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2018 年度 実績報告書

大規模分子シミュレーションによる有機ナノチューブ・ナノベシクル形成機構の解明

研究課題

研究課題/領域番号 15K05244
研究機関京都工芸繊維大学

研究代表者

藤原 進  京都工芸繊維大学, 材料化学系, 教授 (30280598)

研究分担者 水口 朋子  京都工芸繊維大学, 材料化学系, 助教 (90758963)
研究期間 (年度) 2015-04-01 – 2019-03-31
キーワード双頭型両親媒性分子 / 自己会合 / ナノベシクル / ナノチューブ / 分子シミュレーション / 散逸粒子動力学法 / 粗視化分子動力学法
研究実績の概要

両親媒性分子は、溶媒中においてミセルやベシクルなどの様々な自己会合構造を自発的に形成する。昨年度までは、非対称双頭型両親媒性分子の自己会合過程を散逸粒子動力学(DPD)シミュレーション及び分子動力学(MD)シミュレーションにより調べた。本年度は、対称双頭型両親媒性分子を用いたDPDシミュレーションを実行し、自己会合過程の解析を行った。対称双頭型両親媒性分子の分子モデルとして粗視化モデルを採用し、両側の親水基は1つの親水性粒子(A)からなり、真ん中の疎水基は3つの疎水性粒子(B)からなる屈曲性分子であるとした。また、溶媒粒子は1つの親水性粒子(S)でモデル化した。粒子間の非結合相互作用は、最大反発力の値a_ij (i, j = A, B or S)により記述されるが、本シミュレーションでは特に、A同士の最大反発力の値aAAに着目した。まず、対称双頭型両親媒性分子1000個と溶媒粒子40000個をランダムに配置し、a_AAの様々な値に対してDPDシミュレーションを1,000,000ステップ実行し、自己会合構造の形成過程を解析した。その結果、4種類の自己会合構造(内部構造を有する球状ミセル、チューブ、ベシクル、ひも状ミセル)が得られたが、親水基間の反発相互作用パラメータa_AAが大きくなるにつれて、凝集体の形態が球状ミセルからチューブへ、さらにベシクルへ、最終的にひも状ミセルへと変化することが明らかになった。また、自己会合体中における分子形状(棒状またはU字状)を解析した結果、ベシクルにおける棒状分子の割合は、他の自己会合構造(球状ミセル、チューブ、ひも状ミセル)に比べて多いことが分かった。これは、4種類の自己会合構造の中でベシクルの曲率が最も小さいためであると考えられる。

  • 研究成果

    (21件)

すべて 2019 2018 その他

すべて 雑誌論文 (5件) (うち査読あり 5件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (15件) (うち国際学会 5件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] An Accelerated United-Atom Molecular Dynamics Simulation on the Fast Crystallization of Ring Polyethylene Melts2019

    • 著者名/発表者名
      K. Hagita, S. Fujiwara and N. Iwaoka
    • 雑誌名

      The Journal of Chemical Physics

      巻: 150 ページ: 074901

    • DOI

      https://doi.org/10.1063/1.5080332

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Computational strategy for studying structural change of tritium-substituted macromolecules by a beta decay to helium-32019

    • 著者名/発表者名
      S. Fujiwara, H. Nakamura, H. Li, H. Miyanishi, T. Mizuguchi, T. Yasunaga, T. Otsuka, Y. Hatano and S. Saito
    • 雑誌名

      Journal of Advanced Simulation in Science and Engineering

      巻: 6 ページ: 94-99

    • DOI

      https://doi.org/10.15748/jasse.6.94

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Free-Energy Analysis of Peptide Binding in Lipid Membrane Using All-Atom Molecular Dynamics Simulation Combined with Theory of Solutions2018

    • 著者名/発表者名
      T. Mizuguchi and N. Matubayasi
    • 雑誌名

      The Journal of Physical Chemistry B

      巻: 122 ページ: 3219-3229

    • DOI

      https://doi.org/10.1021/acs.jpcb.7b08241

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Dissipative Particle Dynamics Simulation for Self-Assembly of Symmetric Bolaamphiphilic Molecules in Solution2018

    • 著者名/発表者名
      S. Fujiwara, Y. Iida, T. Tsutsui, T. Mizuguchi, M. Hashimoto, Y. Tamura and H. Nakamura
    • 雑誌名

      Plasma and Fusion Research

      巻: 13 ページ: 3401095

    • DOI

      https://doi.org/10.1585/pfr.13.3401095

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Structure formation of a quenched single polyethylene chain with different force fields in united atom molecular dynamics simulations2018

    • 著者名/発表者名
      K. Hagita, S. Fujiwara and N. Iwaoka
    • 雑誌名

      AIP Advances

      巻: 8 ページ: 115108

    • DOI

      https://doi.org/10.1063/1.5063438

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] 拘束系のシクロヘキサンの液液転移2018

    • 著者名/発表者名
      水口 朋子, 辰巳 創一, 野田泰斗, 小國正晴, 藤原 進
    • 学会等名
      東京大学物性研究所短期研究会 ガラス転移と関連分野の最先端研究
  • [学会発表] 対称双頭型両親媒性溶液中における自己会合の散逸粒子動力学シミュレーション2018

    • 著者名/発表者名
      藤原 進, 飯田祥希, 筒井岳英, 水口 朋子, 橋本 雅人
    • 学会等名
      第67回高分子学会年次大会
  • [学会発表] 溶液中における対称双頭型両親媒性分子の自己会合:散逸粒子動力学シミュレーション2018

