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2019 年度 実績報告書

ミトコンドリア生合成を司る細胞内統合的ネットワークの解明

研究課題

研究課題/領域番号 15H05705

研究代表者

遠藤 斗志也  京都産業大学, 生命科学部, 教授

研究期間 (年度) 2015 – 2020
キーワードミトコンドリア / TOM複合体 / SAM複合体 / タンパク質輸送 / 脂質輸送 / コンタクトサイト / ERMES / Msp1
研究実績の概要

本研究では, サイトゾルからミトコンドリアへのタンパク質の輸送, および膜間の脂質の輸送を中心に, ミトコンドリアが細胞内でいかに作られるかという根源的問題の分子機構を統合的に理解することをめざした。
まずタンパク質の交通については, 外膜でほとんどのミトコンドリアタンパク質の入り口として働くTOM複合体について, クライオ電顕観察と単粒子解析により, 3.8Åの分解能で精密構造決定に成功した。TOM複合体の全体構造は各サブユニット2個ずつから成る2量体で, 膜透過チャネルとなる円筒形のTom40同士の界面にTom22が2分子と脂質1分子が入り込んでいた。
Tom40のN端部分は, Tom40の円筒内部をサイトゾル(外)側から膜間部(内)側に向かって貫き, Tom5が膜間部側でこのN端部分をつなぎ止めていた。多様な前駆体タンパク質のうち、プレ配列を持つものはTom40同士の界面の側に出口があり, プレ配列を持たないものはTom40の2量体の外側に出口があった。このように, タンパク質の膜透過チャネル内に, プレ配列を持つ前駆体タンパク質と持たない前駆体タンパク質専用の通り道と出口を別々に用意し, 出口で待ち構える各輸送経路の下流の因子に前駆体タンパク質を受け渡すことで, 性質も機能も異なる1000種に及ぶ前駆体タンパク質の外膜透過を効率良く行っていることが明らかになった(Natureに発表)。
ミトコンドリア外膜でタンパク質の品質管理に関わるAAAタンパク質のMsp1について, Msp1はミトコンドリアに誤配送されたテイルアンカー(TA)膜タンパク質を外膜から引き抜いてERに送り, ERで分解するか, 配送のやり直しをするが決まることを見出した。Msp1はタンパク質配送のやり直し(校正)を行う因子であるという重要な概念発見となった(Mol. Cellに発表)。
リン脂質代謝の研究過程で, ホスファチジン酸の脱リン酸化酵素の欠損がトランスポゾン遺伝子の活性化を引き起こすことを見出した(FASEB J. 2020)。またミトコンドリアとER間を結合すERMES複合体のクラスター数が, ERストレス時に顕著に増加し, これらのオルガネラ間での脂質輸送を調節することで, ERストレスに対応することを見出した(投稿中)。さらに以前に開発したSplit-GFPによる任意のオルガネラコンタクトサイトを可視化する実験系を改善し, より定量的な実験系を構築した(投稿中)。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

1: 当初の計画以上に進展している

理由

タンパク質輸送については, タンパク質輸送体のTOM複合体の構造決定に成功し, 分泌系以外のオルガネラのタンパク質輸送装置としては世界で初めての精密構造決定となった。さらにその構造から, TOM複合体が基質別に下流因子を集める出口を使い分けることで, 1000種類以上に及ぶ基質の厳密でありながらも効率よい膜透過を実現していることが明らかになった。ミトコンドリア外膜でタンパク質の品質管理に関わるAAAタンパク質のMsp1については, 単に誤配送されたタンパク質の分解を担うのではなく, 誤配送されたタンパク質の配送やり直しを行う因子であることが分かり, 従来やり直しがないと考えられていたタンパク質の配送にも, DNA複製や翻訳のように「校正」に仕組みがあるという新規の概念発見となった。ERストレス時に起こる新規のUPR(Unfolded protein response)として, ミトコンドリアとERのコンタクトを介したリン脂質輸送が動的に制御されることを見出した。これは多くの知見が蓄積しているUPRのメカニズムに新たな視点を加える成果である。

今後の研究の推進方策

研究を開始して5年近くが経過した。昨年度はクライオ電顕の故障などにより研究に遅延が生じたが, 本年度は繰越した研究費を使って, 研究の遅れを取り戻すとともに, 最後の仕上げを行っているところである。現在, 外膜の第2のトランスロケータであるSAM複合体について, 反応サイクル中の異なるステージに対応する, 異なるサブユニット組成の精密構造決定に成功した。この構造に基づいて, SAM複合体がβバレル型膜タンパク質を外膜に組み込む分子機構を明らかにすることが出来た。この成果について論文投稿中であるが, 最終的な採択・発表へと仕上げを行いたい。
Msplについては, 蛍光顕微鏡のタイムラプス観察により, ミトコンドリアに誤配送されたタンパク質がERに移行する様子をリアルタイムで追跡する実験系を立ち上げ, 基質がミトコンドリアからERに移行する過程の詳細を解析する道を拓きつつある。ここでこの配送やり直しに関わる他の因子の関与, さらにはミトコンドリア-ER以外でも, 同様の配送やり直しが起こるかどうかを明らかにしていきたい。
オルガネラ間コンタクトについては, ERストレス時にERMESクラスターが解離する分子機構を明らかにしたい。またER-ミトコンドリア以外のミトコンドリア-液胞, 核膜-液胞間におけるコンタクトサイトもERストレス時に増大することを見い出してしているので, その分子機構や生理的意義を検討したい。

