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2016 年度 実績報告書

局在光を用いたナノポア近傍におけるDNAの動的立体構造解析法の開発

研究課題

研究課題/領域番号 15J04005
研究機関慶應義塾大学

研究代表者

山崎 洋人  慶應義塾大学, 理工学部, 特別研究員(PD)

研究期間 (年度) 2015-04-24 – 2017-03-31
キーワードナノポア / ナノバイオ / 一分子生物物理 / 近接場光学
研究実績の概要

本年度は、まず、DNA 捕捉過の蛍光観察を行い、理論計算と実験結果から、ポーラスシリコン薄膜上に無数に存在するナノポア周囲の静電場分布特性と流動特性がDNAコイルを解す過程を妨げることが示唆された。この研究成果はDNA捕捉過程観察の研究成果は国際論文誌Nano Futuresに受理され、掲載予定である。また、孔径200 nmの単一ナノポアを用いた光学的DNA通過観察から、DNAの単一ナノポア通過現象の電圧・長い依存性について測定できることが明らかとなった。最後に、孔径10 nm以下の単一ナノポアにおけるDNAナノポア通過ダイナミクスの観察を行うために、米国ノースイースタン大学のMeni Wanunu准教授の研究室に訪問した。まず、透過型電子顕微鏡をゼロモード導波路の基盤として使用される窒化シリコン薄膜上に集束させ、孔径2 nmまでのナノポアを作製することに成功した。次に、DNAを加え、蛍光観察を行ったところ、DNAナノポア通過由来の蛍光発光を得ることができなかった。この原因の検証を行うと、温度上昇が発生するために、tRNA構造変化が生じることがわかった。この結果から、励起光を窒化シリコン薄膜上に集光すると、温度変化に由来する高分子の高次構造ダイナミクスが観察できることを実証することができた。また、Wanunu研究室の博士課程 Pradeep氏と共同研究を行い、単一タンパク質の表面電荷を見積もることに成功した。。今度の展望として、励起光の吸収がない酸化シリコンを基盤とするゼロモード導波路を用いることでイオン電流測定と蛍光観察の同時測定が可能となる。また、緑レーザーを励起源として、窒化シリコンを局所加熱することで、ナノポア近傍におけるDNAダイナミクスの温度依存性に関する研究することができる。

現在までの達成度 (段落)

28年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

28年度が最終年度であるため、記入しない。

  • 研究成果

    (5件)

すべて 2017 2016 その他

すべて 国際共同研究 (1件) 雑誌論文 (1件) (うち国際共著 1件、 査読あり 1件、 謝辞記載あり 1件) 学会発表 (3件) (うち国際学会 3件)

  • [国際共同研究] ノースイースタン大学(米国)

    • 国名
      米国
    • 外国機関名
      ノースイースタン大学
  • [雑誌論文] A 150-nm ultraviolet excitation volume on porous silicon membrane for direct optical observation of DNA coil relaxation during capture into nanopores2017

    • 著者名/発表者名
      Hirohito Yamazaki, Keiko Esashika, Toshiharu Saiki
    • 雑誌名

      Nano Futures

      巻: 印刷中 ページ: 印刷中

    • 査読あり / 国際共著 / 謝辞記載あり
  • [学会発表] The optical observation of DNA dynamics during translocation and in post-translocation2016

    • 著者名/発表者名
      Hirohito Yamazaki, Keiko Esashika, Toshiharu Saiki
    • 学会等名
      The Japan-US Science Forum in Boston
    • 発表場所
      ボストン(アメリカ)
    • 年月日
      2016-11-12 – 2016-11-12
    • 国際学会
  • [学会発表] Green Laser Effect on Heating and Surface Charge of Silicon Nitride Nanopore2016

    • 著者名/発表者名
      Hirohito Yamazaki
    • 学会等名
      Materials Science and Biophysics Seminar
    • 発表場所
      ボストン(アメリカ)
    • 年月日
      2016-11-04 – 2016-11-04
    • 国際学会
  • [学会発表] Optical observation of single dsDNA translocation dynamics through silicon nanopores2016

    • 著者名/発表者名
      Hirohito Yamzaki, Keiko Esashika, Toshiharu Saiki
    • 学会等名
      The 11th Asian Thermophysical Properties Conference
    • 発表場所
      パシフィコ横浜(神奈川県・横浜市)
    • 年月日
      2016-10-02 – 2016-10-06
    • 国際学会

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公開日: 2018-01-16   更新日: 2022-02-16  

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