| 研究課題/領域番号 |
15H04413
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| 研究機関 | 金沢大学 |
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研究代表者 |
西山 智明 金沢大学, 学際科学実験センター, 助教 (50390688)
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| 研究分担者 |
土金 勇樹 日本女子大学, 理学部, 助教 (20434152)
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| 研究期間 (年度) |
2015-04-01 – 2020-03-31
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| キーワード | ゲノム |
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| 研究実績の概要 |
シャジクモのゲノムとクレブソルミディウム、陸上植物等のゲノムを比較し、エチレン関連のシグナル伝達因子などがシャジクモ類と陸上植物の共通祖先がクレブソルミディウム類と分岐して行こうに揃ったと推定されること、シャジクモ類で独自に遺伝子重複による遺伝子の増加があったことなどを取りまとめ論文として出版した。
メソスティグマNIES-475について、単一分子シーケンサーSequelによる配列を解析し、細胞内に共存するリケッチャー様バクテリアのゲノムについては染色体レベルで高精度のアセンブリーを得たが、核ゲノムについては十分な厚みに達していないと判断し、核ゲノムについても厚みが得られると期待される10X Genomicsによるlinked readのデータを取得した。
クロロキブスNIES-160について、単一分子シーケンサーSequelによる配列を解析し222 Contigs (N50: 857 kb), 全長85Mbと相当接続性の高いのアセンブリーを得た。SRAに登録されている別系統(SAG34.98)のクロロキブスのRNA-seqデータをマッピングしたところ、マップ率が低く、クロロキブス類内でも大幅に配列が異なっていることがわかった。このため、アノテーションにあたっては、NIES-160自身のRNA-seqデータを得て進める必要があると
コレオケーテについてゲッティンゲン大学藻類カルチャーコレクション(SAG)から各株を取り寄せ、培養条件の検討を行い、遊走子が得られる条件が見つかった。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
2: おおむね順調に進展している
理由
シャジクモのゲノムとクレブソルミディウム、陸上植物等のゲノムを比較した論文をとりまとめ出版したし、ストレプトファイツ類の基部で最初に分岐した、メソスティグマ、クロロキブスに着いてもゲノム解読ができる目処がたっている。
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| 今後の研究の推進方策 |
メソスティグマの10X genomicsのデータから共存バクテリアの配列を選択的に除いてからアセンブリーを試みる。
メソスティグマ、クロロキブスについてRNA-seq解析を行い、全ゲノムのアノテーションを行う。
さらに系統間のゲノム比較を進める。
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