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2015 年度 実施状況報告書

密度汎関数法に基づいた配座解析による有機分子触媒の合理的設計

研究課題

研究課題/領域番号 15K05431
研究機関九州大学

研究代表者

蒲池 高志  九州大学, 先導物質化学研究所, 助教 (40403951)

研究期間 (年度) 2015-04-01 – 2018-03-31
キーワード配座解析 / 有機分子触媒 / 遷移状態
研究実績の概要

有機分子触媒は金属元素を含まない炭素,酸素,窒素などの典型元素から構成された触媒である.有毒な重金属の残留の心配がなく,レアメタルの高騰,枯渇などの社会的問題に対応する元素戦略の観点からも理想的な触媒である.しかしながら,この触媒反応では水素結合やファンデルワールス力といった弱い相互作用で選択性が制御されており,その合理的な設計は困難である.我々は密度汎関数法(DFT)に基づく配座解析法を提案しており、複雑な有機分子触媒の反応機構の解明に有効であることを示した.この方法ではモンテカルロ法と分子力学法(MM, OPLS2005)による構造最適化から数千から数万の初期構造を生成し,これを半経験的分子軌道法(semiempirical, PM6-DH+)により数百にまで絞り込む.これらの構造すべてについて,計算コストが高くなるが精度の高い量子化学計算(DFT, B97-D)により構造最適化および遷移状態探索を行うことで,エナンチオ選択性の理解に重要な遷移状態の最安定構造を決定することができる.しかしこの方法では計算コストの高いDFT計算を多用することに加えて,MM計算の精度が低いために安定構造を見落としてしまうことが問題であった.DFT計算で決定された上位5配座は半経験的分子軌道法で得られた上位の低エネルギー配座に対応しているが,MM計算では11.5 kcal/molのエネルギーをもつ205番目の配座まで考慮する必要がある.そこで本研究では信頼性の高い半経験的分子軌道法を用いた配座解析プログラムConFinderを開発し,有機分子触媒の反応機構の解明が短時間で精度良く行えることを見出した.

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

1: 当初の計画以上に進展している

理由

当初の計画では、有機分子触媒の反応機構解析のために、高精度な配座解析を高速に行うための手法開発を予定していた。当該年度において、信頼性の高い半経験的分子軌道法を用いた配座解析プログラムConFinderを開発し,有機分子触媒の反応機構の解明が短時間で精度良く行えることを見出した.このプログラムを用いることで、丸岡触媒、キラルリン酸、シンコナアルカロイドといった代表的な有機分子触媒について、過去に報告された構造を2,3日と短期間で精度よく再現するとともに、これまで見落とされていたより安定な配座を
発見することができた。これらの結果は有機分子触媒の高速なin silicoスクリーニングを期待させ、想定以上の成果と言える。

今後の研究の推進方策

これまでに信頼性の高い半経験的分子軌道法を用いた配座解析プログラムConFinderを開発した。今後は、未だ反応機構が知られていない有用な有機分子触媒について、このプログラムを用いた解析を行うとともに、実験グループとエナンチオ選択性の改善を目指した研究を行う。

  • 研究成果

    (14件)

すべて 2016 2015

すべて 雑誌論文 (9件) (うち査読あり 9件、 謝辞記載あり 1件) 学会発表 (5件) (うち国際学会 3件、 招待講演 1件)

  • [雑誌論文] Synthesis and Structure of a Water-soluble μ-η1:η1-N2 Dinuclear RuII Complex with a Polyamine Ligand2016

    • 著者名/発表者名
      K. Yoshimoto, T. Yatabe, T. Matsumoto, A. Robertson, H. Nakai, H. Tanaka, T. Kamachi, Y. Shiota, K. Yoshizawa, K. Asazawa, H. Tanaka, Seiji Ogo
    • 雑誌名

      Chemistry Letters

      巻: 45 ページ: 149-151

    • DOI

      DOI: 10.1246/cl.151004

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Intraprotein transmethylation via a CH3–Co(III) species in myoglobin reconstituted with a cobalt corrinoid complex2016

    • 著者名/発表者名
      Y. Morita, K. Oohora, A. Sawada, K. Doitomi, J. Ohbayashi, T. Kamachi, K. Yoshizawa, Y. Hisaeda, T. Hayashi
    • 雑誌名

      Dalton Transactions

      巻: 45 ページ: 3277-3284

    • DOI

      DOI: 10.1039/c5dt04109k

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Crystal Structures and Coordination Behavior of Aqua- and Cyano-Co(III) Tetradehydrocorrins in the Heme Pocket of Myoglobin2016

    • 著者名/発表者名
      Y. Morita, K. Oohora, E. Mizohata, A. Sawada, T. Kamachi, K. Yoshizawa, T. Inoue, T. Hayashi
    • 雑誌名

