2015 年度実施状況報告書

TP53 signatureの診断キット開発と検証のための後ろ向き観察研究

研究課題

研究課題/領域番号	15K06851
研究機関	東北大学
研究代表者	高橋信東北大学, 加齢医学研究所, 助教 (20431570)
研究期間 (年度)	2015-04-01 – 2018-03-31
キーワード	バイオマーカー
研究実績の概要	我々が開発したTP53 signatureは予後および術前化学療法の治療効果の予測性が非常に高く、臨床的有用性が高い。本研究はこれまでの研究の出口戦略として、TP53 signatureの臨床応用を目指し、簡便な診断キットの開発を行うものである。また、その診断キットを利用したデータ検証のための後ろ向き観察研究を行うものである。27年度は、「早期乳がんを対象としたnCounterによるTP53 signatureの診断精度の検討」として、TP53 signature診断キットのプローブセットの作成を行った。作成したプローブセットを用いて、東北大学病院コホート25例について遺伝子発現データを取得した。この遺伝子発現データはこれまでの研究で取得済みのRT-PCRのデータとの良好な相関が確認された。また、星総合病院コホートおよび宮城県立がんセンターコホートについても、同プローブセットを用いて遺伝子発現データの取得を開始した。これらのコホートにおいては凍結組織由来のRNAとホルマリン固定パラフィン包埋（FFPE）組織由来のRNA間でのデータの取得が可能であり、その相関性についても確認していく予定である。また「術前化学療法施行症例検体の収集とnCounterによるTP53 signatureデータの収集」として、術前化学療法を行った症例に対する後ろ向き観察研究を実施するため、研究計画書を作成を開始した。今後、東北大学病院乳腺外科と協議の上、平成28年度の早期に倫理申請を行った上で、症例の収集および解析を開始する予定である。
現在までの達成度 (区分)	現在までの達成度 (区分) 2: おおむね順調に進展している理由本研究計画は、「A. 早期乳がんを対象としたnCounterによるTP53 signatureの診断精度の検討」および「B. 術前化学療法施行症例検体の収集とnCounterによるTP53 signatureデータの収集」の2つの計画から成り立っている。Aについては、TP53 signatureを構成する33遺伝子および内部コントロール5遺伝子程度でプローブセットを作成することを予定していた。予定通り、33遺伝子＋内部コントロール5遺伝子のプローブセットを作成した。33遺伝子中1遺伝子でシグナルデータが得られないことが明らかとなったが、32遺伝子は良好な発現データが得られることを確認した。また内部コントロールは全て良好なシグナルが確認できた。データの精度の確認のため、東北大学病院コホートでRT-PCRデータとの相関性の確認を行った。計25検体を用いて検討を行い、良好な相関性が確認された。また、収集済みの星総合病院コホートおよび宮城県立がんセンターコホートでも既に遺伝子発現データの取得を開始している。これらのことからA.に関しては概ね順調に進展していると考えている。Bに関しては、新規に術前化学療法を行った症例を収集する必要があるが、この研究については改めて研究計画書を作成し、倫理申請を行うこととした。このため、現在まで検体の収集は開始出来ていないが、研究計画書を作成はほぼ終了しており、平成28年5月までには倫理申請を行う予定としている。本研究は後ろ向き観察研究であることから、検体収集は容易であり、倫理委員会の承認が得られ次第、検体収集を開始する予定である。以上より、概ね順調に進展していると判断した。
今後の研究の推進方策	前述の通り、これまでの所本研究は概ね順調に進展している。平成28年度以降は、A.については、研究計画の通り、本遺伝子セットを用いた場合の診断アルゴリズムおよび適切なカットオフ値の設定に関する検討を進める。検体数としては研究計画書に記載の通り、既に収集済みの検体約200例を予定している。また、このコホートでは多くの症例で凍結組織およびFFPE組織が収集されている。凍結組織由来RNAとFFPE組織由来のRNAでのデータの相関性を確認し、検査に利用する組織としてFFPE組織が使用可能かについても検討を行っていく。FFPE組織が利用可能であれば、TP53 signatureの臨床的有用性は高くなると考えられるため、同検討を行う事は非常に重要である。最終的にはこれらのデータを元に、TP53ステータスの診断と患者背景、臨床病理学的因子との関連性解析、無再発生存期間、全生存期間との関連性解析を行う。これらの解析を行う事によりTP53 signatureの予後予測性の検証を進める。B.については、早期に研究計画の倫理申請を進め、患者の同意の取得および検体収集、RNA抽出から遺伝子発現データの収集を開始する。検体数は150例を目標として収集を進める。本研究は主に東北大学病院乳腺外科症例を用いて行うが、目標症例数に対して検体数の不足が予想されるため、宮城県立がんセンターおよび星総合病院の協力も得て研究を進めていく予定である。その他、宮城県内の中核となる病院の乳腺外科からも協力が得られる可能性があり、早期に目標症例数を達成することを目指す。