双方向性に転写されるmRNAと長鎖非コードRNAの機能的連関の検証

2015 年度 実施状況報告書

• 研究課題/領域番号: 15K14397
• 研究機関: 札幌医科大学
• 研究代表者: 丸山 玲緒 札幌医科大学, 医学部, 准教授 (60607985)
• 研究期間 (年度): 2015-04-01 – 2017-03-31
• キーワード: lncRNA / がん

研究実績の概要

本研究では、がんにおいて双方向に転写されるlncRNAとmRNAの相互作用を明らかにすることを目的とする。本年度はまずThe Cancer Genome Atlas (TCGA)のRNA-seqデータを利用し、lncRNA/mRNAペアを分類した。　30組のペアを抽出し、それらの胃がん・大腸がん・口腔がん細胞株における発現を定量RT-PCRにて解析した。発現が確認されたlncRNA/mRNAのうち、高発現だったもの6種類についてsiRNAを設計し、ノックダウンががん細胞の増殖に与える影響をcell viability assayにより検討した。その結果、ノックダウンによりがん細胞の増殖が抑制されたlncRNA/mRNAペアを2種類同定した。

現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

当初の予定通り、データベース検索を行い、該当するlncRNAをリストアップした。またがん細胞を用いてそれらの発現解析および機能解析を行い、研究目的に合致するlncRNAを同定しえた。

今後の研究の推進方策

lncRNAとmRNAの相互作用について、がん細胞を用いてノックダウンおよび過剰発現を行い、ウエスタンブロット、flow cytometry、RNAプルダウンアッセイ、MTTアッセイ、遊走・浸潤アッセイなどによる機能解析を行う。

次年度使用額が生じた理由

本年度はデータベース解析が中心であり、試薬および消耗品の購入が少なかったため。

次年度使用額の使用計画

来年度は、細胞培養試薬、オリゴヌクレオチド、遺伝子導入試薬、抗体、酵素などの試薬消耗品に使用する予定である。

研究成果

• [雑誌論文] The relationship between EZH2 expression and microRNA-31 in colorectal cancer and the role in evolution of the serrated pathway. (2016)
  • 著者名/発表者名: Kurihara H, Maruyama R, Ishiguro K, Kanno S, Yamamoto I, Ishigami K, Mitsuhashi K, Igarashi H, Ito M, Tanuma T, Sukawa Y, Okita K, Hasegawa T, Imai K, Yamamoto H, Shinomura Y, Nosho K.
  • 雑誌名: Oncotarget 巻: 7 ページ: 12704-12717
  • DOI: doi: 10.18632/oncotarget.7260.
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Association of Fusobacterium nucleatum with immunity and molecular alterations in colorectal cancer. (2016)
  • 著者名/発表者名: Nosho K, Sukawa Y, Adachi Y, Ito M, Mitsuhashi K, Kurihara H, Kanno S, Yamamoto I, Ishigami K, Igarashi H, Maruyama R, Imai K, Yamamoto H, Shinomura Y.
  • 雑誌名: World J Gastroenterol 巻: 22 ページ: 557-566
  • DOI: doi: 10.3748/wjg.v22.i2.557.
  • 査読あり
• [雑誌論文] Analysis of the molecular features of rectal carcinoid tumors to identify new biomarkers that predict biological malignancy. (2015)
  • 著者名/発表者名: Mitsuhashi K, Yamamoto I, Kurihara H, Kanno S, Ito M, Igarashi H, Ishigami K, Sukawa Y, Tachibana M, Takahashi H, Tokino T, Maruyama R, Suzuki H, Imai K, Shinomura Y, Yamamoto H, Nosho K.
  • 雑誌名: Oncotarget 巻: 6 ページ: 22114-22125
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Somatic Cell Fusions Reveal Extensive Heterogeneity in Basal-like Breast Cancer. (2015)
  • 著者名/発表者名: Su Y, Subedee A, Bloushtain-Qimron N, Savova V, Krzystanek M, Li L, Marusyk A, Tabassum DP, Zak A, Flacker MJ, Li M, Lin JJ, Sukumar S, Suzuki H, Long H, Szallasi Z, Gimelbrant A, Maruyama R, Polyak K.
  • 雑誌名: Cell Rep 巻: 11 ページ: 1549-1563
  • DOI: doi: 10.1016/j.celrep.2015.05.011.
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] Association of Fusobacterium nucleatum with clinical and molecular features in colorectal serrated pathway. (2015)
  • 著者名/発表者名: Ito M, Kanno S, Nosho K, Sukawa Y, Mitsuhashi K, Kurihara H, Igarashi H, Takahashi T, Tachibana M, Takahashi H, Yoshii S, Takenouchi T, Hasegawa T, Okita K, Hirata K, Maruyama R, Suzuki H, Imai K, Yamamoto H, Shinomura Y.
  • 雑誌名: Int J Cancer 巻: 137 ページ: 1258-1268
  • DOI: doi: 10.1002/ijc.29488.
  • 査読あり
• [学会発表] 胃癌の発生に関与するエピゲノム変化と長鎖非コードRNAの解析 (2015)
  • 著者名/発表者名: 丸山玲緒、山本英一郎、鈴木拓
  • 学会等名: 第74回日本癌学会総会
  • 発表場所: 名古屋国際会議場（名古屋市）
  • 年月日: 2015-10-08 – 2015-10-10