| 研究課題/領域番号 |
15H04413
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| 研究機関 | 金沢大学 |
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研究代表者 |
西山 智明 金沢大学, 学際科学実験センター, 助教 (50390688)
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| 研究分担者 |
土金 勇樹 日本女子大学, 理学部, 助教 (20434152)
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| 研究期間 (年度) |
2015-04-01 – 2020-03-31
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| キーワード | Mesostigma / 単一分子シーケンサー |
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| 研究実績の概要 |
Mesostigma viride NIES-475株についてIlluminaシーケンスの解析で十分にアセンブリーが伸びなかった。また、この解析の過程で、得られている配列にリケッチャー様の配列が多い事がわかった。このため、細胞分画によってMesostigma本体の核を集めることおよび、個々のシークエンス長が長い単一分子シーケンサーの利用を試みることとした。細胞分画でリケッチャーを除くことは十分にはできなかったが、オックスフォード・ナノポア社のMinIONによるシーケンシングを行った。2通りのシーケンシングキットを用いて1フローセルずつ解読し、ligation kit で312 Mb (N50 12.3 kb, 最長92 kb), rapid kitで155 Mb (N50 13.2 kb, 最長82.5 kb)の配列が得られた。この量は大体1Xゲノムのオーダーであり、数十Xは欲しいという前提のもと、得られるリード長は長いものの、DNA量に対して得られるリードの量が不足すると評価した。
Chlorokybus NIES-160株およびColeochaete UTEX 2567 及び1261株の培養を開始した。
アオミドロについて兵庫県立大学池谷仁里博士より培養株を分与いただき培養を開始した。
コレオケーテについては、既存培養株が生殖器をつけるかどうかわからないので、シャジクモ藻綱藻類新規株を千葉県印旛沼を中心とした淡水から探索し、水田の土から円盤状の藻体を形成するものを発見した。また、60株の単細胞藻のクローン化を行い、18S rRNA遺伝子のシーケンス解析と形態観察から接合藻類のミカヅキモ属と同定した20系統の確立・維持に成功している。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
3: やや遅れている
理由
Mesostigma virideのゲノムサイズはそれほど大きくないので順調なアセンブリーが期待されたが、リケッチャーのDNAの割合が大きいことは想定外であった。
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| 今後の研究の推進方策 |
MinIONのリード長は良いが、リード量を増やすのが難しいので、Mesostigma virideについてナノポアの次に長い配列が得られ、期待されるデータ量が多いPacificBiosiences社 Sequelによるシーケンシングを行い、データを取得する。
Chlorokybus, Coleochaete, アオミドロについてゲノムDNAを抽出し、サーベイシーケンシングを行い、解読の方法を検討する。
新規円盤状藻類株について、コレオケーテであるかを18S rRNA遺伝子のシーケンシングによって確認する。
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