縦断的エクソン全領域関連解析による生活習慣病の個別化予防システムの開発

2015 年度 実績報告書

• 研究課題/領域番号: 15H04772
• 研究機関: 三重大学
• 研究代表者: 山田 芳司 三重大学, 生命科学研究支援センター, 教授 (90333286)
• 研究期間 (年度): 2015-04-01 – 2018-03-31
• キーワード: エクソン全領域関連解析 / 個別化予防 / 高血圧 / 2型糖尿病 / 脂質異常症 / 慢性腎臓病 / 肥満 / メタボリックシンドローム

研究実績の概要

本研究の目的は、一般住民6048名においてエクソームアレイを用いた縦断的エクソン全領域関連解析を行なうことにより6種類の生活習慣病（高血圧・2型糖尿病・脂質異常症・慢性腎臓病・肥満・メタボリックシンドローム）の発症に関連する「効果の大きい新規の機能的一塩基多型群（SNPs）」を同定することにある。これらのSNPs情報に加え、年齢、性別、臨床情報、生活習慣（食事・運動・喫煙・飲酒・ストレスなど）情報を加えた個別化予防システムを開発することにより、中高年者の健康維持・健康長寿・生活の質の向上・ねたきり防止に貢献することが本研究の最終目標である。
平成27年度は、高血圧、2型糖尿病、脂質異常症（高中性脂肪血症・低HDLコレステロール血症・高LDLコレステロール血症）、慢性腎臓病、肥満、メタボリックシンドームについて、いなべ健康長寿研究の縦断的疫学データベースの整備を行った。また、ゲノムDNA 4526検体について、エクソームアレイ（HumanExome-12 v1.2 DNA Analysis BeadChip、イルミナ社）およびマイクロアレイスキャナー（iScan、イルミナ社）を用いてInfinium genotyping法によりSNPs解析を行なった。得られたSNPsデータについては厳密なクオリティーコントロールを以下の手順で行った。（i）Genotypeデータのcall rateを算出し、call rate < 97%のサンプルは除外した。（ii）Gender specificationをチェックし、不一致のサンプルを除外した。（iii）Cryptic relatednessをチェックし、identity by descent > 0.185のペアは一方のサンプルを除外した。（iv）Heterozygosityを算出し、mean ± 3SDからはずれたサンプルを除外した。

現在までの達成度 (区分)

1: 当初の計画以上に進展している

理由

エクソームアレイによるDNAサンプルの解析は、予定より約1500検体多く解析した。さらに解析したデータについても、call rateが99.9%とクオリティーが高く、除外データが極めて少なかった。縦断的疫学データの整備も完了した。研究計画としては、6ヶ月程度前倒しで進んでいる。

今後の研究の推進方策

残りの1522検体についてエクソームアレイを用いた解析を行い、平成27年度に解析した4526検体と合わせて合計6048検体のエクソームアレイ解析を完了する。 平成28年度後半以降は、得られたSNPsデータおよび背景・臨床情報を用いて、6種類の生活習慣病についてエクソン全領域関連解析を行ない、それぞれの生活習慣病の発症に強く関連する遺伝子およびSNPsを同定する。さらに、これらのSNPs情報に加え、年齢、性別、臨床情報、生活習慣（食事・運動・喫煙・飲酒・ストレスなど）情報を加えた個別化予防システムを開発する。

