| 研究課題/領域番号 |
15K07184
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| 研究機関 | 京都大学 |
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研究代表者 |
岸田 拓士 京都大学, 野生動物研究センター, 助教 (40527892)
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| 研究期間 (年度) |
2015-04-01 – 2018-03-31
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| キーワード | ショットガンシークエンス / ゲノムアセンブル / ウミヘビ |
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| 研究実績の概要 |
沖縄本島周辺海域においてサンプリングを行い、海棲ウミヘビ類の１種クロガシラウミヘビHydrophis melanocephalusおよび両棲ウミヘビの１種ヒロオウミヘビLaticauda laticaudataを採集した。これら採集個体からDNAを抽出してペアエンドおよびメイトペアライブラリを作成し、イルミナ社のショートリードシークエンサーで全ゲノムショットガンシークエンスを行った。
これらの配列データをもとにスーパーコンピューター上でde Novoゲノムアセンブルを行い、概ね期待通りのN50値のゲノム配列を得られつつある。今後の解析に最適の結果が得られるよう、現在は細かいパラメーターの微調整を行っている。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
2: おおむね順調に進展している
理由
現時点で全ゲノムショットガンシークエンスまで完了しており、概ね予定通りに研究が進行している。
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| 今後の研究の推進方策 |
得られたゲノムアセンブルから遺伝子のアノテーションを網羅的に行い、陸棲・両棲・海棲種間での比較を行うことで、海洋環境への適応進化に伴って大きく変化した遺伝子群をあぶりだす。また。ゲノムを解読した個体のSNPなどを解析することにより、集団遺伝学的な解析を行って、明瞭な地理的分断の存在しない海洋環境における種分化などの解明を目指す。
得られた結果は順次論文にまとめて専門誌に投稿する。
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