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2016 年度 実績報告書

高速AFMによる生体膜の形状に依存したタンパク質の離合集散メカニズムの解明

研究課題

研究課題/領域番号 15H04360
研究機関金沢大学

研究代表者

古寺 哲幸  金沢大学, バイオAFM先端研究センター, 准教授 (30584635)

研究期間 (年度) 2015-04-01 – 2018-03-31
キーワード生物物理 / 一分子計測(SMD) / 生体分子 / 走査プローブ顕微鏡 / タンパク質
研究実績の概要

昨年度までに開発を進めていた、サブマイクロメートルオーダーの細孔を持ったAFM基板に関して再現性よい結果が得られるようになった。具体的には、形状のそろったポリスチレンビーズをガラス基板上に撒き、それを鋳型に熱硬化型樹脂(PDMS:ポリジメチルシロキサン)の上に細穴を得るナノインプリントリソグラフィーの方法で、非常に高価な実験装置や危険な薬品を使用することなく、サブマイクロメートルオーダーの細孔を高密度に大面積に得ることができるようになった(特許出願中)。さらに、そのPDMS上にできた細孔の上に、脂質膜を貼り、サブマイクロメートルの凹凸を持った脂質膜を形成することに成功した。また、その脂質膜に親水基がビオチン化させた脂質分子を混ぜ、ストレプトアビジンを結合させることで、脂質分子の動きモニターすることができた。これにより、脂質分子は凸面では速く、凹面ではゆっくりと拡散運動することを直接的に見出すことに成功した(生物物理学会で発表)。また、FIB(Focused Ion Beam)装置を用いて、ガラス基板の上にアレイ状の細孔を形成することに関しても手法を確立した。これまで基板上の細孔が空いた場所を見つけることが困難であったが、大規模に細孔を形成することで光学顕微鏡下で細孔の位置を識別できるようになった。また、できた細孔の上に、微小管やアクチンといった繊維状タンパク質をサスペンドさせることができるようになった(生物物理学会で発表)。
これらの実績の他にもAFM走査信号とAFMの恒温観察に関する特許を出願した。また、早稲田大学の上田太郎教授との共同研究で、アクチン結合タンパク質であるミオシンIIとコフィリンが相互排他的にアクチン繊維に協同的に結合することを見出した(論文発表)。この実験のAFM観察基板には脂質二重膜を用い、本課題研究で開発したノウハウが重要な役割を果たした。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

計画していたサブマイクロメートルオーダーの細孔を持ったAFM基板の開発には、PDMSとポリスチレンビーズを用いたナノインプリントリソグラフィーの方法とFIBの方法で実用レベルまで達することができた。また、基板表面の清浄化についても、さまざまな洗浄法を試みることで大きな進展がみられた。さらに作成した凹凸を持った基板の上に脂質膜やタンパク質分子を置くことができ、脂質膜の形状に依存した脂質分子の拡散運動を見出すことに成功したことは大きな成果である。また、本課題研究で蓄積した脂質分子やAFM観察基板に関するノウハウを応用してタンパク質の機能メカニズムの理解を深められたことは大きな成果である。一方、細胞膜の形状をサブマイクロメートルオーダーで変化させるために必要な簡易的な磁気ピンセットを設計、製作し、動作の確認を行ったが、簡易的な磁気ピンセットでは基板上の磁気ビーズに十分な力を及ぼせないことが判明した。別の案を模索中である。

今後の研究の推進方策

昨年度までに、簡易的な磁気ピンセットの開発に取り組み、数十マイクロメートルの可動範囲を持ち、かつ1 nm程度の位置精度を持ったマニピュレーターの開発に成功した。しかし、磁気ビーズに力を及ぼせるか試験したところ、ビーズと基板の非特異的な吸着が強いため、磁気ピンセットによる膜形状の変形は不可能と判断した。そこで、今年度は、圧電素子を利用して、力学的に膜変形を実現できるデバイスの開発を行う。上記で実現した細胞膜の形状を変化させることができる実験系を用いて、そこで繰り広げられるタンパク質分子などの離合集散過程を高速AFMで直接的に観察する。特に、膜の材質やジオメトリー(曲率やその規模)に応じたタンパク質の振舞いに注目しながら観察を進める。昨年度までに膜形状に依存したタンパク質分子の拡散運動の違いが見られたので、その定量化を行うとともに、バクテリアの細胞分裂に関わっているMinDに関連する現象(MinCとMinEが関わる現象)や、精製した生体膜を用いて、膜の形状に依存したタンパク質分子(クラスリンやカベオリン)や脂質ラフトなどの振舞いなどを直接的に観察することを予定している。

  • 研究成果

    (27件)

すべて 2017 2016 その他

すべて 雑誌論文 (2件) (うち査読あり 2件、 オープンアクセス 2件、 謝辞記載あり 1件) 学会発表 (18件) (うち国際学会 4件、 招待講演 8件) 図書 (1件) 備考 (3件) 産業財産権 (3件)

