構造情報の粗視化による高速ゲノムワイドRNA遺伝子発見

2017 年度 研究成果報告書

• 研究課題/領域番号: 15K00401
• 研究種目: 基盤研究(C)
• 配分区分: 基金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 生命・健康・医療情報学
• 研究機関: 大阪大学 (2016-2017); 京都大学 (2015)
• 研究代表者: 加藤 有己 大阪大学, 医学系研究科, 助教 (10511280)
• 研究期間 (年度): 2015-04-01 – 2018-03-31
• キーワード: RNA / 遺伝子発見 / ２次構造

研究成果の概要

本研究では、未だ不完全な非コードRNAのゲノムアノテーションのため、RNAの形成し得る構造情報を粗視化し比較することで、２つの生物のゲノム配列に共通して存在する構造RNAの遺伝子を検出する計算手法を開発した。シミュレーションデータおよび実際のヒトとマウスの染色体配列を用いた計算機実験により、提案手法は遺伝子検出に関して高い感度を達成することが示された。これにより、提案手法は構造RNAの比較ゲノムスクリーニングとして有用なツールであると考えられる。

自由記述の分野

バイオインフォマティクス