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岡らによって報告されたイネ雑種弱勢は第11染色体のほぼ相同な領域に座乗するHwa1-1とHwa2-1によって生じる．本課題はこれらの遺伝子の単離を目的として実施された．長鎖の配列を出力する次世代シーケンサーを用いた塩基配列解読結果を高密度連鎖解析によって絞り込まれた位置情報に基づき解析し、HWA1領域の配列の連なり(contig)を構築することができた．Hwa1-1領域は、日本晴と比較して20kbpの欠失が認められた．HWA2については1つのcontigにまとめることができず、3つのcontigに分かれた．Hwa2-1の領域は日本晴のゲノム配列とは構造が大きく異なっていることが明らかになった．
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