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サンガー法を用いて、世界で初めてワサビ属植物6系統の葉緑体全ゲノム配列の解読に成功した。主要品種‘ふじだるま’と‘島根3号’の全葉緑体ゲノム配列約150 kbには二か所のみで多型がみられ、全ゲノム分析の優位性が示された。
また、日本のワサビ属植物２３４系統における約２ｋｂの塩基配列の比較解析の結果、現在の栽培品種の母系は主要３品種に限定され、山根が作成した品種の系譜と矛盾がないことがわかった。これらのデータを用いて、主要三品種を判別するPCR-RFLPおよびマルチプレックスPCRマーカーを開発し、バンド判別のみで３品種を判別するＤＮＡマーカーの作成に成功した。
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