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2017 年度 実績報告書

高速AFMによる生体膜の形状に依存したタンパク質の離合集散メカニズムの解明

研究課題

研究課題/領域番号 15H04360
研究機関金沢大学

研究代表者

古寺 哲幸  金沢大学, 数物科学系, 教授 (30584635)

研究期間 (年度) 2015-04-01 – 2018-03-31
キーワード一分子イメージング / 高速AFM / 生体膜 / 膜タンパク質 / 生体分子
研究実績の概要

前年度までに、サブマイクロメートルオーダーの細孔を持ったAFMの基板を2つの方法で進めてきた。今年度はこれらの手法の高度化と作成した基板を用いた応用研究を行った。
1つ目の基板は、FIB(Focused Ion Beam)装置を用いて、ガラス基板の上に細孔を形成するというものである。基板の作成方法とガラス基板の洗浄法を確立し、応用実験を行った。たとえば、アクチン線維を細孔上に置くと、アクチン線維に変形を誘起できることがわかった。アクチン線維のらせんピッチを調べると、凸部と凹部で、らせんピッチが、それぞれ伸びたり、縮んだりすることを見いだすことに成功した。また、アクチン線維の曲げ強度をアクチンの形状をナノレベルで可視化しながら見積もることに成功した。
もう一つの基板は、形状のそろったポリスチレンビーズやシリカビーズをガラス基板上に撒き、それを鋳型に熱硬化型樹脂(PDMS:ポリジメチルシロキサン)の上に細穴を得るナノインプリントリソグラフィーの方法である。前年度までに、非常に高価な実験装置や危険な薬品を使用することなく、サブマイクロメートルオーダーの細孔を高密度に大面積に得ることができていたが、PDMSが樹脂のため、形状や硬化条件を工夫しないと、高速AFMの走査速度が下がってしまうことが判明した。今年度は、高速AFMの走査速度を落とさないPDMS基板の作成条件を検討し、現在の高速AFMのZスキャナーと同等の200 kHzの共振周波数を持つPDMS基板を作成することに成功した。また、人工脂質膜を基板上に貼り、そこで起こるタンパク質の集合・解離の様子を可視化することに成功した。
また、本課題研究を実施することによって得られた脂質膜に関する知見を応用して、国内外の研究者らと共同研究を行い、論文発表した。

現在までの達成度 (段落)

29年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

29年度が最終年度であるため、記入しない。

備考

高速AFMの開発とそのバイオ応用研究を推進してきたことが評価され、第14回日本学術振興会賞を受賞することができた。

  • 研究成果

    (26件)

すべて 2018 2017 その他

すべて 雑誌論文 (5件) (うち査読あり 5件、 オープンアクセス 4件) 学会発表 (17件) (うち国際学会 2件、 招待講演 7件) 図書 (1件) 備考 (2件) 産業財産権 (1件)

  • [雑誌論文] Negatively Charged Lipids Are Essential for Functional and Structural Switch of Human 2-Cys Peroxiredoxin II2018

    • 著者名/発表者名
      Haruyama Takamitsu、Uchihashi Takayuki、Yamada Yutaro、Kodera Noriyuki、Ando Toshio、Konno Hiroki
    • 雑誌名

      Journal of Molecular Biology

      巻: 430 ページ: 602~610

    • DOI

      10.1016/j.jmb.2017.12.020

    • 査読あり
  • [雑誌論文] High-Resolution Imaging of a Single Gliding Protofilament of Tubulins by HS-AFM2017

    • 著者名/発表者名
      Keya Jakia Jannat、Inoue Daisuke、Suzuki Yuki、Kozai Toshiya、Ishikuro Daiki、Kodera Noriyuki、Uchihashi Takayuki、Kabir Arif Md. Rashedul、Endo Masayuki、Sada Kazuki、Kakugo Akira
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 7 ページ: 6166

    • DOI

      10.1038/s41598-017-06249-1

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] High-Speed Atomic Force Microscopy Reveals Loss of Nuclear Pore Resilience as a Dying Code in Colorectal Cancer Cells2017

