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vcPGCsは新規性の高い多能性幹細胞であると考えられるので、RNAシークエンスを行い遺伝子プロファイルの比較解析が必須であると考える。しかしここで重要となるのが、比較対象であるEG細胞やvcPGC細胞株の元となる始原生殖細胞の発生ステージの違いも含めた比較である。
分化運命決定後のマウス始原生殖細胞では、DNA脱メチル化やヒストン修飾など、様々なエピジェネティックな変化がゲノムワイドで認められる。それらは、周りの体細胞では認められない変化のため、始原生殖細胞が将来全能性を獲得するための再プログラム化に重要なプロセスであると考えられてはいるが、現在までにその変化の一つ一つが、始原生殖細胞のどのような性質の変化に相関したものなのか、その生物学的な意義も含めほとんど分かっていない。そこで、PGCの運命決定直後の7.5日胚から生殖巣へと移動した12.5日胚の始原生殖細胞まで、あらゆるステージのPGCとその派生細胞株（EG細胞、vcPGC細胞）を揃えるために、発生ステージごと（7.5日胚から12.5日胚まで1日刻み）にvcPGCsとEG細胞の樹立を試みた。その結果、全ての発生ステージにおけるPGCより、EG細胞とvcPGC細胞株の樹立に成功した。今後は採取した胚内のPGCsとの比較も含め、各細胞株の発生ステージによる発現遺伝子の変化をプロファイリングすることで、vcPGCsやEG細胞に特異的に発現する遺伝子等の特徴が発生ステージを追って詳細に見えてくると考える。
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