• 研究課題をさがす
  • 研究者をさがす
  • KAKENの使い方
  1. 課題ページに戻る

2017 年度 実績報告書

光照射固体NMRによる細菌型センサリーロドプシンの光活性構造変化の解明

研究課題

研究課題/領域番号 15K06963
研究機関横浜国立大学

研究代表者

内藤 晶  横浜国立大学, 大学院工学研究院, 名誉教授 (80172245)

研究期間 (年度) 2015-04-01 – 2018-03-31
キーワードホボロドプシン / バクテリオロドプシン / 光駆動プロトン輸送 / 光信号伝達 / 光照射固体NMR
研究実績の概要

細菌型光受容膜タンパク質は物質輸送や信号伝達に重要な役割を果たしている。レチナールを有する、レチナー結合膜タンパク質は光照射によりレチナールが励起されて光異性化を起こし、いくつかの中間体を経て元の基底状態に戻る光サイクルの間に光受容体としての機能が発現する。しかし、この時起こるタンパク質の構造変化と機能の相関については、不明な点が多い。本研究では光サイクル中に生成する光中間体を固体NMRによって観測し、レチナールとタンパク質の構造変化を検出するため、光照射固体NMR分光器の開発を行った。LED光を光源として、MAS試料管内部から、NMR測定の間にも光照射が可能な、in situ光照射固体NMR測定装置を開発した。この光照射固体NMRを用いて、プロトン輸送活性をもつバクテリオロドプシン(bR)の変異体(Y185F-bR)を用いて、光サイクル中に生成するO-中間体やCS*-中間体のNMR信号を初めて観測することに成功した。次に負の光走性を示すホボロドプシン(ppR)について活性に重要なM-中間体の観測を試みた。この結果、緑色光照射により、2種類のM-中間体(M1,M2)に加えてN’-中間体およびO-中間体のNMR信号を観測することができた。特にN’-中間体は吸収極大がppR(G)と似ているため、観測が困難とされていたが、NMR信号ではN’-中間体, O-中間体、ppRを区別して観測することができた。この結果、光反応サイクル中では、M-中間体からO-中間体に転移し、その後平衡反応でN’-中間体が生成されることが判明した。このN’-中間体は13-cis配座を示した。bRの光サイクルではM-中間体からN-中間体に転移して、その後O-中間体へ転移するのに対して、ppRではO-中間体からN'-中間体転移するため、N’-中間体は信号伝達機能に関わっていることが判明した。

  • 研究成果

    (30件)

すべて 2018 2017

すべて 雑誌論文 (11件) (うち国際共著 5件、 査読あり 11件) 学会発表 (15件) (うち国際学会 7件、 招待講演 5件) 図書 (4件)

  • [雑誌論文] Dynamic membrane interactions of antibacterial and antifungal biomolecules, and amyloid peptides, revealed by solid-state NMR spectroscopy2018

    • 著者名/発表者名
      Naito Akira、Matsumori Nobuaki、Ramamoorthy Ayyalusamy
    • 雑誌名

      Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - General Subjects

      巻: 1862 ページ: 307~323

    • DOI

      10.1016/j.bbagen.2017.06.004

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Quantitative Analysis of Solid-State Homonuclear Correlation Spectra of Antiparallel β-Sheet Alanine Tetramers2018

    • 著者名/発表者名
      Naito Akira、Okushita Keiko、Nishimura Katsuyuki、Boutis Gregory S.、Aoki Akihiro、Asakura Tetsuo
    • 雑誌名

      The Journal of Physical Chemistry B

      巻: 122 ページ: 2715~2724

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.7b11126

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] The role of d - allo -isoleucine in the deposition of the anti- Leishmania peptide bombinin H4 as revealed by 31 P solid-state NMR, VCD spectroscopy, and MD simulation2018

    • 著者名/発表者名
      Mijiddorj Batsaikhan、Kaneda Shiho、Sato Hisako、Kitahashi Yuki、Javkhlantugs Namsrai、Naito Akira、Ueda Kazuyoshi、Kawamura Izuru
    • 雑誌名

      Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Proteins and Proteomics

      巻: 1866 ページ: 789~798

    • DOI

      10.1016/j.bbapap.2018.01.005

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] 生体幕内でのペプチドの挙動の分子動力学シミュレーション2018

    • 著者名/発表者名
      上田 一義、内藤 晶、川村 出
    • 雑誌名

      酵素工学ニュース

      巻: 79 ページ: 27-30

    • 査読あり
  • [雑誌論文] 固体高分解能NMRスペクトルに現れる異方性相互作用-Narrrow is beautifull-2018

    • 著者名/発表者名
      内藤 晶
    • 雑誌名

      分光研究

      巻: 67 ページ: 13-15

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Retinal configuration of ppR intermediates revealed by photo-irradiation solid-state NMR and DFT2018

