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2017 年度 研究成果報告書

連続塩基出現頻度データベースの微生物ゲノム・遺伝子解析への応用

研究課題

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研究課題/領域番号 15K14423
研究種目

挑戦的萌芽研究

配分区分基金
研究分野 ゲノム生物学
研究機関日本大学

研究代表者

桑田 文幸  日本大学, 歯学部, 特任教授 (60120440)

研究分担者 谷口 奈央  福岡歯科大学, 口腔歯学部, 准教授 (60372885)
中野 善夫  日本大学, 歯学部, 教授 (80253459)
研究期間 (年度) 2015-04-01 – 2018-03-31
キーワード菌叢解析 / サポートベクターマシン
研究成果の概要

ゲノム塩基配列の報告されている真正細菌について4~6連続塩基の出現頻度を集計した。その頻度に基づき距離を計算し、16SrRNA遺伝子配列では系統分類が難しい属について系統解析が可能になった。菌叢構成種解析については、口腔内細菌の人工的な環境細菌叢試料を作り、5塩基配列の出現頻度による構成種比率を求めたところ精度の高い計算結果が得られた。水平伝播遺伝子解析については、同データベースを用いて1クラス・サポートベクターマシンを使って抽出された領域には遺伝子転位に係る遺伝子や転写・翻訳、移動性因子に関係する遺伝子が際立って多かった。機能がまだ報告されていない遺伝子がおよそ半数に達した。

自由記述の分野

口腔生化学

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公開日: 2019-03-29  

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