| 研究課題/領域番号 |
15K06905
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| 研究機関 | 高知大学 |
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研究代表者 |
櫻井 哲也 高知大学, 教育研究部総合科学系複合領域科学部門, 准教授 (90415167)
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| 研究分担者 |
野村 俊尚 国立研究開発法人理化学研究所, 環境資源科学研究センター, 特別研究員 (20722771)
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| 研究期間 (年度) |
2015-04-01 – 2018-03-31
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| キーワード | ゲノム塩基配列決定 / 遺伝子発現プロファイル / 植物 |
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| 研究実績の概要 |
フローサイトメトリー法によるホンモンジゴケ等のゲノムサイズ推定を行った。ゲノムサイズが既知であるシロイヌナズナ、ヒメツリガネゴケを参照とし、Sysmex社Cystain PI Absolute Pによる核DNAの染色を行い、フローサイトメータBD LSRFortessa X-20にて、測定結果の蛍光強度に基づくゲノムサイズの見積りを行った。昨年度に作成したホンモンジゴケドラフトゲノム暗記配列が妥当であることの客観的情報を得た。
昨年度に作成したホンモンジゴケドラフトゲノム塩基配列データを参照配列とし、生育条件間における遺伝子発現レベルの相違をプロファイルした。併せて、生育条件間で発現レベルが異なる遺伝子をグループ化、機能注釈付けの高度化を行い、表現形質に関与が考えられる候補遺伝子を選抜した。
ホンモンジゴケとの比較解析の対象コケ植物のゲノム配列決定を長鎖読み取り型のPacific Bioscience社のSequelシークエンサと短鎖読み取り型illumina社のHiSeqXシークエンサを用い、それぞれ、4セル、40Gbp分のゲノムDNA配列を決定した。同様に遺伝子領域の同定のため、12サンプル分のRNA-seq解析を行い。RNA-seq解析には、短鎖読み取り型illumina社のHiSeq 4000シークエンサを用い、12サンプル合計でおよそ700M配列、70Gbp分の品質確認済み配列データを得た。獲得した配列データは、本研究で作成したホンモンジゴケドラフトゲノム塩基配列データに90%以上がアラインし、RNA-seq解析の上流工程およびドラフトゲノム塩基配列データの品質に不備がないことの一面がしめされた。
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