    • 著者名/発表者名
      Makino Yoshiteru, Kawamura Izuru, Okitsu Takashi, Wada Akimori, Kamo Naoki, Sudo Yuki, Ueda Kazuyoshi, Naito Akira
    • 雑誌名

      Biophysical Journal

      巻: in press ページ: in press

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Dynamic Structure and Orientation of Melittin Bound to Acidic Lipid Bilayers, As Revealed by Solid-State NMR and Molecular Dynamics Simulation2017

    • 著者名/発表者名
      Norisada Kazushi、Javkhlantugs Namsrai、Mishima Daisuke、Kawamura Izuru、Saito Hazime、Ueda Kazuyoshi、Naito Akira
    • 雑誌名

      The Journal of Physical Chemistry B

      巻: 121 ページ: 1802~1811

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.6b11207

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Packing arrangement of 13C selectively labeled sequence model peptides of Samia cynthia ricini silk fibroin fibers studied by solid-state NMR2017

    • 著者名/発表者名
      Asakura Tetsuo、Miyazawa Kenta、Tasei Yugo、Kametani Shunsuke、Nakazawa Yasumoto、Aoki Akihiro、Naito Akira
    • 雑誌名

      Physical Chemistry Chemical Physics

      巻: 19 ページ: 13379~13386

    • DOI

      10.1039/c7cp01199g

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Refined Crystal Structure of Samia cynthia ricini Silk Fibroin Revealed by Solid-State NMR Investigations2017

    • 著者名/発表者名
      Asakura Tetsuo、Nishimura Akio、Kametani Shunsuke、Kawanishi Shuto、Aoki Akihiro、Suzuki Furitsu、Kaji Hironori、Naito Akira
    • 雑誌名

      Biomacromolecules

      巻: 18 ページ: 1965~1974

    • DOI

      10.1021/acs.biomac.7b00441

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Growth-incompetent monomers of human calcitonin lead to a noncanonical direct relationship between peptide concentration and aggregation lag time2017

    • 著者名/発表者名
      Kamgar-Parsi Kian、Hong Liu、Naito Akira、Brooks Charles L.、Ramamoorthy Ayyalusamy
    • 雑誌名

      Journal of Biological Chemistry

      巻: 292 ページ: 14963~14976

    • DOI

      10.1074/jbc.M117.791236

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Packing Arrangements and Intersheet Interaction of Alanine Oligopeptides As Revealed by Relaxation Parameters Obtained from High-Resolution 13C Solid-State NMR2017

    • 著者名/発表者名
      Naito Akira、Tasei Yugo、Nishimura Akio、Asakura Tetsuo
    • 雑誌名

      The Journal of Physical Chemistry B

      巻: 121 ページ: 8946~8955

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.7b07068

    • 査読あり
  • [学会発表] Dynamic membrane bound structure of melittin and alamethicin as revealed by solid-stae NMR and MD simulation2018

    • 著者名/発表者名
      A. Naito, T. Nagao, K. Norisada, N. Javkhlantugs, D. Mishima, I. Kawamura, K. Ueda
    • 学会等名
      Biophysical Society 62nd Annual Meeting, San Francisco, USA
    • 国際学会
  • [学会発表] Microwave irradiation solid-state NMR spectroscopy to reveal microwave heating and energyflow mechanism of liquid crystals2017

    • 著者名/発表者名
      A. Naito
    • 学会等名
      The 7th Asia Pacific NMR Symposium, Bangalore (India)
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] マイクロ波および光照射固体NMRの開発と液晶および光受容膜タンパク質への応用2017

    • 著者名/発表者名
      内藤 晶
    • 学会等名
      第61回 固体NMR・材料フォーラム、理化学研究所、横浜
    • 招待講演
  • [学会発表] 13C固体NMR(DARR)を用いた13C選択標識エリ蚕絹モデルペプチドのパッキング様式の解析2017

    • 著者名/発表者名
      内藤 晶、青木昭宏、宮澤健太、田制侑悟、朝倉哲郎
    • 学会等名
      第66回高分子学会年次大会、幕張メッセ
  • [学会発表] Photo-intermediates in the photo-reaction pathways of bacteriorhodopsin as revealed by in-situ photo-irradiation solid-state NMR2017

    • 著者名/発表者名
      K. Oshima, Y. Otani, A. Shigeta, Y. Makino, I. Kawamura, T. Okitsu, A. Wada, S. Tuzi, T. Iwasa, A. Naito
    • 学会等名
      ISMAR2017, Quebrc, Canada
    • 国際学会
  • [学会発表] Dynamic structure and orientation of Melittin and alamethicin as revealed by solid-state NMR and MD simulation2017

