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Oka(1957)がはじめてイネにおいて報告した雑種弱勢はHWA1(HYBRID WEAKNESS A1)，HWA2遺伝子座の優性対立遺伝子Hwa1- 1，Hwa2-1遺伝子の補足作用によって引き起こされる。これまでの高密度連鎖解析の結果からHWA1は第11番染色体の２つのDNAマーカーCh11_25634511とCh11_25697514の間に絞り込まれている。この領域は系統間で染色体構造に大きな違いが存在し、日本晴の配列を元にしたプライマー対ではPCR増幅が出来ないことが多く、日本晴のDNA塩基配列を参照配列にしても構造を決定することができなかった。そのため、本年度は長鎖の解読が可能な次世代シーケンサーPacBioシステムを用いてHwa1-1領域においてContigの作成を行った。
Hwa1-1を持つA.D.T.14から全DNAを抽出し，PacBio Sequel システムによるシーケンス解析を委託した。2セルを用いて解析して得られた88万リード、6Gbpの配列を用いてncbi-blast-2.3.0+ (NCBI) によりBLASTデータベースを作成し，DNAマーカーの増幅産物の配列を用いて相同性検索を行った。相同性を示したリードの中から相同性の高いものを用いて再び相同性検索を行うことを繰り返してCh11_25634511とCh11_25684812の間でシーケンスリードのつらなり（Contig)を作成した。この領域は日本晴と比較して20kbp程度短くなっていると考えられた. 現在の配列は精度が悪くそのままでは遺伝子を予測できないので、今後は配列の精度を高めてこの領域に存在する遺伝子について明らかにし、雑種弱勢原因遺伝子の特定に結びつけたい。
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