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2015 年度 実績報告書

多量体型イオンチャネルのゲーティング原理の解明

研究課題

研究課題/領域番号 15H05594
研究機関国立研究開発法人理化学研究所

研究代表者

森 貴治  国立研究開発法人理化学研究所, 杉田理論分子科学研究室, 研究員 (90402445)

研究期間 (年度) 2015-04-01 – 2018-03-31
キーワード膜タンパク質 / 分子シミュレーション
研究実績の概要

細胞の外側を取り囲む細胞膜には、チャネルやポンプ、トランスポーター、レセプターなど様々な膜タンパク質が存在し、細胞膜を隔てた物質輸送やシグナル伝達などの重要な役割を担っている。遺伝情報の約30%が膜タンパク質であり、また、膜タンパク質は創薬の重要なターゲットでもあるため、その立体構造と機能メカニズムの解明が盛んに行われている。近年、多量体から構成されるイオンチャネル(例えば、P2X4レセプター, NaKチャネル, MscLチャネル, MscSチャネルなど)が報告されている。これら多量体型イオンチャネルは、アミノ酸配列に相同性が無いにもかかわらず、いずれもモノマーが対称的に構造変化、すなわち膜貫通ヘリックスが傾き、ポアサイズを変化させることによりイオンの選択的透過性を制御している。チャネルはポンプと異なって、ATP などのエネルギーを消費することなく機能を発現することが分かっているが、チャネルの構造変化に関するエネルギー論的解釈はほとんどなされていない。タンパク質の大規模構造変化や機能発現を理解する上で、自由エネルギーが大きな鍵となる。本研究では、イオンチャネルのゲーティング原理を自由エネルギーに基づき解析することを目的として、新規方法論の開発とアプリケーション研究を行った。本年度は、2013年我々が開発した表面張力レプリカ交換法を、温度レプリカ交換法やアンブレラサンプリング法と組み合わせ、2次元表面張力レプリカ交換法へ拡張した。これらの方法を混合脂質二重膜および膜貫通ヘリックス2量体(Glycophorin A)に対して適用し、開発した方法の評価を行った。その結果、1次元表面張力レプリカ交換法と比べて効率の良い構造サンプリングが可能であることが分かった。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

3: やや遅れている

理由

表面張力レプリカ交換法を膜貫通ヘリックス2量体の系に適用したところ、当初期待していたようなヘリックス同士のなす角度の変化に比べて、2量体全体の膜に対する傾きが変化してしまう問題が見られた。また、MscL チャネルの膜中での計算を実施し、表面張力を大きく付加すると、同様に MscL 全体が傾く傾向が見られた。このような全体が傾く効果は、チャネルを効率よく開閉させるための障害となる。そこで、傾き角を束縛できる機能を新たにソフトウェアに追加する必要が生じ、本年度は機能の実装と性能評価に時間を割いた。一方、この新規機能追加により、ヘリックス傾き角の束縛ポテンシャルを用いたアンブレラサンプリングと表面張力レプリカ交換法を2次元的に交換する新たな方法論の開発につながったため、今後の展開に期待している。

今後の研究の推進方策

今後は、開発した手法を用いて実際に多量体型イオンチャネルのシミュレーションを行う。まずは、全原子モデルを用いた計算を行うが、全原子モデルでは長時間スケールの運動を追跡することが難しいため、粗視化モデルや基準振動解析、パスサンプリングなどの方法も用いて、構造変化と機能相関のメカニズムの解明を目指す。

  • 研究成果

    (5件)

すべて 2016 2015

すべて 雑誌論文 (1件) (うち国際共著 1件、 査読あり 1件、 オープンアクセス 1件、 謝辞記載あり 1件) 学会発表 (4件) (うち国際学会 2件)

  • [雑誌論文] Molecular dynamics simulations of biological membranes and membrane proteins using enhanced conformational sampling algorithms2016

    • 著者名/発表者名
      Takaharu Mori, Naoyuki Miyashita, Wonpil Im, Michael Feig, and Yuji Sugita
    • 雑誌名

      Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Biomembranes

      巻: - ページ: -

    • DOI

      doi:10.1016/j.bbamem.2015.12.032

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著 / 謝辞記載あり
  • [学会発表] 拡張アンサンブル法の混合脂質二重膜系への応用2015

    • 著者名/発表者名
      森貴治、杉田有治
    • 学会等名
      第29回分子シミュレーション討論会
    • 発表場所
      朱鷺メッセ(新潟県・新潟市)
    • 年月日
      2015-11-30
  • [学会発表] Multidimensional surface-tension replica-exchange molecular-dynamics simulations of biological membranes2015

    • 著者名/発表者名
      Takaharu Mori, Yuji Sugita
    • 学会等名
      Supercomputational Life Science 2015
    • 発表場所
      東京大学(東京都・文京区)
    • 年月日
      2015-10-20
    • 国際学会
  • [学会発表] Replica-exchange molecular-dynamics simulations of mixed lipid bilayer systems2015

    • 著者名/発表者名
      Takaharu Mori, Yuji Sugita
    • 学会等名
      Biophysical Society Thematic Meeting “Biophysics of Proteins at Surfaces: Assembly, Activation, Signaling”
    • 発表場所
      コンプルテンセ大学(スペイン・マドリッド)
    • 年月日
      2015-10-13 – 2015-10-15
    • 国際学会
  • [学会発表] 膜タンパク質-脂質相互作用の定量的解析法の開発と応用2015

    • 著者名/発表者名
      森貴治、杉田有治
    • 学会等名
      第53回生物物理学会年会
    • 発表場所
      金沢大学(石川県・金沢市)
    • 年月日
      2015-09-15

URL: 

公開日: 2017-01-06  

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