| 研究課題/領域番号 |
15K08462
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| 研究機関 | 神戸市環境保健研究所 |
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研究代表者 |
野本 竜平 神戸市環境保健研究所, その他部局等, 研究員 (60642238)
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| 研究期間 (年度) |
2015-04-01 – 2018-03-31
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| キーワード | 比較ゲノム解析 / Streptococcus / gallolyticus / pasteurianus / 人獣共通感染症 |
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| 研究実績の概要 |
本研究では新興の人獣共通感染症起因菌でありヒトの大腸癌との因果関係が予測されているStreptococcusgallolyticus の病原性因子及び腫瘍細胞の活性化因子の解明と、それらの獲得・進化機構の解明を目指す。そのために。1) S.gallolyticus 野外・臨床分離株のゲノム配列を取得し、各病原性候補遺伝子の分布を明らかにし、その中でメタデータとの比較から実際に疾病の発症や宿主細胞への接着に関与すると想定される遺伝子の候補を選定する。2) 培養細胞や実験動物を用いた解析から、1)で予測された候補遺伝子の発現の差異が細胞への接着や炎症誘導性及び病原性に与える影響を明らかにする。3) 2)で絞り込んだ遺伝子の組換え体を通した解析から、S.gallolyticus の病原性発揮機構を解明すると共に、どのような相互作用ネットワークで宿主細胞の炎症を誘導し、ひいては腫瘍細胞形成促進へとつながるメカニズムを解明する。本年度はS. gallolyticus 野外・臨床分離株70株について、イルミナHiseqにより最低でもゲノムの約50倍以上の配列データを取得した。更にGenBankより、（ドラフト）ゲノム、およびShort Read ArchiveからS. gallolyticus 10株を含む、近縁のStreptococcus属細菌の配列データと種々のメタデータ（生育条件、単離元、臨床データなど）を取得した。得られた配列をアセンブルしてから、遺伝子領域、tRNA、rRNAなどを予測し、遺伝子について機能予測をした。すべてのS. gallolyticusが共通して保有する遺伝子セット（core-genome）や全体で一株でも保有する遺伝子セット（Pan-genome）を決定した。core-genome解析を基にした系統樹を作製し、S. gallolyticuの系統解析を行いMLSTの解析結果を補強した。S. gallolyticusに特異的に存在する遺伝子セットを抽出した。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
2: おおむね順調に進展している
理由
計画書の通りに進行しているため。
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| 今後の研究の推進方策 |
計画書の通りに推進する。2016年度は抽出した遺伝子セットの重相関解析や病原性候補遺伝子の解析を中心に研究を行う。
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| 次年度使用額が生じた理由 |
研究代表者が研究開始当初より所属を移動し、計上していた備品の購入の必要がなくなったため。
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| 次年度使用額の使用計画 |
解析する株数を増加するため、次世代シーケンサー解析を含めた核酸配列解析用試薬として使用する。
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