| 研究課題/領域番号 |
15J08516
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| 研究機関 | 東京大学 |
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研究代表者 |
熊谷 洋平 東京大学, 新領域創成科学研究科, 特別研究員(DC1)
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| 研究期間 (年度) |
2015-04-24 – 2018-03-31
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| キーワード | 次世代シーケンサー / 環境微生物 / 比較ゲノム |
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| 研究実績の概要 |
平成27年度の実施内容を記す。①海洋性Pseudomonas aeruginosa 8株のゲノムの取得 ②海洋性フラボバクテリアに関する論文の執筆③機能未知遺伝子の酵素活性測定 以下、これら3点についてその詳細を記す。①に関してはこれまでに得ていたPseudomonas aeruginosaのPacBioシーケンサーを用いた生リードをアセンブルし、Pseudomonas aeruginosa 8株に関してほぼ完全ゲノムに近い配列を得ることに成功した。既に作成していたPseudomonas aeruginosaゲノムのデータベースと合わせて現在系統解析のための遺伝子予測や遺伝子予測に用いるハウスキーピング遺伝子の選定を行っている。②に関しては、解析系の立ち上げのために行っていた海洋性Flavobacteriiaの遺伝子解析から、海洋性フラボバクテリアの興味深い光環境適応機構を発見した。さらなる詳細な遺伝子解析を行い、論文を執筆し現在投稿準備中である。主要な新規の知見としては、海洋性フラボバクテリアにおいて光利用を行わない株の一部は細胞外にUV吸収性の色素を所持しており、色素をいわば日傘のように用いることでUVダメージを避けているという点である。③に関しては、これまでの研究で環境ホルモンであるレチノイン酸の生産に関与する可能性が示された機能未知遺伝子に関してその酵素活性の測定を行ったが、ポジティブな結果が得られなかったため仮説の再検討が必要と判断し、追加の解析は断念した。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
3: やや遅れている
理由
解析環境や実験系の構築の為に、Pseudomonas aeruginosaのゲノム情報の取得の前に行ってきたFlavobacteriiaのゲノム解析で新規の知見が得られたため、その論文化のためのデータ取得に多くの時間を費やした。従って本研究課題のメインテーマであるPseudomonas aeruginosaを用いた海洋環境適応遺伝子の網羅的抽出に関しては多くの進展は得られなかったが、Flavobacteriiaに関する論文もそろそろ投稿間近であり、研究成果としては順調に出始めている段階であると言えるだろう。
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| 今後の研究の推進方策 |
Pseudomonas aeruginosaのゲノム解析に必要なデータが全て出揃ったため、現在投稿準備中の論文を完成させ次第Pseudomonas aeruginosaの詳細なゲノム解析を行っていく予定である。具体的には、系統樹の作成とphylogenetic profiling解析、EGGNOGを用いたゲノム機能解析などを行い、海洋性Pseudomonas aeruginosaの進化や適応戦略から細菌の海洋環境適応機構に迫っていく。
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