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2018 年度 研究成果報告書

人工RNA回路のコンピュータ援用自動設計

研究課題

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研究課題/領域番号 15K00392
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
研究分野 生命・健康・医療情報学
研究機関弘前大学

研究代表者

種田 晃人  弘前大学, 理工学研究科, 准教授 (70332492)

研究期間 (年度) 2015-04-01 – 2019-03-31
キーワードRNA二次構造 / ヒューリスティクス / エネルギーバリア / 分子設計 / RNAスイッチ / RNA間相互作用 / RNA折り畳み経路予測
研究成果の概要

RNA配列を設計し人工的に遺伝子回路を制御する試みが合成RNA生物学の研究として近年注目されている。本研究課題の目的は、RNA回路のパーツとなりうる「二次構造を持つRNA配列を入力として動作するRNAスイッチ」をコンピュータにより設計する手法の開発、および設計に有用なエネルギーバリア予測法の開発である。本研究課題では、結合二次構造を考慮してRNA配列を設計する手法、ならびにアントコロニー最適化法を応用した新規なRNA二次構造折り畳み経路予測法の開発を行った。

自由記述の分野

ソフトコンピューティング

研究成果の学術的意義や社会的意義

合成生物学は、バクテリア等による有用物質生産や医療・創薬などの分野においてイノベーションを起こしうる新しいパラダイムとして期待されている。合成生物学では核酸などの生体分子を遺伝子回路の部品として扱うことから、高性能な遺伝子パーツの開発が行われている。本研究課題では、RNA配列をベースとした遺伝子パーツをコンピュータで設計するための新しい手法や、設計に有用なRNA二次構造折り畳み経路予測法の開発を行った。

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公開日: 2020-03-30  

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