研究成果

• [雑誌論文] Association of genetic variants with atrial fibrillation (2016)
  • 著者名/発表者名: Yuichiro Yamase, Kimihiko Kato, Hideki Horibe, Chikara Ueyama, Tetsuo Fujimaki, Mitsutoshi Oguri, Masazumi Arai, Sachiro Watanabe, Toyoaki Murohara, Yoshiji Yamada
  • 雑誌名: Biomed Rep 巻: 4 ページ: 178-182
  • DOI: 10.3892/br.2015.551
  • 査読あり / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Association of a transcription factor 21 gene polymorphism with hypertension (2015)
  • 著者名/発表者名: Tetsuo Fujimaki, Mitsutoshi Oguri, Hideki Horibe, Kimihiko Kato, Reiko Matsuoka, Shintaro Abe, Fumitaka Tokoro, Masazumi Arai, Toshiyuki Noda, Sachiro Watanabe, Yoshiji Yamada
  • 雑誌名: Biomed Rep 巻: 3 ページ: 118-122
  • DOI: 10.3892/br.2014.371
  • 査読あり / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Association of a genetic variant of the ZPR1 zinc finger gene with type 2 diabetes mellitus (2015)
  • 著者名/発表者名: Fumitaka Tokoro, Reiko Matsuoka, Shintaro Abe, Masazumi Arai, Toshiyuki Noda, Sachiro Watanabe, Hideki Horibe, Tetsuo Fujimaki, Mitsutoshi Oguri, Kimihiko Kato, Shinya Minatoguchi, Yoshiji Yamada
  • 雑誌名: Biomed Rep 巻: 3 ページ: 88-92
  • DOI: 10.3892/br.2014.379
  • 査読あり / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Association of six genetic variants with myocardial infarction (2015)
  • 著者名/発表者名: Reiko Matsuoka, Shintaro Abe, Fumitaka Tokoro, Masazumi Arai, Toshiyuki Noda, Sachiro Watanabe, Hideki Horibe, Tetsuo Fujimaki, Mitsutoshi Oguri, Kimihiko Kato, Shinya Minatoguchi, Yoshiji Yamada
  • 雑誌名: Int J Mol Med 巻: 35 ページ: 1451-1459
  • DOI: 10.3892/ijmm.2015.2115
  • 査読あり / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Association of genetic variants with dyslipidemia (2015)
  • 著者名/発表者名: Shintaro Abe, Fumitaka Tokoro, Reiko Matsuoka, Masazumi Arai, Toshiyuki Noda, Sachiro Watanabe, Hideki Horibe, Tetsuo Fujimaki, Mitsutoshi Oguri, Kimihiko Kato, Shinya Minatoguchi, Yoshiji Yamada
  • 雑誌名: Mol Med Rep 巻: 12 ページ: 5429-5436
  • DOI: 10.3892/mmr.2015.4081
  • 査読あり / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Association of a polymorphism of the interleukin 6 receptor gene with chronic kidney disease in Japanese individuals (2015)
  • 著者名/発表者名: Hideki Horibe, Tetsuo Fujimaki, Mitsutoshi Oguri, Kimihiko Kato, Reiko Matsuoka, Shintaro Abe, Fumitaka Tokoro, Masazumi Arai, Toshiyuki Noda, Sachiro Watanabe, Yoshiji Yamada
  • 雑誌名: Nephrology 巻: 20 ページ: 273-278
  • DOI: 10.1111/nep.12381
  • 査読あり / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Association of genetic variants with hypertension in a longitudinal population-based genetic epidemiological study (2015)
  • 著者名/発表者名: Yoshiji Yamada, Kota Matsui, Ichiro Takeuchi, Mitsutoshi Oguri, Tetsuo Fujimaki
  • 雑誌名: Int J Mol Med 巻: 35 ページ: 1189-1198
