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2017 年度 実績報告書

DNAナノリアクターで構築する高効率な人工光合成システム

研究課題

研究課題/領域番号 15H05492
研究機関京都大学

研究代表者

中田 栄司  京都大学, エネルギー理工学研究所, 准教授 (70467827)

研究期間 (年度) 2015-04-01 – 2018-03-31
キーワードDNAナノ構造体 / DNAナノリアクター / 多段階物質変換反応 / 人工光合成システム / 共有結合型アダプター / モジュール型アダプター
研究実績の概要

酵素や人工分子で構築される複数の反応点を一分子レベルで厳密に制御して配置した反応場「ナノリアクター」をDNAを足場として構築し、複数の反応点が連携する多段階物質変換反応を高効率化するためのDNAナノリアクターの設計原理を見出す。そのために、複数の反応点を一分子レベルで厳密に制御して配置し、その配置が反応効率に及ぼす影響を系統的に評価する。距離や配向・分子数などのパラメータの多段階物質変換反応への影響を評価し、高効率な多段階物質変換反応を試験管内で進行させるための設計原理を確立することを目的としている。
これまでに、二段階酵素反応や三段階酵素反応についてその空間距離が反応効率にどのように影響するのかを明らかとした。そこで本年度は、それぞれの酵素の酵素額的パラメータに基づいた分子数の違いによる反応効率への影響を評価した。また、DNAナノ構造体を新たに設計し、複数の酵素を1分子ずつ最大35分子配置できるDNAナノ構造体の設計評価をおこなった。さらには、これまでの酵素分子間での中間体の拡散が反応効率に影響を及ぼすという知見を生かし、これまでの2次元DNAナノ構造体を3次元DNAナノ構造体へと展開すべく、新たなDNAナノ構造体の設計をおこなった。これらにより、より多段階の連続する酵素反応をDNAナノ構造体上で連携させ、より高効率に反応を進行させることのできる足場の構築をおこなうことができた。さらに、前年度確立したモジュール型アダプターの設計原理に基づいて3分子以上の酵素を配置できるような直交性を有するモジュール型アダプターの開発もおこなった。これらの用いた試験管内での多段階反応システムに関しては、異なる酵素を配置しての評価もおこなった。

現在までの達成度 (段落)

29年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

29年度が最終年度であるため、記入しない。

  • 研究成果

    (35件)

すべて 2018 2017 その他

すべて 雑誌論文 (4件) (うち査読あり 1件) 学会発表 (27件) (うち国際学会 8件、 招待講演 12件) 備考 (4件)

  • [雑誌論文] DNA Origami Scaffolds as Templates for Functional Tetrameric Kir3 K+ Channels2018

    • 著者名/発表者名
      Kurokawa Tatsuki、Kiyonaka Shigeki、Nakata Eiji、Endo Masayuki、Koyama Shohei、Mori Emiko、Tran Nam Ha、Dinh Huyen、Suzuki Yuki、Hidaka Kumi、Kawata Masaaki、Sato Chikara、Sugiyama Hiroshi、Morii Takashi、Mori Yasuo
    • 雑誌名

      Angewandte Chemie International Edition

      巻: 57 ページ: 2586~2591

    • DOI

      10.1002/anie.201709982

    • 査読あり
  • [雑誌論文] 効率的な多段階酵素反応を実現する分子コンビナート2018

    • 著者名/発表者名
      中田栄司,森井孝
    • 雑誌名

      バイオサイエンスとインダストリー

      巻: @ ページ: @

  • [雑誌論文] 酵素を“1分子ずつ”狙った場所に配置する-多段階反応を効率的に進行させる分子コンビナートをつくる2017

    • 著者名/発表者名
      中田栄司,森井孝
    • 雑誌名

      Academist Journal

      巻: @ ページ: @

  • [雑誌論文] ナノレベル間隔で異なる酵素を並べる!─複雑な多段階反応を可能にする分子コンビナートへの挑戦─2017

    • 著者名/発表者名
      中田栄司,森井孝
    • 雑誌名

      化学

      巻: 11月号 ページ: @

  • [学会発表] DNA Binding Adaptors to Locate Multiple Enzymes on DNA scaffold2017

    • 著者名/発表者名
      E. Nakata, T. Morii
    • 学会等名
      ISPAC_2017
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 高効率な多段階酵素反応を実現するDNAナノリアクターの創製酵素を “1分子ずつ” 狙った場所に配置する2017

