| 研究課題/領域番号 |
15K08648
|
|---|
| 研究機関 | 福島県立医科大学 |
|---|
研究代表者 |
石岡 賢 福島県立医科大学, 医学部, 助教 (50305356)
|
|---|
| 研究期間 (年度) |
2015-04-01 – 2018-03-31
|
| キーワード | サイトメガロウイルス / 細胞指向性 / トロピズム |
|---|
| 研究実績の概要 |
本研究では先天性サイトメガロウイルス感染症児の尿中のウイルスをヒト線維芽細胞およびヒト網膜色素上皮細胞に感染させることで細胞指向性の異なる臨床分離株を分離し、その全ゲノムシークエンスを行い、細胞指向性を決定する責任遺伝子を特定し、その領域について型判別可能な迅速診断法を開発することを目的としている。
これまでに、同一個人から分離され細胞指向性の異なるウイルス株５セット計１０株について次世代シークエンサーとPCRダイレクトシークエンスによってシークエンスの決定を試みてきた結果、各株６０～８０%ほどシークエンスが決定出来た。しかしながら、同一個人から分離されたウイルス株間でのシークエンスに相違点は現時点で見つかっていない。業室株を用いた細胞指向性を決定する領域に関する報告ではULb'領域に違いが見られるとのことだが、この領域についても現在のところ違いは見つかっていない。本研究開始前にも想像していたが、ここまでの結果からは業室株で起こっている現象が生体で起こっていることや病態を正しく反映していないと言える。まだシークエンスが決定できていない領域について解析を進め相違点を明らかにすることでサイトメガロウイルスの細胞指向性や臓器特異性と本ウイルスの多様な疾患との関連性を明らかに出来るものと考えている。
|
| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
3: やや遅れている
理由
本学に設置しているロシュ社の次世代シークエンサーでウイルスゲノムのシークエンスの決定を試みたが、リードの精度と深さのバラつきが見られること、また想像していた以上にギャップが多いことで当初の予定より難航している。加えて、ロシュ社は次世代シークエンサー用の試薬の販売を中止したことで、現在PCRダイレクトシークエンスによってシークエンスの決定を余儀なくされているが、あらたにイルミナ社の次世代シークエンサーが設置されたので本機器を併用することで改善ができると思われる。
|
| 今後の研究の推進方策 |
ウイルス株の全ゲノムシークエンスについては、あらたに導入された次世代シークエンサーとPCRダイレクトシークエンスにより早急に決定をし、５セット１０株のシークエンスを比較することで細胞指向性を決定する領域の候補を絞ったのち、実際にその領域を変更することで細胞指向性が変わるか確認をする。またこの領域に対して型判別、すなわち細胞指向性を検出可能なリアルタイムPCR系を構築し、同一個人に感染しているウイルスを型別に経時的に定量することを可能にしたい。
|
| 次年度使用額が生じた理由 |
ロシュ社次世代シークエンサー用の試薬を購入予定であったが、当該試薬の生産中止と機器の使用を中止したため。
|
| 次年度使用額の使用計画 |
繰り越し金はあらたに設置したイルミナ社次世代シークエンサー用の試薬に充てる。
|
