• 研究課題をさがす
  • 研究者をさがす
  • KAKENの使い方
  1. 課題ページに戻る

2016 年度 実施状況報告書

ゲノムスケール多数遺伝子配列データを用いた種の系統関係の推定

研究課題

研究課題/領域番号 15K07187
研究機関香川大学

研究代表者

竹崎 直子  香川大学, 総合生命科学研究センター, 教授 (30398036)

研究期間 (年度) 2015-04-01 – 2019-03-31
キーワード分子系統 / シーラカンス / アウトグループ / 肺魚
研究実績の概要

これまでに3つの多数遺伝子データセットを用いてシーラカンス、肺魚、四足動物の系統関係の推定を行った。その際、ray-finned fishはcartilaginous fishよりもこれらの3つのグループにより近縁であり、outgroupとして用いるのにより適当であると一見思われた。cartilaginous fish 及びray-finned fish, cartilaginous fishのみをoutgroupとして用いるとシーラカンスよりも肺魚が四足動物に近縁であることが強く支持されたが、ray-finned fishのみをoutgroupとして用いると、3つのグループの系統関係は曖昧になり、シーラカンスが四足動物により近縁であることが強く支持される場合も用いたデータセットや系統樹作成方法によってはあった。これはray-finned fishはcartilaginous fishよりも進化速度が速いため、rayfinned fishをoutgroupとして用いる事により、3つのグループの系統関係の推定に誤った結果がcartilaginous fishを用いるよりも出やすいことが考えられ、このことはcomputer simulationによっても支持された。今年度は進化速度の遅いrayfinned fishであるgar, bowfinをデータに加える事により、gar, bowfinをoutgroupとして用いると、cartilaginous fishをoutgroupとして用いた時と同じように肺魚と四足動物が姉妹関係にあることが強く支持されることを示した。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

gar, bowfinをoutgroupとして用いた研究結果をまとめて論文として発表することができた。

今後の研究の推進方策

シーラカンス、肺魚、四足動物の分岐時間の推定を行う。それと共に、四足動物内の主要なグループである哺乳類、鳥類などと、硬骨魚の分岐時間の推定も行う。

次年度使用額が生じた理由

雑誌への論文発表にかかる掲載料(オープンアクセスの可能性もあり)を予定していたが、その費用がかからなかったため

次年度使用額の使用計画

本年度も研究結果の雑誌掲載料が必要となる可能性があるのでこれに使用する。

  • 研究成果

    (3件)

すべて 2017 2016

すべて 雑誌論文 (1件) (うち国際共著 1件、 査読あり 1件、 オープンアクセス 1件、 謝辞記載あり 1件) 学会発表 (2件) (うち国際学会 1件)

  • [雑誌論文] Support for Lungfish as the Closest Relative of Tetrapods by Using Slowly Evolving Ray-Finned Fish as the Outgroup2017

    • 著者名/発表者名
      Naoko Takezaki, Hidenori Nishihara,
    • 雑誌名

      Genome Biology and Evolution

      巻: 9 ページ: 93-101

    • DOI

      10.1093/gbe/evw288

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著 / 謝辞記載あり
  • [学会発表] Support for Lungfish as the Closest Relative of Tetrapods by Using Slowly Evolving Ray-Finned Fish as the Outgroup2016

    • 著者名/発表者名
      Naoko Takezaki, Hidenori Nishihara
    • 学会等名
      日本遺伝学会
    • 発表場所
      三島
    • 年月日
      2016-09-07 – 2016-09-10
  • [学会発表] Resolving the Phylogenetic Position of Coelacanth: The Closest Relative Is Not Always the Most Appropriate Outgroup2016

    • 著者名/発表者名
      Naoko Takezaki
    • 学会等名
      SMBE 2016
    • 発表場所
      Gold Coast, Australia
    • 年月日
      2016-07-03 – 2016-07-07
    • 国際学会

URL: 

公開日: 2018-01-16  

サービス概要 検索マニュアル よくある質問 お知らせ 利用規程 科研費による研究の帰属

Powered by NII kakenhi