  • DOI: 10.3892/ijmm.2015.2151
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Association of genetic variants of the alpha-kinase 1 gene with type 2 diabetes mellitus in a longitudinal population-based genetic epidemiological study (2015)
  • 著者名/発表者名: Yoshiji Yamada, Kota Matsui, Ichiro Takeuchi, Mitsutoshi Oguri, Tetsuo Fujimaki
  • 雑誌名: Biomed Rep 巻: 3 ページ: 347-354
  • DOI: 0.3892/br.2015.439
  • 査読あり / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Association of genetic variants with coronary artery disease and ischemic stroke in a longitudinal population-based genetic epidemiological study (2015)
  • 著者名/発表者名: Yoshiji Yamada, Kota Matsui, Ichiro Takeuchi, Tetsuo Fujimaki
  • 雑誌名: Biomed Rep 巻: 3 ページ: 413-419
  • DOI: 10.3892/br.2015.440
  • 査読あり / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Association of genetic variants with dyslipidemia and chronic kidney disease in a longitudinal population-based genetic epidemiological study (2015)
  • 著者名/発表者名: Yoshiji Yamada, Kota Matsui, Ichiro Takeuchi, Tetsuo Fujimaki
  • 雑誌名: Int J Mol Med 巻: 35 ページ: 1290-1300
  • DOI: 10.3892/ijmm.2015.2152
  • 査読あり / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Association of polymorphisms of TOMM40 and SLC22A4 with ischemic stroke (2015)
  • 著者名/発表者名: Yuichiro Yamase, Hideki Horibe, Chikara Ueyama, Tetsuo Fujimaki, Mitsutoshi Oguri, Kimihiko Kato, Masazumi Arai, Sachiro Watanabe, Yoshiji Yamada
  • 雑誌名: Biomed Rep 巻: 3 ページ: 491-498
  • DOI: 10.3892/br.2015.457
  • 査読あり / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Association of polymorphisms of FURIN and ZPR1 with metabolic syndrome (2015)
  • 著者名/発表者名: Chikara Ueyama, Hideki Horibe, Yuichiro Yamase, Tetsuo Fujimaki, Mitsutoshi Oguri, Kimihiko Kato, Masazumi Arai, Sachiro Watanabe, Toyoaki Murohara, Yoshiji Yamada
  • 雑誌名: Biomed Rep 巻: 3 ページ: 641-647
  • DOI: 10.3892/br.2015.484
  • 査読あり / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Age-related changes in clinical parameters and their relations to common complex diseases (2015)
  • 著者名/発表者名: Yoshiko Murakata, Tetsuo Fujimaki, Yoshiji Yamada
  • 雑誌名: Biomed Rep 巻: 3 ページ: 767-777
  • DOI: 10.3892/br.2015.505
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Privacy-preserving genome-wide association studies on cloud environment using fully homomorphic encryption (2015)
  • 著者名/発表者名: Wen-jie Lu, Yoshiji Yamada, Jun Sakuma
  • 雑誌名: BMC Med Inform Decis Mak 巻: 15(Suppl 5) ページ: S1
  • DOI: 10.1186/1472-6947-15-S5-S1
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Molecular genetics of coronary artery disease and ischemic stroke (2015)
  • 著者名/発表者名: Yoshiji Yamada
  • 雑誌名: Personalized Medicine Universe 巻: 4 ページ: 4-12
  • DOI: 10.1016/j.pmu.2015.03.002