  • 研究成果

    (41件)

すべて 2020 2019 その他

すべて 国際共同研究 (1件) 雑誌論文 (13件) (うち国際共著 1件、 査読あり 9件、 オープンアクセス 2件) 学会発表 (26件) (うち国際学会 3件、 招待講演 7件) 備考 (1件)

  • [国際共同研究] University of Freiburg(ドイツ)

    • 国名
      ドイツ
    • 外国機関名
      University of Freiburg
  • [雑誌論文] The mitochondrial inner membrane protein LETM1 modulates cristae organization through its LETM domain2020

    • 著者名/発表者名
      Nakamura S, Matsui A, Akabane S, Tamura Y, Hatano A, Miyano Y, Omote H, Kajikawa M, Maenaka K, Moriyama Y, Endo T, and Oka T
    • 雑誌名

      Commun Biol

      巻: 3 ページ: 99

    • DOI

      10.1038/s42003-020-0832-5

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Structural basis for inter-organelle phospholipid transport mediated by VAT-12020

    • 著者名/発表者名
      Watanabe Y, Tamura Y, Kakuta C, Watanabe S, Endo T
    • 雑誌名

      J Biol Chem.

      巻: 295 ページ: 3257-3268

    • DOI

      10.1074/jbc.RA119.011019

    • 査読あり
  • [雑誌論文] ERdj3B-mediated quality control maintains anther development at high temperatures2020

    • 著者名/発表者名
      Yamamoto M, Uji S, Sugiyama T, Sakamoto T, Kimura S, Endo T, Nishikawa S
    • 雑誌名

      Plant Physiol.

      巻: 182 ページ: 1979-1990

    • DOI

      10.1104/pp.19.01356

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Yeast transformation stress, together with loss of Pahl, phosphatidic acid phosphatase, leads to Tyl retrotransposon insertion into the IN04 gene.2020

    • 著者名/発表者名
      Shinnosuke Kudo, Hiroya Shiino, Shiina Furuta, Yasushi Tamura
    • 雑誌名

      FASEB J.

      巻: 34 ページ: 4749-4763

    • DOI

      10.1096/fj.201901811RR

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] ミトコンドリアタンパク質搬入ゲートTOM複合体~クライオ電子顕微鏡による立体構造の解明2020

    • 著者名/発表者名
      荒磯裕平, 遠藤斗志也
    • 雑誌名

      実験医学38 増刊「イメージング時代の構造生命科学」

      巻: 38 ページ: 697-700

  • [雑誌論文] Multifaceted roles of porin in mitochondrial protein and lipid transport2019

    • 著者名/発表者名
      Endo T, Sakaue H
    • 雑誌名

      Biochem. Soc. Trans

      巻: 47 ページ: 1269-1277

    • DOI

      10.1042/BST20190153

    • 査読あり
  • [雑誌論文] ミトコンドリアを介したオルガネラコンタクト2019

    • 著者名/発表者名
      田村 康
    • 雑誌名

      腎臓内科・泌尿器科

      巻: 10 ページ: 218-222

  • [雑誌論文] Structure of the mitochondrial import gate reveals distinct preprotein paths Nature 575, 395-401 (published online, Oct 10, 2019)2019

    • 著者名/発表者名
      Araiso Y, Tsutsumi A, Qiu J, Imai K, Shiota T, Song J, Lindau C, Wenz L-S, Sakaue H, Yunoki K, Kawano S, Suzuki J, Wischnewski M, Schütze C, Ariyama H, Ando T, Becker T, Lithgow T, Wiedemann N, Pfanner N, Kikkawa M, Endo T
    • 雑誌名

      Nature

      巻: 575 ページ: 395-401

    • DOI

      10.1038/s41586-019-1680-7

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Mspl Clears Mistargeted Proteins by Facilitating Their Transfer from Mitochondria to the ER2019

    • 著者名/発表者名
      Matsumoto S, Nakatsukasa K, Kakuta C, Tamura Y, Esaki M, Endo T
    • 雑誌名

      Mol. Cell

      巻: 76 ページ: 191-205

    • DOI

      10.1016/j.molcel.2019.07.0

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Regulation of the protein entry gate assembly by mitochondrial porin.2019

    • 著者名/発表者名
      Sakaue H, Endo T.
    • 雑誌名

      Curr Genet.