    • 著者名/発表者名
      Mohamed Mahmoud Shaaban、Kobayashi Akiko、Taoka Azuma、Watanabe-Nakayama Takahiro、Kikuchi Yosuke、Hazawa Masaharu、Minamoto Toshinari、Fukumori Yoshihiro、Kodera Noriyuki、Uchihashi Takayuki、Ando Toshio、Wong Richard W.
    • 雑誌名

      ACS Nano

      巻: 11 ページ: 5567~5578

    • DOI

      10.1021/acsnano.7b00906

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Real-space and real-time dynamics of CRISPR-Cas9 visualized by high-speed atomic force microscopy2017

    • 著者名/発表者名
      Shibata Mikihiro、Nishimasu Hiroshi、Kodera Noriyuki、Hirano Seiichi、Ando Toshio、Uchihashi Takayuki、Nureki Osamu
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 8 ページ: 1430

    • DOI

      10.1038/s41467-017-01466-8

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Na+-induced structural transition of MotPS for stator assembly of the Bacillus flagellar motor2017

    • 著者名/発表者名
      Terahara Naoya、Kodera Noriyuki、Uchihashi Takayuki、Ando Toshio、Namba Keiichi、Minamino Tohru
    • 雑誌名

      Science Advances

      巻: 3 ページ: eaao4119

    • DOI

      10.1126/sciadv.aao4119

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] Structural study on Trigger Factor chaperone: Substrate recognition and foldase activity2017

    • 著者名/発表者名
      Tomohide Saio, Noriyuki Kodera, Charalampos G Kalodimos, Koichiro Ishimori
    • 学会等名
      International Symposium on Protein Quality Control
    • 国際学会
  • [学会発表] HS-AFM Observations of Protein Dynamics on 3D-patterned Substrate2017

    • 著者名/発表者名
      Akane Goto, Mikihiro Shibata, Ayumi Sumino, Noriyuki Kodera
    • 学会等名
      第55回日本生物物理学会年会
  • [学会発表] Physical heterogeneity of bacterial membrane vesicles revealed by high-speed AFM2017

    • 著者名/発表者名
      Yousuke Kikuchi, Tatunori Kiyokawa, Kana Morinaga, Yuuma Susa, Yasuda Marina, Hibiki Okuwaki, Ryukou Souma, Nozomu Obana, Masanori Toyohuku, Nobuhiko Nomura, Noriyuki Kodera, Toshio Ando, Yoshihiro Fukumori, Azuma Taoka
    • 学会等名
      第55回日本生物物理学会年会
  • [学会発表] Two-dimensional crystals of tamavidin 2 for a quick and easy method of immobilization of biotinylated biomolecules2017

    • 著者名/発表者名
      Daisuke Noshiro, Noriyuki Kodera, Toshio Ando
    • 学会等名
      第55回日本生物物理学会年会
  • [学会発表] Direct observation of proteins-lipid membrane interactions depending on the physical shape of lipid membrane by high-speed AFM2017

    • 著者名/発表者名
      Takahiro Toyoda, Akane Goto, Ayumi Sumino, Mikihiro Shibata, Noriyuki Kodera
    • 学会等名
      第55回日本生物物理学会年会
  • [学会発表] Loss of Nuclear Pore Selective Barrier Revealed by High-Speed Atomic Force Microscopy in Colorectal Cancer Cells2017

    • 著者名/発表者名
      Mahmoud Shaaban Mohamed, Akiko Kobayashi, Azuma Taoka, Takahiro Watanabe-Nakayama, Yosuke Kikuchi, Masaharu Hazawa, Toshinari Minamoto, Yoshihiro Fukumori, Noriyuki Kodera, Takayuki Uchihashi, Toshio Ando, Richard Wong
    • 学会等名
      第55回日本生物物理学会年会
  • [学会発表] Structural dynamics of the intrinsically disordered protein CAMP revealed by high-speed AFM2017

    • 著者名/発表者名
      Tomoyuki Narita, Masanori Ikeda, Kozo Tanaka, Noriyuki Kodera
    • 学会等名
      第55回日本生物物理学会年会
  • [学会発表] High speed AFM imaging of structural changes in actin filaments bound tropomyosin-troponin in presence of myosin S1 and ATP2017