  • 査読あり
• [雑誌論文] 生活習慣が肥満・高血圧・2型糖尿病・脂質異常症に及ぼす影響：いなべ健康長寿研究のアンケート調査による検討 (2015)
  • 著者名/発表者名: 村方好子、藤巻哲夫、山田芳司
  • 雑誌名: 臨床と研究 巻: 92 ページ: 615-624
  • 査読あり
• [学会発表] Association of genetic variants of the alpha-kinase 1 gene with type 2 diabetes mellitus in a longitudinal population-based genetic epidemiological study (2016)
  • 著者名/発表者名: Mitsutoshi Oguri, Tetsuo Fujimaki, Hideki Horibe, Kimihiko Kato, Toyoaki Murohara, Yoshiji Yamada
  • 学会等名: 第80回日本循環器学会学術集会
  • 発表場所: 仙台国際センター（宮城県・仙台市）
  • 年月日: 2016-03-18 – 2016-03-20
• [学会発表] Association of body mass index with clinical parameters and conditions in a longitudinal population-based epidemiological study (2016)
  • 著者名/発表者名: Mitsutoshi Oguri, Tetsuo Fujimaki, Hideki Horibe, Kimihiko Kato, Toyoaki Murohara, Yoshiji Yamada
  • 学会等名: 第80回日本循環器学会学術集会
  • 発表場所: 仙台国際センター（宮城県・仙台市）
  • 年月日: 2016-03-18 – 2016-03-20
• [学会発表] Association of renal function with clinical parameters and conditions in a longitudinal population-based epidemiological study (2016)
  • 著者名/発表者名: Takuya Sumi, Mitsutoshi Oguri, Tetsuo Fujimaki, Hideki Horibe, Kimihiko Kato, Toyoaki Murohara, Yoshiji Yamada
  • 学会等名: 第80回日本循環器学会学術集会
  • 発表場所: 仙台国際センター（宮城県・仙台市）
  • 年月日: 2016-03-18 – 2016-03-20
• [学会発表] Association of genetic variants with hypertension in a longitudinal population-based genetic epidemiological study (2016)
  • 著者名/発表者名: Takuya Sumi, Mitsutoshi Oguri, Tetsuo Fujimaki, Hideki Horibe, Kimihiko Kato, Toyoaki Murohara, Yoshiji Yamada
  • 学会等名: 第80回日本循環器学会学術集会
  • 発表場所: 仙台国際センター（宮城県・仙台市）
  • 年月日: 2016-03-18 – 2016-03-20
• [学会発表] Association of genetic variants with dyslipidemia and chronic kidney disease in a longitudinal population-based genetic epidemiological study (2016)
  • 著者名/発表者名: Tetsuo Fujimaki, Mitsutoshi Oguri, Hideki Horibe, Kimihiko Kato, Nobuyuki Ohte, Yoshiji Yamada
  • 学会等名: 第80回日本循環器学会学術集会
  • 発表場所: 仙台国際センター（宮城県・仙台市）
  • 年月日: 2016-03-18 – 2016-03-20
• [学会発表] Association of genetic variants with coronary artery disease and ischemic stroke in a longitudinal population-based genetic epidemiological study (2016)
  • 著者名/発表者名: Tetsuo Fujimaki, Mitsutoshi Oguri, Hideki Horibe, Kimihiko Kato, Nobuyuki Ohte, Yoshiji Yamada
  • 学会等名: 第80回日本循環器学会学術集会
  • 発表場所: 仙台国際センター（宮城県・仙台市）
  • 年月日: 2016-03-18 – 2016-03-20
• [学会発表] The association of serum uric acid level with the prevalence of atrial fibrillation in Japanese individuals (2016)
  • 著者名/発表者名: Yuichiro Yamase, Chikara Ueyama, Hideki Horibe, Tetsuo Fujimaki, Mitsutoshi Oguri, Kimihiko Kato, Toyoaki Murohara, Yoshiji Yamada
  • 学会等名: 第80回日本循環器学会学術集会
  • 発表場所: 仙台国際センター（宮城県・仙台市）
  • 年月日: 2016-03-18 – 2016-03-20
• [学会発表] Association of genetic variants with atrial fibrillation in Japanese individuals (2015)