      巻: 65 ページ: 1161-1163

    • DOI

      10.1007/s00294-019-00979-7

    • 査読あり
  • [雑誌論文] A photostable fluorescent marker for the superresolution live imaging of the dynamic structure of the mitochondrial cristae.2019

    • 著者名/発表者名
      Chenguang Wang, Masayasu Taki, Yoshikatsu Sato, Yasushi Tamura, Hideyuki Yaginuma, Yasushi Okada, Shigehiro Yamaguchi
    • 雑誌名

      Proc. Natl. Acad. Sci. USA

      巻: 116 ページ: 15817-15822

    • DOI

      10.1073/pnas.1905924116

    • 査読あり
  • [雑誌論文] ミトコンドリアタンパク質の膜透過装置2019

    • 著者名/発表者名
      阪上春花, 遠藤斗志也
    • 雑誌名

      実験医学37 増刊「ミトコンドリアと疾患・老化」

      巻: 37 ページ: 1903-1908

  • [雑誌論文] オルガネラコンタクトサイトを介した脂質輸送と代謝2019

    • 著者名/発表者名
      田村 康, 河野 慎, 遠藤斗志也
    • 雑誌名

      実験医学37 増刊「ミトコンドリアと疾患・老化」

      巻: 37 ページ: 1909-1916

  • [学会発表] Regulation of the protein entry gate assembly by mitochondrial porin2019

    • 著者名/発表者名
      Haruka Sakaue, Takuya Shiota, Naoya Ishizuka, Yasushi Tamura, Toshiya Endo
    • 学会等名
      第42回分子生物学会年会 ワークショップ「The Biology of Mitochondria-Cytosol Communications」
    • 招待講演
  • [学会発表] リン脂質合成及び輸送阻害剤の探索2019

    • 著者名/発表者名
      椎野浩也, 橋本美智子, 遠藤斗志也, 田村康
    • 学会等名
      第92回日本生化学会大会
  • [学会発表] ヒトミトコンドリア・ER膜間コンタクト形成に関与する因子の探索2019

    • 著者名/発表者名
      田代晋也, 名黒功, 遠藤斗志也, 田村康
    • 学会等名
      第92回日本生化学会大会
  • [学会発表] ミトコンドリア-小胞体間結合因子ERMES複合体のクラスター数を制御する分子メカニズムの解明2019

    • 著者名/発表者名
      柿元百合子, 小島理恵子, 新名真夏, 遠藤斗志也, 田村康
    • 学会等名
      第27回山形分子生物学セミナー
  • [学会発表] 出芽酵母におけるミトコンドリアを制御する因子の同定2019

    • 著者名/発表者名
      後藤美稀, 遠藤斗志也, 田村康
    • 学会等名
      第27回山形分子生物学セミナー
  • [学会発表] ミトコンドリア-小胞体間におけるリン脂質合成及び輸送阻害剤の探索2019

    • 著者名/発表者名
      椎野浩也, 橋本美智子, 遠藤斗志也, 田村康
    • 学会等名
      第27回山形分子生物学セミナー
  • [学会発表] ヒト細胞ミトコンドリア・ER膜間コンタクト形成に関与する因子の探索2019

    • 著者名/発表者名
      田代晋也, 名黒功, 遠藤斗志也, 田村康
    • 学会等名
      第27回山形分子生物学セミナー
  • [学会発表] クライオ電子顕微鏡により明らかとなったミトコンドリア外膜トランスロケータSAM複合体の構造2019

    • 著者名/発表者名
      竹田弘法, 包明久, 吉川雅英, 遠藤斗志也
    • 学会等名
      第19回日本蛋白質科学会年会・第71回日本細胞生物学会大会合同年次大会 ワークショップ「ミトコンドリアの機能理解におけるタンパク質科学からのアプローチ」
  • [学会発表] クライオ電子顕微鏡解析によって明らかになったミトコンドリア膜透過装置の構造と機能2019

    • 著者名/発表者名
      荒磯裕平, 包明久, 今井賢一郎, 阪上春花, 塩田拓也, 柚木芳, 鈴木純子, 河野慎, 吉川雅英, 遠藤斗志也
    • 学会等名
      第57回生物物理学会年会 シンポジウム「クライオ電子顕微鏡でできること, できないこと~構造生命科学の最先端
    • 招待講演
  • [学会発表] Two independent regulatory mechanisms controlling the number of ER-mitochondria contact sites.2019

    • 著者名/発表者名
      Yasushi Tamura
    • 学会等名
      Organelle zones meet compartmental gates and contact sites
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Identification of novel factors involved in formation of ER-mitochondria contact sites2019

