiol/disulfide switch regulates the production of hydrogen peroxide by human Ero1.2015

    • 著者名/発表者名
      Ramming, T., Okumura, M., Kanemura, S., Baday, S., Birk, J., Moes, S., Spiess, M., Jeno, P., Berneche, S., Inaba, K. and Appenzeller-Herzog, C.
    • 雑誌名

      Free Rad. Biol. Med.

      巻: 83 ページ: 361-372

    • DOI

      10.1016/j.freeradbiomed.2015.02.011.

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] The structures and functions of protein disulfide isomerase family members involved in proteostasis in the endoplasmic reticulum.2015

    • 著者名/発表者名
      Okumura, M., Kadokura, K. and Inaba, K.*
    • 雑誌名

      Free Rad. Biol. Med.

      巻: 83 ページ: 314-322

    • DOI

      10.1016/j.freeradbiomed.2015.02.010.

    • 査読あり
  • [雑誌論文] 新規PDIファミリータンパク質ERp46の構造と機能2015

    • 著者名/発表者名
      奥村 正樹、金村 進吾、稲葉 謙次
    • 雑誌名

      日本生物物理学会会報誌

      巻: 55 ページ: 34-36

    • 査読あり
  • [学会発表] Dynamic natures of PDI family members in catalysis of oxidative protein folding and ER associated degradation2015

    • 著者名/発表者名
      Inaba, K
    • 学会等名
      Symposium: From cytosol to ER; Translation, translocation and modification
    • 発表場所
      東北大学片平キャンパス生命科学研究科プロジェクト棟(仙台市)
    • 年月日
      2015-11-30 – 2015-11-30
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Dynamic natures of PDI family member proteins that act on nascent chains in the endoplasmic reticulum2015

    • 著者名/発表者名
      Inaba, K
    • 学会等名
      Nascent chain biology meeting
    • 発表場所
      東京大学本郷キャンパス一条ホール(東京)
    • 年月日
      2015-10-01 – 2015-10-01
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Real-time monitoring of PDI-catalyzed oxidative protein folding by high-speed atomic force microscopy2015

    • 著者名/発表者名
      奥村正樹、野井健太郎,金村進吾、増井翔史、引間孝明、秋山修志、小椋光、稲葉謙次
    • 学会等名
      第53回 生物物理学会年会
    • 発表場所
      金沢大学角間キャンパス自然科学本館(金沢市)
    • 年月日
      2015-09-13 – 2015-09-15
    • 招待講演
  • [学会発表] Dynamic natures of PDI family members in catalysis of oxidative protein folding and ER associated degradation2015

    • 著者名/発表者名
      Inaba, K
    • 学会等名
      EMBO meeting
    • 発表場所
      Birmingham, UK
    • 年月日
      2015-09-05 – 2015-09-08
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Dynamic natures of PDI family members in catalysis of oxidative protein folding and ER associated degradation2015

    • 著者名/発表者名
      Inaba, K
    • 学会等名
      Case Western Reserve University-Tohoku University joint symposium
    • 発表場所
      Cleaveland, USA
    • 年月日
      2015-07-29 – 2015-07-30
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Dual conformations of ERdj5 play a significant role in acceleration of the ER associated degradation.2015

    • 著者名/発表者名
      Inaba, K
    • 学会等名
      ER & Redox club meeting
    • 発表場所
      Venice, Italy
    • 年月日
      2015-04-15 – 2015-04-17
    • 国際学会
  • [備考] 東北大学多元物質科学研究所 生体分子構造研究分野ホームページ

    • URL

      http://www.tagen.tohoku.ac.jp/labo/inaba/

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公開日: 2017-01-06  

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