  • 著者名/発表者名: Kimihiko Kato, Tetsuo Fujimaki, Mitsutoshi Oguri, Hideki Horibe, Masazumi Arai, Toshiyuki Noda, Sachiro Watanabe, Toyoaki Murohara, Yoshiji Yamada
  • 学会等名: European Society of Cardiology Congress 2015
  • 発表場所: London, United Kingdom
  • 年月日: 2015-08-29 – 2015-09-02
  • 国際学会
• [学会発表] Association of polymorphisms of FURIN and ZPR1 with metabolic syndrome in Japanese individuals (2015)
  • 著者名/発表者名: Hideki Horibe, Chikara Ueyama, Yuichiro Yamase, Tetsuo Fujimaki, Mitsutoshi Oguri, Kimihiko Kato, Masazumi Arai, Sachiro Watanabe, Toyoaki Murohara, Yoshiji Yamada
  • 学会等名: European Society of Cardiology Congress 2015
  • 発表場所: London, United Kingdom
  • 年月日: 2015-08-29 – 2015-09-02
  • 国際学会
• [学会発表] Association of polymorphisms of TOMM40 and SLC22A4 with ischemic stroke (2015)
  • 著者名/発表者名: Hideki Horibe, Yuichiro Yamase, Chikara Ueyama, Tetsuo Fujimaki, Mitsutoshi Oguri, Kimihiko Kato, Masazumi Arai, Sachiro Watanabe, Toyoaki Murohara, Yoshiji Yamada
  • 学会等名: European Society of Cardiology Congress 2015
  • 発表場所: London, United Kingdom
  • 年月日: 2015-08-29 – 2015-09-02
  • 国際学会
• [学会発表] Association of genetic variants of the alpha-kinase 1 gene with type 2 diabetes mellitus in a longitudinal population-based genetic epidemiological study (2015)
  • 著者名/発表者名: Mitsutoshi Oguri, Tetsuo Fujimaki, Hideki Horibe, Kimihiko Kato, Toyoaki Murohara, Kota Matsui, Ichiro Takeuchi, Yoshiji Yamada
  • 学会等名: European Society of Cardiology Congress 2015
  • 発表場所: London, United Kingdom
  • 年月日: 2015-08-29 – 2015-09-02
  • 国際学会
• [学会発表] Association of genetic variants with atrial fibrillation in Japanese individuals (2015)
  • 著者名/発表者名: Kimihiko Kato, Tetsuo Fujimaki, Tetsuro Yoshida, Mitsutoshi Oguri, Takeshi Hibino, Hideki Horibe, Kiyoshi Yokoi, Toyoaki Murohara, Yoshiji Yamada
  • 学会等名: 第79回日本循環器学会学術集会
  • 発表場所: 大阪国際会議場（大阪府・大阪市）
  • 年月日: 2015-04-24 – 2015-04-26
• [学会発表] Association of a polymorphism of the butyrophilin, subfamily 2, member A1 gene (BTN2A1) with hypertension in community-dwelling individuals (2015)
  • 著者名/発表者名: Tetsuo Fujimaki, Yoshiji Yamada
  • 学会等名: 第79回日本循環器学会学術集会
  • 発表場所: 大阪国際会議場（大阪府・大阪市）
  • 年月日: 2015-04-24 – 2015-04-26
• [学会発表] Association of a polymorphism of the transcription factor 21 gene (TCF21) with hypertension in Japanese individuals (2015)
  • 著者名/発表者名: Tetsuo Fujimaki, Mitsutoshi Oguri, Hideki Horibe, Kimihiko Kato, Reiko Matsuoka, Shintaro Abe, Fumitaka Tokoro, Masazumi Arai, Toshiyuki Noda, Sachiro Watanabe, Yoshiji Yamada
  • 学会等名: 第79回日本循環器学会学術集会
  • 発表場所: 大阪国際会議場（大阪府・大阪市）
  • 年月日: 2015-04-24 – 2015-04-26
• [学会発表] Association of six genetic variants with myocardial infarction in Japanese individuals (2015)
