| 研究課題/領域番号 |
15K07240
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| 研究機関 | 金沢大学 |
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研究代表者 |
佐藤 丈寛 金沢大学, 医学系, 助教 (10558026)
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| 研究分担者 |
Hudson Mark ふじのくに地球環境史ミュージアム, 学芸課, 教授 (20284052)
覚張 隆史 金沢大学, 国際文化資源学研究センター, 特任助教 (70749530)
深瀬 均 北海道大学, 医学研究院, 准教授 (00582115) [辞退]
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| 研究期間 (年度) |
2015-04-01 – 2018-03-31
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| キーワード | 古代DNA / 古人骨 |
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| 研究実績の概要 |
沖縄本島の武芸洞遺跡とサキタリ洞遺跡、宮古島の長墓遺跡から出土した人骨のラセミ化率測定を行った。武芸洞遺跡から出土した人骨は、貝塚時代からグスク時代にかけての計6個体で、貝塚時代の1個体のみがDNA分析が成功する保存状態を維持していることが期待できる値を示した。サキタリ洞遺跡から出土した人骨は旧石器時代のものとみられ、資料的価値が非常に高いものではあったが、残念ながらコラーゲンが検出されないほど保存状態が悪かった。長墓遺跡から出土した遊離歯サンプルについては、歯に含まれるアスパラギン酸のラセミ化率とDNA分析の成否はそれほどよく相関しないことから、当初はラセミ化率の測定を行わない予定であった。しかし、歯の場合には、高いラセミ化率がDNAの高度な劣化を必ずしも反映しないものの、低いラセミ化率は良好なDNAの保存状態を反映するため、参考値を得るために測定を行うこととした。結果として、11試料中3試料が低いラセミ化率を示したので、この3試料を優先的に使用し、ライブラリー作製を行うこととした。
実際の試料を使ってライブラリー作製を行う前に、断片化し希釈した現生DNAサンプルや既に分析に成功している、保存状態が良好な古代DNAサンプルを用いて、ライブラリー作製の条件検討を行った。効率の良いシーケンスを行うためには、アダプターダイマーや重複リードの割合を可能な限り減らすことが重要である。現生DNAに比べ遥かに濃度の低い古代DNAではこれらの割合をゼロにすることは極めて困難であるが、可能な限り最小化できる条件を見つけることができた。この反応条件を本研究の試料にも適用する予定である。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
2: おおむね順調に進展している
理由
今年度は琉球列島に分布する遺跡から出土した約20個体分の古人骨のラセミ化率を測定し、少数ではあるものの、保存状態の良いサンプルをスクリーニングすることができた。微量の骨粉を使用してスクリーニングを行ったため、前年度にスクリーニングを行った関西・中国地方出土の試料に引き続き、琉球列島出土の試料に関しても最小限の破壊でDNA分析の見込みがある試料を絞り込むことができたと言える。また、古代DNAの保存には適していない亜熱帯気候の琉球列島からDNA分析が可能と見込まれる古人骨試料を検出できたことは大変意義深いものであると思われる。
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| 今後の研究の推進方策 |
古人骨試料からのDNAの回収量を最大化するために、複数のDNA抽出法を用いて条件検討を行う。DNA抽出後は今年度検討した反応条件に従ってライブラリーを作製し、次世代シーケンシングを行う。シーケンス結果からヒトゲノム参照配列へのマップ率や重複リードの割合を算出する。必要に応じてライブラリー作製法の再検討も行う。最終的に、本研究で収集した各試料について全ゲノム解析が可能か否かを検討する。
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| 次年度使用額が生じた理由 |
遊離歯サンプルについてはラセミ化率測定を行わずにDNA抽出・PCR増幅・ライブラリー作製等を行う計画であったが、試料の優先順位を決定するために計画を変更し、遊離歯サンプルについてもまずはラセミ化率測定を行うこととしたため、未使用額が生じた。
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| 次年度使用額の使用計画 |
遊離歯サンプルについてのDNA抽出以降の実験を次年度に行うこととし、未使用額はその経費に充てることとしたい。
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