| 研究課題/領域番号 |
15K07266
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| 研究機関 | 国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構 |
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研究代表者 |
米丸 淳一 国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構, 次世代作物開発研究センター, ユニット長 (40355227)
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| 研究分担者 |
春日 重光 信州大学, 学術研究院農学系, 教授 (50345758)
川東 広幸 国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構, 次世代作物開発研究センター, 上級研究員 (80373249)
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| 研究期間 (年度) |
2015-04-01 – 2018-03-31
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| キーワード | ソルガム / 再生性 / リグニン生合成遺伝子 / RNASeq |
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| 研究実績の概要 |
<材料および方法>
ソルガムの再生性に関与する遺伝子を特定するために、第７染色体上に検出したqRG7の候補領域470kbについて、MS3Bを戻し交雑親とするBC2F5系統から11系統選抜し、候補領域の絞り込みを行った。また、RNASeq法を用いて当該領域における遺伝子発現について調査した。材料として、MS3B、GLおよび候補遺伝子領域がGLアリルを示すBC2F5系統の幼苗を用いて、刈取り再生直後、刈取り半日後、刈取り1日後における、3個体バルクの側芽サンプルからRNAを抽出し、Illumina HiSeqを用いた全Transcriptome解析を行った。得られた配列情報について、HISAT2でソルガムのリファレンスゲノムにmappingを行い、CufflinksおよびCuffdiffを用いて候補領域内の遺伝子における多型および発現量解析を行った。
<結果および考察>
qRG7の候補領域を58kb内に座上する7遺伝子座のうち、RNASeq解析によって発現および多型が認められたのは2遺伝子座（Sobic.007G047300およびSobic.007G047400）であった。そのうち、Sobic.007G047300であるリグニン生合成遺伝子(COMT)は、多型および発現量に有意な差が認められた。MS3Bにおいて複数の配列多型が確認されたSobic.007G047400は、概日時計に関与するLHYのオルソログとされているが、LHYとの関連が予想されるTOC1(Sobic.004G216700)およびGI(Sobic.003G040900)の発現量と概日リズムに大きな差異が認められなかったことから、配列多型は概日時計においては機能的な影響を与えていないと考えられた。以上のことから、ソルガムの再生性は、COMTにおける非機能型のbmr18アリルによって低下する可能性が高いと考えられた。
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