  • [雑誌論文] Allosteric regulation by cooperative conformational changes of actin filaments drives mutually exclusive binding with cofilin and myosin2016

    • 著者名/発表者名
      Ngo, K. X., Umeki, N., Kijima, S. T., Kodera, N., Ueno, H., Furutani-Umezu, N., Nakajima, J., Noguchi, T. Q., Nagasaki, A., Tokuraku, K., Uyeda, T. Q.
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 6 ページ: 35449

    • DOI

      10.1038/srep35449

    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] High-speed atomic force microscopy reveals strongly polarized movement of clostridial collagenase along collagen fibrils2016

    • 著者名/発表者名
      Watanabe-Nakayama, T., Itami, M., Kodera, N., Ando, T., Konno, H.
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 6 ページ: 28975

    • DOI

      10.1038/Srep28975

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] High-speed AFM imaging of protein molecules in dynamic action2017

    • 著者名/発表者名
      T. Ando, T. Uchihashi, N. Kodera, D. Yamamoto
    • 学会等名
      XVIII Linz Winter Workshop
    • 発表場所
      Linz, Austria
    • 年月日
      2017-01-29 – 2017-02-01
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] High-speed AFM Observation of Membrane Pore Formation by Streptolysin O2016

    • 著者名/発表者名
      有山弘高、古寺哲幸、安藤敏夫
    • 学会等名
      第54回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      つくば国際会議場
    • 年月日
      2016-11-25 – 2016-11-27
  • [学会発表] Development of HS-AFM substrate for direct observation of interactions between proteins and lipid membrane depending on the physical shape of lipid membrane2016

    • 著者名/発表者名
      豊田貴大、山中信之介、後藤朱音、渡辺大輝、祥瑞俊介、柴田幹大、古寺哲幸、内橋貴之
    • 学会等名
      第54回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      つくば国際会議場
    • 年月日
      2016-11-25 – 2016-11-27
  • [学会発表] Paired F-type ATPase paralog in gliding machinery of Mycoplasma mobile2016

    • 著者名/発表者名
      豊永拓真、田原悠平、古寺哲幸、浜口祐、安藤敏夫、宮田真人
    • 学会等名
      第54回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      つくば国際会議場
    • 年月日
      2016-11-25 – 2016-11-27
  • [学会発表] Structural dynamics of bacterial condensin complex MukBEF studied by HS-AFM2016

    • 著者名/発表者名
      米田博紀、矢野晃一、古寺哲幸、八木健太、仁木宏典、安藤敏夫
    • 学会等名
      第54回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      つくば国際会議場
    • 年月日
      2016-11-25 – 2016-11-27
  • [学会発表] Real-time observation of cooperative binding between myosin and F-actin by fluorescence microscopy and high-speed atomic force microscopy2016

    • 著者名/発表者名
      平川利佳、上野寛朗、古寺哲幸、上田太郎、徳楽清孝
    • 学会等名
      第54回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      つくば国際会議場
    • 年月日
      2016-11-25 – 2016-11-27
  • [学会発表] Observation of S. solfataricus archaeal minichromosome maintenance (ssoMCM) protein complex by high-speed AFM2016

    • 著者名/発表者名
      能代大輔、古寺哲幸、安藤敏夫
    • 学会等名
      第54回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      つくば国際会議場
    • 年月日
      2016-11-25 – 2016-11-27
  • [学会発表] Fabrication of 3D-patterned Substrate as a Platform for HS-AFM Observation of Protein Dynamics2016

    • 著者名/発表者名
      後藤朱音、山中信之介、柴田幹大、古寺哲幸、内橋貴之
    • 学会等名
      第54回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      つくば国際会議場
    • 年月日
      2016-11-25 – 2016-11-27
  • [学会発表] High-speed atomic force microscopy visualization of the nuclear pores dynamics in cancer cells2016

    • 著者名/発表者名
      Mohamed MS、菊池洋輔、中山隆宏、田岡東、小林亜紀子、羽澤勝浩、古寺哲幸、内橋貴之、福森義宏、安藤敏夫、Wong RW
    • 学会等名
      第54回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      つくば国際会議場
    • 年月日
      2016-11-25 – 2016-11-27
  • [学会発表] High-speed AFM demonstration of cooperative structural changes in actin filaments induced by myosin subfragment-1 and possible physiological implication2016

    • 著者名/発表者名
      Kien X. Ngo, Noriyuki Kodera, Toshio Ando, Taro Q.P. Uyeda
    • 学会等名
      第54回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      つくば国際会議場
    • 年月日
      2016-11-25 – 2016-11-27
  • [学会発表] Structural changes of actin filaments induced by Rng2, and the resultant inhibition of actin movement on HMM2016