    • 著者名/発表者名
      中田栄司,森井孝
    • 学会等名
      生体機能関連化学部会若手の会 第29回サマースクール
    • 招待講演
  • [学会発表] 分子コンビナートよる非天然化合物合成システムの創製2017

    • 著者名/発表者名
      中田栄司,森井孝
    • 学会等名
      新学術領域「生合成リデザイン」第2回公開シンポジウム
    • 招待講演
  • [学会発表] 直交性を有するモジュール型アダプターによる複数の酵素を配置した分子スイッチボード2017

    • 著者名/発表者名
      中田栄司,Nguyen Minh Thang,才村正幸,Dinh Huyen,森井孝
    • 学会等名
      第11回バイオ関連化学シンポジウム
  • [学会発表] Activity of the assembled enzyme on DNA scaffold2017

    • 著者名/発表者名
      H. Dinh, E. Nakata, T. Morii
    • 学会等名
      第11回バイオ関連化学シンポジウム
  • [学会発表] Assembly of DNA Rotaxane and Catenane Inside a DNA Origami Frame2017

    • 著者名/発表者名
      A. Rajendran, S.-J. Park, E. Nakata, Y. Kwon, T. Morii
    • 学会等名
      第11回バイオ関連化学シンポジウム
  • [学会発表] 酵素を“1分子ずつ”狙った場所に配置するー試験管内での高効率な多段階反応システムへの挑戦ー2017

    • 著者名/発表者名
      E. Nakata, T. Morii
    • 学会等名
      2nd NNBS
    • 招待講演
  • [学会発表] DNA Binding Adaptors to Locate Multiple Enzymes on DNA scaffold2017

    • 著者名/発表者名
      E. Nakata, T. Morii
    • 学会等名
      Nano-S&T-2017
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 生物から学んだ分子コンビナートへの挑戦2017

    • 著者名/発表者名
      中田栄司
    • 学会等名
      京都大学宇治キャンパス公開 特別講演会
  • [学会発表] DNAナノ構造体上に酵素を配置した分子コンビナート2017

    • 著者名/発表者名
      中田栄司,森井孝
    • 学会等名
      「統合物質創製化学研究推進機構」国内シンポジウム
    • 招待講演
  • [学会発表] Construction of Topologically Interlocked DNAs Inside a DNA Scaffold2017

    • 著者名/発表者名
      A. Rajendran, S.-J. Park, E. Nakata, Y. Kwon, T. Morii
    • 学会等名
      第44回国際核酸化学シンポジウム/日本核酸化学会第1会年会The 44th International Symposium on Nucleic Acids Chemistry /The 1st Annual Meeting of Japan Society of Nucleic Acids Chemistry
    • 国際学会
  • [学会発表] Orthogonal Modular Adaptors to Locate Three Enzymes for Cascade Reaction on DNA Scaffold2017

    • 著者名/発表者名
      T. M. Nguyen, E. Nakata, M. Saimura, H. Dinh, T. Morii
    • 学会等名
      第44回国際核酸化学シンポジウム/日本核酸化学会第1会年会The 44th International Symposium on Nucleic Acids Chemistry /The 1st Annual Meeting of Japan Society of Nucleic Acids Chemistry
    • 国際学会
  • [学会発表] Reaction of enzymes in the ordered assembly states on DNA nanostructures2017

    • 著者名/発表者名
      H. Dinh, E. Nakata, T. Morii
    • 学会等名
      第44回国際核酸化学シンポジウム/日本核酸化学会第1会年会The 44th International Symposium on Nucleic Acids Chemistry /The 1st Annual Meeting of Japan Society of Nucleic Acids Chemistry
    • 国際学会
  • [学会発表] DNAナノ構造体上に複数種類の酵素を配置した分子コンビナート2017

    • 著者名/発表者名
      中田栄司, 森井孝
    • 学会等名
      第6回植物二次代謝フロンティア研究会
    • 招待講演
  • [学会発表] DNA Binding Adaptors to Locate Multiple Enzymes on DNA Scaffold2017

