研究課題
(1)解析集団の作成とDNA抽出：サツマイモ品種「徐薯18号」を柱頭親、野生種「K123-11」を花粉親とした交配を実施し、110個体の種子を得た。そのうち２個体が不発芽だったため、合計108個体の集団を得た。(2)遺伝子型解析と従来法による連鎖地図作成：「K123-11」と「徐薯18号」のF1集団について、RAD-Seq解析を実施し二倍体野生種（Ipomoea trifida）のゲノム配列を参照配列として合計156,991のSNPsを得た。フィルタリングを実施し、全検体合計でReference:Altanativeリード比が1:5もしくは5:1に分離するSNPsのみを用いて従来法で連鎖地図作成を試みた。また、２倍体野生種ゲノム配列上でSNPs位置を特定したところ15染色体上に合計21,108のSNPsを座上することができた。得られたSNPsのうち17,713 SNPsを用いて共同研究を実施している岡山大学で塊根の皮色に関するGWAS解析を実施したところ、着色に関わるゲノム領域を推定できた。(3)解析法の開発：マーカー間の連鎖不平衡の程度に基づいた連鎖地図（連鎖不平衡ブロックの階層構造）作成用のソフトウェアの開発を進め、カイ二乗値に基づく全マーカー間の連鎖不平衡を評価する指標を算出し、その結果に基づいてマーカー間の遺伝学的な位置関係（LDブロック）の階層構造を再構築するプログラムを作成した。作成したプログラムにより、複数のクラスタリング手法でイチゴのSSRマーカー遺伝子型を用いて連鎖群の同定を試みた。マーカーが座上するサブゲノムの区別にはWard法によるクラスタリングが最も適していると考えられたが、Minor allele frequencyの処理にさらなる検討が必要だと考えられた。
29年度が最終年度であるため、記入しない。
すべて 2017
すべて 雑誌論文 (1件) (うち国際共著 1件、 査読あり 1件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (5件) (うち国際学会 3件、 招待講演 4件)
BMC Genomics
巻: 18 ページ: 374
10.1186/s12864-017-3762-y