    • 著者名/発表者名
      A. Naito, T. Nagao, K. Norisada, N. Javkhlantugs, D. Mishima, D. Ishioka, K. Yokota, J. Wong, I. Kawamura, H. Saito, K. Ueda
    • 学会等名
      ISMAR2017, Quebrc, Canada
    • 国際学会
  • [学会発表] Pressure and photo induced structural changes of photoreceptor proteins as revealed by solid-state NMR2017

    • 著者名/発表者名
      A. Naito
    • 学会等名
      IMBP2017, Kyoto (Japan)
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Membrane binding structure of Bombinin H2 and H4 peptides in leishmanial mimetic membrane as studied by solid-state NMR and MD simulation2017

    • 著者名/発表者名
      M. Batsaikhan, S. Kaneda, N. Javkhalantugs, K. Ueda, H. Sato, A. Naito, I. Kawamura
    • 学会等名
      第55回生物物理学会年会、熊本
  • [学会発表] In situ光照射固体NMRによるバクテリオロドプシンとその変異体に生成する光反応中間体の定常捕捉2017

    • 著者名/発表者名
      内藤 晶、大島恭介、大谷優人、重田安里寿、槇野義輝、川村 出、沖津貴志、和田昭盛、辻 暁、岩佐達郎
    • 学会等名
      第55回生物物理学会年会、熊本
  • [学会発表] 13C NMR 化学シフト計算によるセンサリーロドプシンの光中間体におけるレチナール構造の解析2017

    • 著者名/発表者名
      Y. Makino, I. Kawamura, T. Okitsu, A. Wada, Y. Sudo, N. Kamo, A. Naito, K. Ueda
    • 学会等名
      第55回生物物理学会年会、熊本
  • [学会発表] Microwave heating mechanism of liquid crystals as revealed by microwave irradiation NMR2017

    • 著者名/発表者名
      A. Naito
    • 学会等名
      Magnetism and Magnetic Materials, London (UK)
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Photoirradiation and microwave irradiation NMR spectroscopy. Application to photoreceptor retinal proteins and liquid crystals2017

    • 著者名/発表者名
      A. Naito
    • 学会等名
      Taiwan-Japan Biomedical Symposium on Magnetic Resonance, Tainan (Taiwan)
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] センサリーロドプシンのレチナール構造変化に対する13C NMR化学シフト値計算2017

    • 著者名/発表者名
      槇野義輝、川村 出、沖津貴志、和田昭盛、須藤雄気、加茂直樹、内藤 晶、上田一義
    • 学会等名
      第56回NMR討論会(2017)、首都大学東京
  • [学会発表] 固体NMRによるPhe-Pheモチーフをもつペプチドの自己組織化集合体の分子構造の解析2017

    • 著者名/発表者名
      尾崎夢実、Batsaikhan, Mijiddori, 佐藤 久子、内藤 晶、川村 出
    • 学会等名
      第56回NMR討論会(2017)、首都大学東京
  • [学会発表] マイクロ波照射NMR分光法による液晶分子のマイクロ波加熱分子機構の解明2017

    • 著者名/発表者名
      内藤 晶、田制侑悟、槇野義輝、藤戸輝明、川村 出
    • 学会等名
      第56回NMR討論会(2017)、首都大学東京
  • [図書] Photoirradiation and microwave irradiation NMR. Experimental Approaches of NMR Spectroscopy. Methodology and Applicatioin to Life Science and Material Science2018

    • 著者名/発表者名
      A. Naito, Y. Makino, Y. Tasei, I. Kawamura
    • 総ページ数
      36
    • 出版者
      Springer
    • ISBN
      10.1007/978-981-10-5966-7_5
  • [図書] Structure determination of membrane peptides and proteins by solid-state NMR. Experimental Approaches of NMR Spectroscopy. Methodology and Applicatioin to Life Science and Material Science2018

    • 著者名/発表者名
      I. Kawamura, K. Norisada, A. Naito
    • 総ページ数
      44
    • 出版者
      Springer
    • ISBN
      10.1007/978-981-10-5966-7_9
  • [図書] 生命科学のための物理化学15講2018

    • 著者名/発表者名
      功刀 滋、内藤 晶
    • 総ページ数
      256
    • 出版者
      講談社
    • ISBN
      978-4-06-153898-6
  • [図書] In-situ photo irradiation solid-state NMR spectroscopy applied to retinal-binding membrane proteins. Modern Magnetic Resonance,2017

    • 著者名/発表者名
      A. Naito, Y. Makino, I. Kawamura
    • 総ページ数
      22
    • 出版者
      Springer International Publishing
    • ISBN
      10.1007/978-3-319-28275-6_51-1

URL: 

公開日: 2018-12-17  

サービス概要 検索マニュアル よくある質問 お知らせ 利用規程 科研費による研究の帰属

Powered by NII kakenhi