    • 著者名/発表者名
      E. Nakata, T. Morii
    • 学会等名
      ISBC2017 The Second International Symposium on Biofunctional Chemistry
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Assembly of multiple enzymes on a DNA scaffold2017

    • 著者名/発表者名
      T.M. Nguyen, E. Nakata, M. Saimura, H. Dinh, T. Morii
    • 学会等名
      ISBC2017 The Second International Symposium on Biofunctional Chemistry
    • 国際学会
  • [学会発表] DNA rotaxane and catenane inside a DNA nanostructure2017

    • 著者名/発表者名
      A. Rajendran, S-J. Park, E. Nakata, Y. Kwon, T. Morii
    • 学会等名
      ISBC2017 The Second International Symposium on Biofunctional Chemistry
    • 国際学会
  • [学会発表] 酵素を“1分子ずつ”狙った場所に配置する ー生物から学んだ分子コンビナートへの挑戦―2017

    • 著者名/発表者名
      中田栄司,森井孝
    • 学会等名
      北九州工業高等専門学校 講演会
    • 招待講演
  • [学会発表] 酵素を“1分子ずつ”狙った場所に配置する ー生物から学んだ分子コンビナートへの挑戦―2017

    • 著者名/発表者名
      中田栄司,森井孝
    • 学会等名
      第11回バイオ&マテリアル講演会
    • 招待講演
  • [学会発表] Efficiency of The Enzyme Cascade Reaction on a DNA Scaffold2017

    • 著者名/発表者名
      LIN, Peng; NGUYEN, Thang; DINH, Huyen; NAKATA, Eiji; MORII, Takashi
    • 学会等名
      日本化学会第98春季年会2018
  • [学会発表] Reaction of Carbonic Anhydrase assembled on DNA scaffold2017

    • 著者名/発表者名
      DINH, Huyen; NAKATA, Eiji; KINOSHITA, Masahiro; MORII, Takashi
    • 学会等名
      日本化学会第98春季年会2018
  • [学会発表] Supramolecular Assemblies of Mechanically Interlocked Components Inside a DNA Origami Frame2017

    • 著者名/発表者名
      RAJENDRAN, Arivazhagan; PARK, Seo-jeong; NAKATA, Eiji; KWON, Youngjoo; MORII, Takashi
    • 学会等名
      日本化学会第98春季年会2018
  • [学会発表] Sequence Specific Modular Adaptors for Orthogonal Location of Multiple Enzymes on a DNA scaffold2017

    • 著者名/発表者名
      NGUYEN, Thang; NAKATA, Eiji; SAIMURA, Masayuki; MORII, Takashi
    • 学会等名
      日本化学会第98春季年会2018
  • [学会発表] DNAナノ構造体を鋳型にしたナノリポソーム2017

    • 著者名/発表者名
      小西 宏明・DINH Huyen・中田 栄司・仲野 瞬・森井 孝
    • 学会等名
      日本化学会第98春季年会2018
  • [学会発表] 多数のタンパク質を配置したDNAナノ構造体の構築2017

    • 著者名/発表者名
      中田 栄司・DINH Huyen・才村 正幸・森井 孝
    • 学会等名
      日本化学会第98春季年会2018
  • [学会発表] 酵素を“1分子ずつ”狙った場所に配置したDNAナノリアクターの創製2017

    • 著者名/発表者名
      中田栄司,森井孝
    • 学会等名
      日本物理学会第73回年次大会(2018年)
    • 招待講演
  • [学会発表] 非天然化合物合成を目指した分子コンビナートの創製2017

    • 著者名/発表者名
      中田栄司,森井孝
    • 学会等名
      生物機能化学シンポジウム
    • 招待講演
  • [備考]

    • URL

      http://www.iae.kyoto-u.ac.jp/material/index.html

  • [備考]

    • URL

      https://pubs.acs.org/page/jacsat/vi/engineered-bio-catalysts?utm_source=JACS&utm_medium=IMG&utm_campaign=PUBS1017EJK

  • [備考]

    • URL

      http://www.iae.kyoto-u.ac.jp/new-iae/NewsRelease/JP/2017/06/01-162221.html

  • [備考]

    • URL

      http://www.kyoto-u.ac.jp/ja/research/research_results/2017/170518_2.html

URL: 

公開日: 2019-12-27  

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