  • 著者名/発表者名: Reiko Matsuoka, Shintaro Abe, Fumitaka Tokoro, Masazumi Arai, Toshiyuki Noda, Sachiro Watanabe, Tetsuo Fujimaki, Mitsutoshi Oguri, Kimihiko Kato, Yoshiji Yamada
  • 学会等名: 第79回日本循環器学会学術集会
  • 発表場所: 大阪国際会議場（大阪府・大阪市）
  • 年月日: 2015-04-24 – 2015-04-26
• [学会発表] Clinical significance of a polymorphism of CDKN2B-AS1 in the pathogenetic factors triggering myocardial infarction (2015)
  • 著者名/発表者名: Reiko Matsuoka, Shintaro Abe, Fumitaka Tokoro, Masazumi Arai, Toshiyuki Noda, Sachiro Watanabe, Tetsuo Fujimaki, Mitsutoshi Oguri, Kimihiko Kato, Yoshiji Yamada
  • 学会等名: 第79回日本循環器学会学術集会
  • 発表場所: 大阪国際会議場（大阪府・大阪市）
  • 年月日: 2015-04-24 – 2015-04-26
• [学会発表] Association of a polymorphism of the zinc finger protein 259 gene (ZNF259) with dislipidemia in Japanese individuals (2015)
  • 著者名/発表者名: Shintaro Abe, Fumitaka Tokoro, Reiko Matsuoka, Masazumi Arai, Toshiyuki Noda, Sachiro Watanabe, Tetsuo Fujimaki, Mitsutoshi Oguri, Kimihiko Kato, Yoshiji Yamada
  • 学会等名: 第79回日本循環器学会学術集会
  • 発表場所: 大阪国際会議場（大阪府・大阪市）
  • 年月日: 2015-04-24 – 2015-04-26
• [学会発表] Association of a polymorphism of IL6R with chronic kidney disease in Japanese individuals (2015)
  • 著者名/発表者名: Hideki Horibe, Chikara Ueyama, Yuichiro Yamase, Kiyoshi Yokoi, Tetsuo Fujimaki, Mitsutoshi Oguri, Kimihiko Kato, Reiko Matsuoka, Shintaro Abe, Fumitaka Tokoro, Masazumi Arai, Toshiyuki Noda, Sachiro Watanabe, Yoshiji Yamada
  • 学会等名: 第79回日本循環器学会学術集会
  • 発表場所: 大阪国際会議場（大阪府・大阪市）
  • 年月日: 2015-04-24 – 2015-04-26
• [学会発表] Association of polymorphisms of FURIN and ZPR1 with metabolic syndrome in Japanese individuals (2015)
  • 著者名/発表者名: Chikara Ueyama, Hideki Horibe, Yuichiro Yamase, Kiyoshi Yokoi, Tetsuo Fujimaki, Mitsutoshi Oguri, Kimihiko Kato, Reiko Matsuoka, Shintaro Abe, Fumitaka Tokoro, Masazumi Arai, Toshiyuki Noda, Sachiro Watanabe, Yoshiji Yamada
  • 学会等名: 第79回日本循環器学会学術集会
  • 発表場所: 大阪国際会議場（大阪府・大阪市）
  • 年月日: 2015-04-24 – 2015-04-26
• [学会発表] Association of polymorphisms of TOMM40 and SLC22A4 with cerebral infarction (2015)
  • 著者名/発表者名: Yuichiro Yamase, Hideki Horibe, Chikara Ueyama, Kiyoshi Yokoi, Tetsuo Fujimaki, Mitsutoshi Oguri, Kimihiko Kato, Reiko Matsuoka, Shintaro Abe, Fumitaka Tokoro, Masazumi Arai, Toshiyuki Noda, Sachiro Watanabe, Yoshiji Yamada
  • 学会等名: 第79回日本循環器学会学術集会
  • 発表場所: 大阪国際会議場（大阪府・大阪市）
  • 年月日: 2015-04-24 – 2015-04-26
• [図書] 新・血栓止血血管学―検査と診療 (2015)
  • 著者名/発表者名: 山田芳司
  • 総ページ数: 208
  • 出版者: 金芳堂
• [図書] Genomic Medicine: Priciple and Practice (2015)
  • 著者名/発表者名: Yoshiji Yamada
  • 総ページ数: 814
  • 出版者: Oxford University Press
• [備考] 三重大学生命科学研究支援センターヒト機能ゲノミクス部門
  • URL: http://www.lsrc.mie-u.ac.jp/human/
• [備考] 三重大学疾患ゲノム研究センター
  • URL: http://www.mie-u.ac.jp/research/intro/ct0002-00.html
• [備考] 三重大学医学系研究科基礎医学系講座遺伝子病態制御学
  • URL: http://www.medic.mie-u.ac.jp/organization/course/lsrc_human/index.php