    • 著者名/発表者名
      Yasushi Tamura
    • 学会等名
      Organelle zones : opening a new era of Cel Biology
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Roles of phospholipid transport in mitochondrial biogenesis2019

    • 著者名/発表者名
      Yasushi Tamura
    • 学会等名
      International Conference of Lipid Research AMED-Lipid Satellite Symposium
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Maintenance of Crista Structure Requires Intramitochondrial Phospholipid Transport2019

    • 著者名/発表者名
      Yasushi Tamura
    • 学会等名
      細胞生物学会 IWFp Organelle Zone : Compartmentalized Organelle Structure and Functions
    • 招待講演
  • [学会発表] ミトコンドリアの構造形成におけるリン脂質輸送の役割2019

    • 著者名/発表者名
      田村康
    • 学会等名
      生化学会大会 : 3S04m 細胞内脂質輸送システムの制御とその意義
    • 招待講演
  • [学会発表] ミトコンドリア・小胞体間コンタクトサイトの数を制御する分子メカニズムの解明2019

    • 著者名/発表者名
      柿元百合子, 小島理恵子, 遠藤斗志也, 田村康
    • 学会等名
      第19回日本蛋白質科学会年会/第71回日本細胞生物学会大会
  • [学会発表] リン脂質合成及び輸送阻害剤の探索2019

    • 著者名/発表者名
      椎野浩也, 橋本美智子, 遠藤斗志也, 田村康
    • 学会等名
      第19回日本蛋白質科学会年会/第71回日本細胞生物学会大会
  • [学会発表] Identification of novel factors regulating mitochondrial volume in yeast2019

    • 著者名/発表者名
      後藤美稀, 遠藤斗志也, 田村康
    • 学会等名
      第19回日本蛋白質科学会年会/第71回日本細胞生物学会大会
  • [学会発表] Roles of nuclear-vacuole junctions in maintaining mitocondrial morphology2019

    • 著者名/発表者名
      新名真夏, 遠藤斗志也, 田村康
    • 学会等名
      第19回日本蛋白質科学会年会/第71回日本細胞生物学会大会
  • [学会発表] ミトコンドリア局在型CDP-DAG合成酵素Tam41の結晶化2019

    • 著者名/発表者名
      木村啓介, 小島理恵子, 遠藤斗志也, 田村康
    • 学会等名
      第19回日本蛋白質科学会年会/第71回日本細胞生物学会大会
  • [学会発表] 哺乳類ミトコンドリア・ER膜間コンタクト形成に関与する因子の探索2019

    • 著者名/発表者名
      田代晋也, 名黒功, 遠藤斗志也, 田村康
    • 学会等名
      第19回日本蛋白質科学会年会/第71回日本細胞生物学会大会
  • [学会発表] ミトコンドリアのポリンは外膜透過装置TOM複合体のアセンブリーを制御する2019

    • 著者名/発表者名
      阪上春花, 塩田拓也, 石坂直也, 田村康, 遠藤斗志也
    • 学会等名
      第19回日本蛋白質科学会年会/第71回日本細胞生物学会大会
  • [学会発表] Msp1は, 小胞体-ミトコンドリアコンタクト部位でミスターゲットタンパク質を除去するAAA-ATPaseである2019

    • 著者名/発表者名
      松本俊介, 中務邦雄, 角田千香, 田村康, 江崎雅俊, 遠藤斗志也
    • 学会等名
      第19回日本蛋白質科学会年会/第71回日本細胞生物学会大会
  • [学会発表] Structural study of the protein translocator of the outer mitochondrial membrane complex2019

    • 著者名/発表者名
      荒磯裕平, 包明久, 鈴木純子, 吉川雅英, 遠藤斗志也
    • 学会等名
      第19回日本蛋白質科学会年会/第71回日本細胞生物学会大会
  • [学会発表] Mic19のミリストイル化モチーフによるミトコンドリア局在化機構の解明2019

    • 著者名/発表者名
      植田依里, 田村康, 遠藤斗志也
    • 学会等名
      第19回日本蛋白質科学会年会/第71回日本細胞生物学会大会
  • [学会発表] ERMES数を制御する分子メカニズムの解明2019

    • 著者名/発表者名
      柿元百合子, 小島理恵子, 新名真夏, 遠藤斗志也, 田村康
    • 学会等名
      日本生化学会大会東北支部第85回例会
  • [学会発表] ミトコンドリアと小胞体間結合領域を制御する分子メカニズムの解明2019

    • 著者名/発表者名
      柿元百合子, 小島理恵子, 新名真夏, 遠藤斗志也, 田村康
    • 学会等名
      ミトコンドリアサイエンスワークショップ2019
  • [備考] Endo Lab.

    • URL

      http://endolab.jp/wp/

URL: 

公開日: 2021-07-06  

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