      Inorganic Chemistry

      巻: 55 ページ: 1287-1295

    • DOI

      DOI: 10.1021/acs.inorgchem.5b02598

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Low-Mode Conformational Search Method with Semiempirical Quantum Mechanical Calculations: Application to Enantioselective Organocatalysis2016

    • 著者名/発表者名
      T. Kamachi, K. Yoshizawa
    • 雑誌名

      Journal of Chemical Information and Modeling

      巻: 56 ページ: 347-353

    • DOI

      DOI: 10.1021/acs.jcim.5b00671

    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Possible Peroxo State of the Dicopper Site of Particulate Methane Monooxygenase from Combined Quantum Mechanics and Molecular Mechanics Calculations2016

    • 著者名/発表者名
      S. Itoyama, K. Doitomi, T. Kamachi, Y. Shiota, K. Yoshizawa
    • 雑誌名

      Inorganic Chemistry

      巻: 55 ページ: 2771-2775

    • DOI

      DOI: 10.1021/acs.inorgchem.5b02603

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Selective Carbon Dioxide Adsorption of ε-Keggin-type Zincomolybdate-based Purely-Inorganic 3D Frameworks2015

    • 著者名/発表者名
      Z. Zhang, M. Sadakane, S. Noro, T. Maruyama, T. Kamachi, K. Yoshizawa, and W. Ueda
    • 雑誌名

      Journal of Materials Chemistry A

      巻: 3 ページ: 746-755

    • DOI

      DOI:10.1039/C4TA05496B

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Computational Exploration of the Mechanism of the Hydrogenation Step of the Anthraquinone Process for Hydrogen peroxide Production2015

    • 著者名/発表者名
      T. Kamachi, T. Ogata, E. Mori, K. Iura, N. Okuda, M. Nagata, K. Yoshizawa
    • 雑誌名

      The Journal of Physical Chemistry C

      巻: 119 ページ: 8748-8754

    • DOI

      DOI:10.1021/acs.jpcc.5b01325

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Formation and nitrile hydrogenation performance of Ru nanoparticles on a K-doped Al2O3 surface2015

    • 著者名/発表者名
      S. Muratsugu, S. Kityakarn, F. Wang, N. Ishiguro, T. Kamachi, K. Yoshizawa, O. Sekizawa, T. Uruga, M. Tada
    • 雑誌名

      Physical Chemistry Chemical Physics

      巻: 17 ページ: 24791-24802

    • DOI

      DOI:10.1039/C5CP03456F

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Assembling an alkyl rotor to access abrupt and reversible crystalline deformation of a cobalt(II) complex2015

    • 著者名/発表者名
      S.-Q. Su, T. Kamachi, Z.-S. Yao, Y.-G. Huang, Y. Shiota, K. Yoshizawa, N. Azuma, Y. Miyazaki, M. Nakano, G. Maruta, S. Takeda, S. Kang, S. Kanegawa, O. Sato
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 6 ページ: 8810

    • DOI

      doi:10.1038/ncomms9810

    • 査読あり
  • [学会発表] Low-Mode Conformational Search Method with Semiempirical Quantum Mechanical Calculations: Application to Enantioselective Organocatalysis2016

    • 著者名/発表者名
      Takashi Kamachi, Kazunari Yoshizawa
    • 学会等名
      6th French-Japanese Workshop on Computational Methods in Chemistry
    • 発表場所
      京都
    • 年月日
      2016-03-01
    • 国際学会
  • [学会発表] 半経験的分子軌道法に基づく配座解析プログラムの開発と有機分子触媒反応への応用2016

    • 著者名/発表者名
      蒲池高志、吉澤一成
    • 学会等名
      日本化学会第96春季年会
    • 発表場所
      京都
    • 年月日
      2016-03-01
  • [学会発表] Theoretical study on enantioselective alkylation by binaphthyl chiral phase-transfer catalysts: A DFT-based conformational analysis2015

    • 著者名/発表者名
      Takashi Kamachi, Kazunari Yoshizawa
    • 学会等名
      Pacifichem 2015
    • 発表場所
      ハワイ
    • 年月日
      2015-12-01
    • 国際学会
  • [学会発表] 密度汎関数法による固体表面の触媒機能解析2015

    • 著者名/発表者名
      蒲池高志
    • 学会等名
      触媒学会西日本支部 触媒技術セミナー(2)
    • 発表場所
      福岡
    • 年月日
      2015-10-01
    • 招待講演
  • [学会発表] Enantioselective Alkylation by Binaphthyl Chiral Phase-Transfer Catalysis: A DFT-Based Conformational Analysis2015

    • 著者名/発表者名
      T. Kamachi, K. Yoshizawa
    • 学会等名
      International Congress of Quantum Chemistry 15 th
    • 発表場所
      北京
    • 年月日
      2015-06-01
    • 国際学会

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公開日: 2017-01-06  

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