    • 著者名/発表者名
      Yuuki Hayawaka, Keiko Hirose, Masafumi D. Yamada, Kien X. Ngo, Noriyuki Kodera, Masak Takaine, Kentaro Nakano, Osamu Numata, Taro Q.P. Uyeda
    • 学会等名
      第54回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      つくば国際会議場
    • 年月日
      2016-11-25 – 2016-11-27
  • [学会発表] Structural polymorphism of actin filaments: its implication in regulation of actin binding proteins and cell motility2016

    • 著者名/発表者名
      Uyeda, T.Q.P., Ngo, K.X., Noguchi, T.Q.P., Nagasaki, A., Kodera, N., Tokuraku, K.
    • 学会等名
      第54回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      つくば国際会議場
    • 年月日
      2016-11-25 – 2016-11-27
    • 招待講演
  • [学会発表] Visualization of live proteins in action by high-speed atomic force microscopy2016

    • 著者名/発表者名
      Mikihiro Shibata, Noriyuki Kodera, Takayuki Uchihashi, Toshio Ando
    • 学会等名
      第54回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      つくば国際会議場
    • 年月日
      2016-11-25 – 2016-11-27
    • 招待講演
  • [学会発表] 高速AFMの開発とそのバイオ応用2016

    • 著者名/発表者名
      古寺哲幸、内橋貴之、安藤敏夫
    • 学会等名
      第77回応用物理学会秋季学術講演会
    • 発表場所
      朱鷺メッセ、新潟
    • 年月日
      2016-09-13 – 2016-09-16
    • 招待講演
  • [学会発表] 高速原子間力顕微鏡による生体分子のナノ動態観察2016

    • 著者名/発表者名
      古寺哲幸、内橋貴之、安藤敏夫
    • 学会等名
      PDIS測定技術交流会
    • 発表場所
      ホテルウェルシーズン浜名湖
    • 年月日
      2016-09-01 – 2016-09-01
    • 招待講演
  • [学会発表] Direct Visualization of Single Molecule Dynamics with High-Speed Atomic Force Microscopy2016

    • 著者名/発表者名
      T. Uchihashi, N. Kodera, T. Ando
    • 学会等名
      Gordon Research Conference (Single Molecule Approaches to Biology)
    • 発表場所
      The Chinese University of Hong Kong Hong Kong, China
    • 年月日
      2016-07-03 – 2016-07-08
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Functional extension of high-speed atomic force microscopy2016

    • 著者名/発表者名
      T. Ando, N. Kodera, T. Uchihashi, S. Watanabe, T. Haruyama, H. Konno
    • 学会等名
      ISPM 2016
    • 発表場所
      Grindelwald, Switzerland
    • 年月日
      2016-06-12 – 2016-06-15
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Direct observation of proteins at work by high-speed atomic force microscopy2016

    • 著者名/発表者名
      Noriyuki Kodera, Takayuki Uchihashi, Toshio Ando
    • 学会等名
      Nano In Bio 2016
    • 発表場所
      Guadeloupe, France
    • 年月日
      2016-05-31 – 2016-06-05
    • 国際学会 / 招待講演
  • [図書] 天然物の化学-魅力と展望-2016

    • 著者名/発表者名
      上村大輔、古寺哲幸、有本博一、上江田捷博、他
    • 総ページ数
      200(158-163)
    • 出版者
      東京化学同人
  • [備考] 金沢大学研究者情報(古寺哲幸)

    • URL

      http://ridb.kanazawa-u.ac.jp/public/detail.php?id=3403&page=1&search=1&keyword=%E5%8F%A4%E5%AF%BA&andor=AND&tgt1=1&tgt2=&tgt3=&tgt4=

  • [備考] 金沢大学生物物理学研究室HP

    • URL

      http://biophys.w3.kanazawa-u.ac.jp/index.htm

  • [備考] 金沢大学理工研究域バイオAFM先端研究センターHP

    • URL

      http://www.se.kanazawa-u.ac.jp/bioafm_center/index.htm

  • [産業財産権] 走査型プローブ顕微鏡2016

    • 発明者名
      内橋貴之, 柴田幹大, 古寺哲幸
    • 権利者名
      内橋貴之, 柴田幹大, 古寺哲幸
    • 産業財産権種類
      特許
    • 産業財産権番号
      2016-234584
    • 出願年月日
      2016-12-01
  • [産業財産権] 昇温ホルダおよびプローブ顕微鏡2016

    • 発明者名
      内橋貴之, 足立彗, 古寺哲幸
    • 権利者名
      内橋貴之, 足立彗, 古寺哲幸
    • 産業財産権種類
      特許
    • 産業財産権番号
      2016-233494
    • 出願年月日
      2016-11-30
  • [産業財産権] チャンバーアレイの製造方法2016

    • 発明者名
      古寺哲幸, 豊田貴大, 内橋貴之
    • 権利者名
      古寺哲幸, 豊田貴大, 内橋貴之
    • 産業財産権種類
      特許
    • 産業財産権番号
      2016-232100
    • 出願年月日
      2016-11-30

URL: 

公開日: 2018-01-16  

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