    • 著者名/発表者名
      Kien Xuan Ngo, Taro QP Uyeda, Noriyuki Kodera
    • 学会等名
      第55回日本生物物理学会年会
  • [学会発表] Real time observation of Trigger Factor assisted protein folding using high-speed atomic force microscope2017

    • 著者名/発表者名
      Taiji Namba, Tomohide Saio, Koichiro Ishimori, Noriyuki Kodera
    • 学会等名
      第55回日本生物物理学会年会
  • [学会発表] Real-time imaging of Na+-induced structural transitions of MotPS stator complex of flagellar motor by HS-AFM2017

    • 著者名/発表者名
      Naoya Terahara, Noriyuki Kodera, Takayuki Uchihashi, Toshio Ando, Keiichi Namba, Tohru Minamino
    • 学会等名
      第55回日本生物物理学会年会
  • [学会発表] Structural dynamics analysis of intrinsically disordered proteins by high-speed AFM2017

    • 著者名/発表者名
      Noriyuki Kodera, Daisuke Noshiro, Sujit Dora, Toshio Ando
    • 学会等名
      第55回日本生物物理学会年会
    • 招待講演
  • [学会発表] High-Speed AFM Observation of Domain Flexibility Related to Enzymatic Function of CRISPR-Cas92017

    • 著者名/発表者名
      Takayuki Uchihashi, Mikihiro Shibata, Hiroshi Nishimasu, Noriyuki Kodera, Seiichi Hirano, Toshio Ando, Osamu Nureki
    • 学会等名
      第55回日本生物物理学会年会
    • 招待講演
  • [学会発表] 高速AFMによる生体分子の動態観察2017

    • 著者名/発表者名
      古寺哲幸、安藤敏夫
    • 学会等名
      平成29年金沢大学十全医学会学術集会
    • 招待講演
  • [学会発表] 天然変性タンパク質CAMPを含む複合体の機能解析2017

    • 著者名/発表者名
      田中耕三、池田真教、藤田拡樹、古寺哲幸、安藤敏夫、家村顕自、永井正義
    • 学会等名
      第17回日本蛋白質科学会年会
    • 招待講演
  • [学会発表] 高速AFMによる生体分子のビデオ観察2017

    • 著者名/発表者名
      古寺哲幸
    • 学会等名
      第 31 回分子シミュレーション討論会
    • 招待講演
  • [学会発表] 高速 AFM による生体分子の形状と動きの同時観察2017

    • 著者名/発表者名
      古寺哲幸
    • 学会等名
      第1271回ウイルス・再生医科学研究所セミナ
    • 招待講演
  • [学会発表] New insight into the functional switching of 2-Cys Preoxiredoxin revealed by high-speed atomic force microscopy2017

    • 著者名/発表者名
      Hiroki Konno, Takamitsu Haruyama, Takayuki Uchihashi, Yutaro Yamada, Noriyuki Kodera, Toshio Ando
    • 学会等名
      Annual Biotechnology Congress
    • 国際学会 / 招待講演
  • [図書] The Role of Water in ATP Hydrolysis Energy Transduction by Protein Machinery2018

    • 著者名/発表者名
      Uyeda, Taro Q. P. Ngo, Kien Xuan Kodera, Noriyuki Tokuraku, Kiyotaka
    • 総ページ数
      157-177
    • 出版者
      Springer Singapore
  • [備考] はかる 第3回

    • URL

      https://www.jst.go.jp/pr/jst-news/pdf/2017_08/2017_08_p12-13.pdf

  • [備考] 米德大輔教授,古寺哲幸准教授が第14回日本学術振興会賞を受賞

    • URL

      https://www.kanazawa-u.ac.jp/rd/53399

  • [産業財産権] 高速原子間力顕微鏡による細胞小器官の観察のための試料調製方法2018

    • 発明者名
      Richard Wongら(古寺哲幸12人中11番目)
    • 権利者名
      Richard Wongら(古寺哲幸12人中11番目)
    • 産業財産権種類
      特許
    • 産業財産権番号
      特願2017-223106号

URL: 

公開日: 2018-12-17  

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