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2017 年度 実績報告書

ミトコンドリアゲノム及び核ゲノム情報を用いた古代中国人類集団の遺伝的背景の解明

研究課題

研究課題/領域番号 15J08490
研究機関東京大学

研究代表者

石谷 孔司  東京大学, 理学系研究科, 特別研究員(DC1)

研究期間 (年度) 2015-04-24 – 2018-03-31
キーワード古人骨ゲノム / 次世代シークエンス / バイオインフォマティクス
研究実績の概要

当該年度は,信頼性の高い古人骨ゲノム解析に向け劣化古人骨試料から得られた次世代シークエンスデータの解析方法の開発・改良を中心に実施した.本研究課題で取り組んだゲノムマッピングにおける精度改善や解析効率の低下に対するアプローチは,今後多くの古人骨試料への適用が期待される.また,本年度は膨大な塩基配列データベースを活用し,混入したヒトミトコンドリアハプログループ(コンタミネーション)を高精度に推定するための手法開発を行った.この研究手法は,日本DNA多型学会にて優秀研究賞を受賞する等高い評価を受けた.さらに,研究初年度から開発を進めているヒトミトコンドリアゲノム統合解析ツールMitoSuite(Ishiya and Ueda, 2017)は引き続き改良を進めており,操作性と機能の両面で改善がみられた.また,本年度は,古人骨ゲノムにおける欠損塩基の補完法(インピュテーション)についてもシミュレーションデータと実データの両方を用いた検証を実施した.以上の研究成果は,今後国際学術誌に投稿予定である.本年度は自身が開発した手法やツールを活用することで,約3,000年前の遺跡から出土した複数の人骨試料を用いてゲノム解析も実施した.各サンプルは,古代DNAの信頼性(Authenticity)を示す上で重要な脱アミノ化やコンタミネーションを調べた上で解析に用いた.また,ゲノム配列の一部が欠損した個体に対しては,上記の欠損補完法(インピュテーション)を適用した.以上の研究成果は,国際学術誌に投稿を予定している.今後は温暖湿潤なアジア地域で出土する劣化古人骨を対象に,全ゲノム解析へ向けてさらなる解析手法の開発・改良に取り組んでいきたいと考えている.

現在までの達成度 (段落)

29年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

29年度が最終年度であるため、記入しない。

  • 研究成果

    (4件)

すべて 2017 その他

すべて 国際共同研究 (1件) 雑誌論文 (1件) (うち査読あり 1件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (2件) (うち招待講演 1件)

  • [国際共同研究] 杭州師範大学(中国)

    • 国名
      中国
    • 外国機関名
      杭州師範大学
  • [雑誌論文] MitoSuite: a graphical tool for human mitochondrial genome profiling in massive parallel sequencing2017

    • 著者名/発表者名
      Ishiya Koji、Ueda Shintaroh
    • 雑誌名

      PeerJ

      巻: 5 ページ: e3406~e3406

    • DOI

      doi.org/10.7717/peerj.3406

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] 機械学習による混入ミトコンドリアハプログループの高精度検出2017

    • 著者名/発表者名
      石谷孔司,植田信太郎
    • 学会等名
      日本DNA多型学会第26回学術集会
  • [学会発表] 古代ゲノムから探る人類史:課題と展望2017

    • 著者名/発表者名
      石谷孔司
    • 学会等名
      生理人類学会若手の会 第28回若手研究者講演会
    • 招待講演

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公開日: 2018-12-17   更新日: 2022-07-19  

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