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2017 年度 研究成果報告書

高速配列決定技術を用いたコケ植物の金属元素耐性等有用形質に関するオミクス解析

研究課題

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研究課題/領域番号 15K06905
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
研究分野 ゲノム生物学
研究機関高知大学

研究代表者

櫻井 哲也  高知大学, 教育研究部総合科学系複合領域科学部門, 准教授 (90415167)

研究分担者 野村 俊尚  国立研究開発法人理化学研究所, 環境資源科学研究センター, 特別研究員 (20722771)
連携研究者 持田 恵一  国立研究開発法人理化学研究所, 環境資源科学研究センター, 副チームリーダー (90387960)
研究協力者 吉田 拓広  国立研究開発法人理化学研究所, 環境資源科学研究センター, テクニカルスタッフ
研究期間 (年度) 2015-04-01 – 2018-03-31
キーワードゲノム塩基配列決定 / 遺伝子発現プロファイル / 植物
研究成果の概要

ホンモンジゴケのゲノム塩基配列解読に先立ち、培養原糸体を用い、核DNAのPI染色によるフローサイトメトリー法によるゲノムサイズの見積もりを行った結果、1億1千万から1億3千万塩基と推定された。長鎖読み取り型シークエンサPacBio RSIIを使用して、ゲノム塩基配列データを獲得し、およそ1億4千万塩基のドラフトゲノム塩基配列データを作成した。
得られたドラフトゲノム塩基配列データおよび各種生育条件下のコケ植物体から得たRNAサンプルによるRNA-seqデータを使用して、遺伝子領域予測を行った結果、およそ1万9千個の遺伝子領域が同定され、予測された転写産物数は、およそ2万5千であった。

自由記述の分野

ゲノム情報科学

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公開日: 2019-03-29  

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