| 研究課題/領域番号 |
15J02066
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| 研究機関 | 京都大学 |
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研究代表者 |
三品 達平 京都大学, 理学研究科, 特別研究員(DC1)
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| 研究期間 (年度) |
2015-04-24 – 2018-03-31
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| キーワード | 倍数性 / 無性生殖 / 遺伝子量効果 |
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| 研究実績の概要 |
フナ属魚類には有性の2倍体（2n）と、雌性発生の3倍体（3n）が存在する。日本産3nは日本と大陸産フナの交雑起源で、さらに、日本産2nから3nへの遺伝子流動があると示唆される。理論的には、無性生殖種は組換えを欠くため有性生殖に比べて迅速な適応進化が起こりにくいと考えられる。しかしフナ類では、こうした有性生殖種との交雑による遺伝子流動によって遺伝的多様性や組換えの機会を創出している可能性がある。
本研究では、この遺伝子流動が駆動する雌性発生3nの適応進化の実態を解明することを目的として、(1)倍数性変化に伴う遺伝子量補償機構の解明、(2)遺伝子流動における組換えと自然選択の検出を行う。
(1)遺伝子量補償機構の解明：4系統、6地域個体群にて2nと3nペアのRNAサンプルを得ることができた。このうち2系統についてMiseqとHiseqを用いたRNA sequencingを行い、N50が約1600bpのアセンブルを得ることができた。得られたアセンブルを参照配列に用いて、2nと3nフナ間におけるゲノムワイド発現量解析を行い、現在解析を進めている。
(2)遺伝子流動における組換えと自然選択の検出：基礎データとなる高密度連鎖地図を作成するために、フナと近縁種のゲンゴロウブナを用いて家系を構築し、順調にF1が成長している。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
2: おおむね順調に進展している
理由
必要とした複数系統の2nおよび3nペアのサンプルの採集を終えた。それらを用いてRNA sequencingを行い、ゲノムワイド発現量解析に必要なアセンブリを得ることができた。また高密度遺伝子連鎖地図を作成するためのF1家系も順調に生育しており、初年度の目標として掲げた課題は、一通りクリアできている。
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| 今後の研究の推進方策 |
3nフナ類における倍数性の変化と関連した遺伝子発現の制御機構を明らかにするために、(1)発現量比較を行う系統数を増やして検証を進める。(2)異質倍数性様の遺伝子組成をもつ3nフナ類が、一方の祖先由来のアリルを特異的に発現しているか検証する。
また，遺伝子連鎖地図の作成を目的として現在維持しているフナとゲンゴロウブナのF1家系からF2を作出する。
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