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2016 年度 実施状況報告書

呼吸鎖末端酵素における効率的エネルギー変換機構の普遍性と多様性の構造基盤

研究課題

研究課題/領域番号 15K07029
研究機関兵庫県立大学

研究代表者

村本 和優  兵庫県立大学, 生命理学研究科, 准教授 (50305679)

研究期間 (年度) 2015-04-01 – 2018-03-31
キーワード生物物理 / ナノバイオ / 蛋白質 / 酵素
研究実績の概要

呼吸鎖電子伝達系末端酵素ファミリーの構造機能比較からエネルギー変換機構の普遍的構造基盤、ならびにエネルギー効率と機能多様性を決定する構造要因を解明することを目的として、おもに3つのタイプ(チトクロムaa3 タイプO2還元酵素(aa3)、チトクロムc 依存性NO還元酵素(cNOR) 、キノール依存性NO還元酵素NOR (qNOR))の構造機能解析を進めた。
aa3の構造解析:休止酸化型の1.5 Å分解能、ならびに還元型の1.6 Å分解能での構造解析を完了し、結果を論文発表した。
cNORの機能解析:チトクロムc551(c551)およびアズリン(Az)を基質(電子供与体)としたcNORによる基質酸化反応の速度論的解析を進めた。その結果、(1)Azの方がCyt c551よりも酵素からの解離が速いこと、(2)Cyt c551の方がAzよりも酵素への結合が速いこと、(3)酵素内部での電子伝達の速度がpH依存的であることが示唆される。
qNORの構造機能解析:活性型のqNORを単離精製し、結晶化条件の検討を進めた。X線回折データの解析を行った結果、4.2 Å分解能の電子密度図を得た。キノールアナログ分子を基質(電子供与体)としてqNORによるNO消費速度を測定し、VmaxおよびKm値を決定した。
呼吸鎖電子伝達系末端酵素ファミリーの構造比較解析:プロトン輸送経路である酵素内部の水クラスターの構造的特徴を分子表面構造解析によって9つの酵素について比較した。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

aa3の構造解析の成果が論文発表された。cNORの機能解析が完了し、その論文が投稿された。qNORの構造解析が4.2 Å分解能にまで向上した。qNORの機能に関する速度論的データが得られた。分子表面構造の比較解析が完了した。

今後の研究の推進方策

aa3の構造解析(カルシウムイオン結合型、反応中間体等)を進める。qNORの結晶構造解析および速度論的機能解析を引き続き進める。呼吸鎖電子伝達系末端酵素ファミリーのpKaおよび静電ポテンシャルの比較解析を進める。

  • 研究成果

    (10件)

すべて 2016

すべて 雑誌論文 (1件) (うち査読あり 1件、 謝辞記載あり 1件) 学会発表 (9件) (うち国際学会 1件)

  • [雑誌論文] The Mg2+-containing water cluster of mammalian cytochrome c oxidase collects four pumping proton equivalents in each catalytic cycle.2016

    • 著者名/発表者名
      Yano N, Muramoto K, Shimada A, Takemura S, Baba J, Fujisawa H, Mochizuki M, Shinzawa-Itoh K, Yamashita E, Tsukihara T, Yoshikawa S
    • 雑誌名

      J. Biol. Chem.

      巻: 291 ページ: 23882-23894

    • DOI

      10.1074/jbc.M115.711770

    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [学会発表] 緑膿菌一酸化窒素還元酵素によるシトクロムc551およびアズリン酸化反応の速度論的解析2016

    • 著者名/発表者名
      村本和優、大畠海人、當舎武彦、城宜嗣
    • 学会等名
      日本生体エネルギー研究会第42回討論会
    • 発表場所
      名古屋工業大学(名古屋市)
    • 年月日
      2016-12-19 – 2016-12-21
  • [学会発表] 髄膜炎菌由来一酸化窒素還元酵の活性測定と結晶化2016

    • 著者名/発表者名
      結城力、岡本拓也、David Young、村本和優、當舎武彦、城宜嗣
    • 学会等名
      日本生体エネルギー研究会第42回討論会
    • 発表場所
      名古屋工業大学(名古屋市)
    • 年月日
      2016-12-19 – 2016-12-21
  • [学会発表] Structural analysis of the proton transfer pathway in respiratory heme-copper oxygen reductase superfamily.2016

    • 著者名/発表者名
      村本和優
    • 学会等名
      日本生物物理学会第54回年会
    • 発表場所
      つくば国際会議場(つくば市)
    • 年月日
      2016-11-25 – 2016-11-27
  • [学会発表] Structural and functional characterization of nanodisc-reconstituted cytochrome cbb3 oxidase from Vibrio cholerae.2016

    • 著者名/発表者名
      Inoue M, Shibata A, Imai M, Uchida T, Muramoto K, Shiro Y, Yoshikawa S, Ishimori K.
    • 学会等名
      日本生物物理学会第54回年会
    • 発表場所
      つくば国際会議場(つくば市)
    • 年月日
      2016-11-25 – 2016-11-27
  • [学会発表] High-resolution crystal structure of cytochrome c oxidase reveals the mechanism of highly efficient proton pumping.2016

    • 著者名/発表者名
      Shimada A, Yano N, Muramoto K, Yamashita E, Shinzawa-Itoh K, Tsukihara T, Yoshikawa S.
    • 学会等名
      日本生物物理学会第54回年会
    • 発表場所
      つくば国際会議場(つくば市)
    • 年月日
      2016-11-25 – 2016-11-27
  • [学会発表] Detailed crystal structural studies of bovine cytochrome oxidase to elucidate the coupling mechanism of dioxygen reduction and proton pump.2016

    • 著者名/発表者名
      月原冨武、島田敦広、矢野直峰、村本和優、新澤・伊藤恭子、山下栄樹、吉川信也
    • 学会等名
      本生物物理学会第54回年会
    • 発表場所
      つくば国際会議場(つくば市)
    • 年月日
      2016-11-25 – 2016-11-27
  • [学会発表] The Mg2+-containing water cluster of mammalian cytochrome c oxidase collects four pumping proton equivalents in each catalytic cycle.2016

    • 著者名/発表者名
      Yoshikawa S, Yano N, Muramoto K, Shimada A, Baba J, Mochizuki M, Shinzawa-Itoh K, Yamashita E, Tsukihara T.
    • 学会等名
      The 19th European Bioenergetics Conference
    • 発表場所
      Riva del Garda (Italy)
    • 年月日
      2016-07-02 – 2016-07-07
    • 国際学会
  • [学会発表] 髄膜炎菌由来一酸化窒素還元酵素の精製と結晶化2016

    • 著者名/発表者名
      結城力、岡本拓也、David Young、村本和優、當舎武彦、城宜嗣
    • 学会等名
      第16回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      福岡国際会議場(福岡市)
    • 年月日
      2016-06-07 – 2016-06-09
  • [学会発表] チトクロム酸化酵素の様々な反応中間体及び反応中間体類似物の構造から提唱されるプロトンポンプ機構2016

    • 著者名/発表者名
      島田敦広、馬場淳平、山下栄樹、村本和優、伊藤-新澤恭子、月原冨武、吉川信也
    • 学会等名
      第16回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      福岡国際会議場(福岡市)
    • 年月日
      2016-06-07 – 2016-06-09

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公開日: 2018-01-16  

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