    • 著者名/発表者名
      藤原 進, 水口 朋子, 橋本 雅人
    • 学会等名
      日本応用数理学会2018年度年会
  • [学会発表] トリチウムのヘリウム3への壊変によるDNA構造変化のMDシミュレーション2018

    • 著者名/発表者名
      中村 浩章, 宮西 寿典, 藤原 進, 水口 朋子, 安永 卓生, 中田 彩子, 宮崎 剛, 大塚 教雄, 剣持 貴弘, 波多野 雄治, 斉藤 真司
    • 学会等名
      日本物理学会2018年秋季大会
  • [学会発表] 拘束系のシクロヘキサンの液液転移に伴うダイナミクスの変化 III2018

    • 著者名/発表者名
      辰巳 創一, 水口 朋子, 須藤 亜紀乃, 野田 泰斗, Zach Evenson, 藤原 進
    • 学会等名
      日本物理学会2018年秋季大会
  • [学会発表] ポリエチレン環状鎖の結晶化の分析II2018

    • 著者名/発表者名
      藤原 進, 岩岡 伸之, 萩田 克美
    • 学会等名
      日本物理学会2018年秋季大会
  • [学会発表] ヘリウム3への壊変による高分子材料およびDNAの構造変化2018

    • 著者名/発表者名
      藤原 進, 中村 浩章, 宮西 寿典, 水口 朋子, 安永 卓生, 中田 彩子, 宮崎 剛, 大塚 教雄, 剣持 貴弘, 波多野 雄治, 斉藤 真司
    • 学会等名
      プラズマシミュレータシンポジウム2018
  • [学会発表] トリチウムのヘリウム3への壊変によるポリエチレンの構造変 化に関する分子動力学シミュレーション2018

    • 著者名/発表者名
      Li Haolun, 藤原 進, 水口 朋子, 橋本 雅人, 中村 浩章, 安永 卓生, 中田 彩子, 宮崎 剛, 大塚 教雄, 剣持 貴弘, 波多野 雄治, 斉藤 真司
    • 学会等名
      第67回高分子討論会
  • [学会発表] 帯電デンドリマー/線状高分子電解質複合体化に及ぼす線状高分子電解質の 剛直性の効果2018

    • 著者名/発表者名
      石田 充, 藤原 進, 水口 朋子, 橋本 雅人
    • 学会等名
      第67回高分子討論会
  • [学会発表] 帯電デンドリマーと線状高分子電解質の複合体化:デンドリマー世代数の効果2018

    • 著者名/発表者名
      小原 光徳, 藤原 進, 水口 朋子, 橋本 雅人
    • 学会等名
      第67回高分子討論会
  • [学会発表] Study of the dynamics of confined water in silica nanopore using the reactive force field2018

    • 著者名/発表者名
      Tomoko Mizuguchi, Katsumi Hagita and Susumu Fujiwara
    • 学会等名
      The 37th JSST Annual International Conference on Simulation Technology (JSST2018)
    • 国際学会
  • [学会発表] Computational strategy for studying structural change of tritium-substituted macromolecules by a beta decay to helium-32018

    • 著者名/発表者名
      Susumu Fujiwara, Hiroaki Nakamura, Haolun Li, Hisanori Miyanishi, Tomoko Mizuguchi, Takuo Yasunaga and Yuji Hatano
    • 学会等名
      The 37th JSST Annual International Conference on Simulation Technology (JSST2018)
    • 国際学会
  • [学会発表] Structural change of tritium-substituted polymeric materials by a beta decay: A molecular dynamics study2018

    • 著者名/発表者名
      Haolun Li, Susumu Fujiwara, Hiroaki Nakamura, Tomoko Mizuguchi, Takuo Yasunaga, Ayako Nakata, Tsuyoshi Miyazaki, Takao Otsuka, Takahiro Kenmotsu, Yuji Hatano and Shinji Saito
    • 学会等名
      The 27th International Toki Conference on Plasma and Fusion Research & The 13th Asia Pacific Plasma Theory Conference (ITC27 & APPTC2018)
    • 国際学会
  • [学会発表] Volume rendering method applied to 3D edge impurity emission in LHD to produce projection image in arbitrary plane2018

    • 著者名/発表者名
      Yuichi Tamura, Masahiro Kobayashi, Taisuke Kobayashi, Wataru Omori, Hiroaki Nakamura, Hiroaki Ohtani, Susumu Fujiwara and the LHD experimental group
    • 学会等名
      The 27th International Toki Conference on Plasma and Fusion Research & The 13th Asia Pacific Plasma Theory Conference (ITC27 & APPTC2018)
    • 国際学会
  • [学会発表] Molecular dynamics simulation of DNA damage by tritium beta-decay2018

    • 著者名/発表者名
      Hisanori Miyanishi, Hiroaki Nakamura, Takuo Yasunaga, Susumu Fujiwara, Tomoko Mizuguchi, Ayako Nakata, Tsuyoshi Miyazaki, Takao Otsuka, Takahiro Kenmotsu, Yuji Hatano and Shinji Saito
    • 学会等名
      The 27th International Toki Conference on Plasma and Fusion Research & The 13th Asia Pacific Plasma Theory Conference (ITC27 & APPTC2018)
    • 国際学会
  • [備考] ようこそ 藤原 進 のホームページヘ

    • URL

      http://www.cis.kit.ac.jp/~fujiwara/index-j.shtml

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公開日: 2019-12-27  

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